実験原理
Infinium法
Infinium法は全ゲノム解析用にIllumina社によって開発されたDNAアッセイです。
ゲノムの全領域を酵素を利用し同時に増幅させるため一度に数万〜100万ヶ所のSNPを検出できます。PCR法を用いたアッセイと比較しても、データの品質を落とさずにハイスループットなタイピングが可能です。
原理：
大量のプライマーセットを使用しない、酵素を用いた新たなアッセイ系です。
SNPローカスに特異的な塩基配列をもったプローブと、増幅され断片化されたDNAサンプルをハイブリダイズさせ、酵素によって伸長反応を起こし蛍光物質を取り込みます。Golden Gate法
GoldenGate法は数十から数百SNPの中規模ジェノタイピングに適したアッセイです。HapMapプロジェクトで採用されました。SNPリストを基に独自のプライマーとプローブを設計し、48/96/144/192/384-1536種類のSNPのジェノタイピングを一度に行うことが可能となっています。96wellプレート2枚分を3日で処理することが可能です。
原理：
アレル特異的なオリゴの伸長反応とライゲーション反応を行い、その産物を鋳型として蛍光色素を取り込みながらPCR反応を行うことでSNPごとに特異的な増幅産物が作成されます。それらがマイクロビーズと結合し、蛍光色素の検出が行われることでSNP情報が解読されます。
ASPE法
ASPE（Allele-Specific Primer Extension）法は、PCRプライマーとSNP領域に設定したAllele-Specific Primer（ASP）を組み合わせることで、数十個程度のSNPを同時にかつ特異的に検出することができます。
原理：
SNP検出には、VeraCodeテクノロジーを使用します。VeraCodeは、マイクロビーズにホログラフィック回析を利用したバーコードが埋め込まれたもので、これにキャプチャーオリゴが結合しています。SNP領域に設定した2種類のASPとビオチン標識したdCTPを用いて伸長反応を行った後、取り込まれたdCTP量を測定することでSNPの検出を行ないます。