ChIP-Seq
概要
転写因子等のDNA結合タンパク質が結合するゲノム上の領域を抗体・抗原反応を用いて特異的に取得し、タンパク質結合サイトやヒストン修飾箇所を検出・定量する手法です。ゲノムワイドのヒストン修飾、転写調節機構の研究に応用いただけます。
特徴
- 微量のサンプルから解析が行え、Depthが増えるほど感度が上がります。
- ChIP-on-Chipと比較して、低バックグランド・クロスハイブリダイゼーションが少ないため、高精度に結合部位を同定することができます。
サンプル条件 (詳しくは、ご相談下さい。)
サービス内容
- お客様にクロマチン免疫沈降いただいたDNAサンプルの品質を確認します。
- DNAサイズを選択し、末端処理・アダプター付加を行います。
- 変性処理により1本鎖になったDNAをフローセル上に結合させ、増幅してライブラリーを作成します。
- 作成したライブラリーをシングルエンド法でシーケンシングします。
納品物
- シーケンシング結果（fastqフォーマットファイル、未加工のものおよび加工(※1)したもの）
- リファレンスゲノムへのマッピング結果（オプション）
- アノテーション結果（オプション）
- サンプル間の比較結果（オプション）
- その他バイオインフォマティクス解析結果（オプション）
(※1) アダプター配列の除去、N塩基の除去、クオリティの低いリード配列の除去などを行います。