Transcriptome
概要
生体内の全転写物を網羅的に検出する手法です。サンプル間で発現量の異なる遺伝子を同定することにより、医薬品開発のターゲット候補遺伝子の抽出・薬剤耐性研究などに応用していただけます。
- Transcriptome Resequencing解析： シーケンシング結果をリファレンスゲノムにマッピングし、発現量の定量、新規遺伝子構造の検出などを行います。
- Transcriptome De novo解析：リファレンスゲノムの存在しない生物種について、シーケンシングデータをつなげて長いゲノム断片を作成し、Transcriptome解析を行います。
特徴
- 生体内の遺伝子発現の変動を網羅的に検出でき、サンプル特異的な遺伝子発現パターンの同定に役立ちます。
- Exome解析で検出できないスプライシングサイト解析が可能です。
- 発現量の低い遺伝子も定量可能です。
サンプル条件 (詳しくは、ご相談下さい。)
サービス内容
- Illumina社のキットを用いてサンプル調整します。
- poly-Tオリゴが結合した磁気ビーズを用いpoly-Aを持つmRNAを精製します。
- 精製したRNAを断片化したのちランダムプライマーを用いて逆転写反応を行い、二本鎖cDNAを合成します。
- キットに含まれるシーケンスアダプターを二本鎖cDNA断片に付加し、ゲル電気泳動でサイズ選択を行います。
- 低サイクルPCRを行い、ライブラリーを作成します。
- 作成したライブラリーをペアエンド法でシーケンシングします。
納品物
- シーケンシング結果（fastqフォーマットファイル、未加工のものおよび加工(※1)したもの）
- リードの統計情報
- リファレンスゲノムおよび遺伝子へのマッピング結果、遺伝子上のマッピング位置分布の解析、遺伝子におけるカバレッジとGC含量の相関解析、異なる転写長がみられた遺伝子の検出（Resequencingの場合）
- Contig assembly、contig長統計結果（オプション、De novoの場合）
- オルタナティブスプライシング解析結果（オプション）
- サンプル間の比較結果（オプション）
- その他バイオインフォマティクス解析結果（オプション）
(※1) アダプター配列の除去、N塩基の除去、クオリティの低いリード配列の除去などを行います。