Target Fusion Sequencing
特長
・FusionPlex™ PanelまたはIon AmpliSeq™RNA Panelを用い、対象遺伝子を絞って融合遺伝子を感度良く検出。
・既知の融合遺伝子だけでなく、パートナーが未知の融合遺伝子も同定可能※。
・がん種ごとに重要な融合遺伝子に絞った解析が可能。
※ FusionPlex™ Panelを使用した解析の場合のみ。
解析概要
Total RNAを用いて、ターゲット領域を含む配列をPCR増幅し、次世代シーケンサー（NGS）により塩基配列を決定します。
その後、得られたリード配列をターゲット配列や参照ゲノム配列にマッピングし、融合遺伝子を同定します。
解析内容
FusionPlex™ Panel
・既知の融合遺伝子だけでなく、パートナーが未知の融合遺伝子も同定可能なパネルです。
・分子バーコードを使用することで、PCR由来のリード重複を除去します。
・IlluminaとIon TorrentTM両プラットフォームに対応しています。
・下記のパネルを用いてターゲット領域を含む配列を増幅します。
対象遺伝子などの詳細情報は、Invitae社のホームページをご参照下さい。
| パネル名 | 特徴 | 遺伝子数 |
|---|---|---|
| Lung v2 | 肺癌に関連した融合遺伝子およびエキソンスキッピングをターゲット。 新規知見を踏まえてパネルデザインを更新。 | 16 (17※) |
| Sarcoma v2 | 肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。対象遺伝子を大幅に増加。 | 61 (63※) |
| Pan Solid Tumor v2 | 固形腫瘍と肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。 | 130 (137※) |
| Heme v2 | 血液癌に関連した融合遺伝子をターゲット。 | 73 (87※) |
| Myeloid | 骨髄性悪性腫瘍に関連した遺伝子をターゲット。 | 40 (84※) |
| Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) | 急性リンパ性白血病に関連した遺伝子をターゲット。 | 44 (81※) |
| Lymphoma | リンパ腫に関連した遺伝子をターゲット。 | 34 (125※) |
Ion AmpliSeqTM RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
・既知の融合遺伝子のみを同定可能なパネルです。
・Ion TorrentTMのみに対応しています。
・少量のTotal RNAから解析可能です。
・下記のパネルを用いてターゲット領域を増幅します。
| パネル名 | 対象がん種 | ターゲット融合遺伝子（融合遺伝子数） |
|---|---|---|
| RNA Fusion Lung Cancer Research Panel | 肺癌 | ALK, RET, ROS1, NTRK1を含む既知の融合遺伝子（61遺伝子） |
解析結果
基本的なシーケンス情報や検出された融合遺伝子の情報をレポートとして提出します。
納品物
・解析報告書
・データHDD：リード情報(FASTQ) 、マッピングデータ(BAM) 、融合遺伝子の検出結果
サンプル条件
| サンプルの種類 | 精製Total RNA |
|---|---|
| RNA量 | 1 μg |
| 濃度 | 25 ng/μL以上 |
| 溶液量 | 20 μL以上 |
| 溶媒 | 10 mM Tris-HCl (pH8.5)/Nuclease-free水 （EDTAを含むバッファーは不可） |
●サンプルのバイオアナライザなどによる電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
●著しく分解が見られる検体の場合は、ライブラリ作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。
●検体調整の際は、Invitae社の推奨に従い、DNase処理を実施しないで下さい。
解析例
| 検体数 | 8 |
|---|---|
| 使用パネル | FusionPlex Lung v2 Panel |
| 機種 | MiSeq |
| 平均リード数/検体※ | 約1Mペアリード |
| リード長 | 150 bp |
| シーケンス方法 | Paired End/Multiplex |
| バイオインフォマティクス解析 | 融合遺伝子の同定 |
| 納期 | 品質評価通過後、約2ヵ月 |
関連サービス
Fusion Gene Analysis
Human Whole Genome Sequencing
核酸抽出サービス
Oncology Panel Sequencing (OncomineTM Assay)
Oncology Panel Sequencing
(TST170 / TSO500)