Pathway Analysis (iPathwayGuide)
特長
・Advaita Bioinformatics社のソフトウェア（iPathwayGuide）を使用したパスウェイ解析サービス。
・遺伝子間の関係も考慮した擬陽性の少ない解析結果のご提供。
・グラフィカルかつ直感的なインターフェースで解析結果を閲覧可能。
・弊社、遺伝子発現受託解析のオプションサービスとしてもご利用可能。
解析概要
従来のソフトウェアを用いたパスウェイ解析では無関係な結果が抽出されやすいという欠点がありました。しかし、iPathwayGuideでは「KEGG パスウェイデータベース」と「Advaita Bioinformatics社独自のグラフ理論」の2つの技術をベースとした解析手法により、擬陽性の少ない結果を提供することが可能です※。また解析結果は、インターネットを介して、iPathwayGuideのグラフィカルかつ直観的なインターフェースでご覧いただけます。
※A systems biology approach for pathway level analysis. Genome Research, 2007, Vol. 17 (10), pages 1537-1545.
解析結果
解析データはiPathwayGuideを利用して、下記の内容を閲覧していただけます。
納品物
・解析報告書
・パスウェイ解析データ（iPathwayGuideを使用して閲覧可能）
必要なPC環境
iPathwayGuideをご利用いただくにあたり、次の要件を満たすPCが必要です。
| インターネット接続環境 | 対象OS | 対象ブラウザ |
|---|---|---|
| 常時接続インターネット回線 | Windows, Mac, Linux | Google Chrome Mozilla Firefox Apple Safari Microsoft Inernet Explorer |
解析条件
対応生物種
ヒト、マウス、ラット弊社受託解析のオプションサービスとしてご利用の場合の必要条件
・Transcriptome Sequencing: 遺伝子発現レベルの比較解析を実施・Microarray Expression Analysis: 3回以上の反復実験データから遺伝子発現レベルの比較解析を実施
本解析のみをご利用の場合の入力ファイル条件
・Cuffdiff出力ファイル・CELファイル（GeneChipTM Command Console Software出力ファイル）※
・nSolver出力ファイル
・P-Value, logFC, GeneSymbolを含むタブ区切りのテキストファイル
※対応アレイ
Human Genome U133、Human Genome U133 2.0、Human Genome U133 Plus 2.0、Human Genome U95、
Human Genome U35K、Mouse Expression Set 430、Mouse Expression Set 430 2.0、Mouse Genome 430A 2.0、
Rat Expression Set 230、Rat Genome 230 2.0、Rat Genome U34
●その他の形式につきましては別途お問い合わせ下さい。
解析例
| ソフトウェア | iPathwayGuide |
|---|---|
| 入力データ | Transcriptome Sequencing Cuffdiff出力ファイル |
| データ解析 | パスウェイ解析、GO解析、関連miRNA予測、 関連疾病予測、メタ解析、遺伝子発現解析 など |
| 納期 | データ確認後、約2週間 |
関連サービス
Microarray Expression Analysis－Thermo Fisher Scientific－
Microarray Expression Analysis－Agilent Technologies－
nCounter® Analysis
Transcriptome Sequencing