cfDNAのターゲットシーケンス解析┃理研ジェネシス

特長

・分子バーコードを採用することで、低頻度（～0.1%）変異の検出を実現。
・癌種ごとに絞り込まれた150以上のHotspot変異を、一度のアッセイで同時に解析できるパネルをご用意。
・新たに900以上のHotspot変異を解析可能な包括的パネルを使用したサービスが追加。
・カスタムパネルを用いた解析にも対応。

解析概要

血漿由来DNAからターゲット領域の配列をPCR増幅し、次世代シーケンサー（NGS）を用いて塩基配列を解析します。その後、参照配列と比較することで変異を検出し、解析結果をご報告します。

パネル一覧

がんパネル

パネル名	対象遺伝子	ターゲット変異情報
Oncomine^TM Lung cfDNA Assay	ALK, BRAF, EGFR, ERBB2,KRAS, MAP2K1, MET, NRAS,PIK3CA, ROS1, TP53	非小細胞肺癌における150以上のSNV/Short InDelをターゲット。【主な対象SNV/Short InDel】 EGFR：T790M, C797S, L858R, Exon 19 del KRAS：G12X, G13X, Q61X、 BRAF：V600E ALK：Exon 21-25上のSNVまたはShort InDel PIK3CA：E545K, H1047R, E542K
Oncomine^TM Colon cfDNA Assay	AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR,ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS,MAP2K1, NRAS, PIK3CA,SMAD4, TP53, APC	大腸癌における240以上のSNV/Short InDelをターゲット。【主な対象SNV/Short InDel】 KRAS/NRAS：G12X, G13X, Q61X、 BRAF：V600E PIK3CA：E545K, H1047R TP53：R175H, R273H/C/L SMAD4：R361C/H CTNNB1：S45F, T41A
Oncomine^TM Breast cfDNA Assay v2	AKT1, CCND1^※, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, FGFR1^※, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53 ※ CNVのみの解析。	乳癌における150以上のSNV/Short InDel、TP53のコーディング領域、下記3遺伝子のCNVをターゲット。【主な対象SNV/Short InDel】 PIK3CA：E545K, H1047R、 AKT1：E17K ESR1：抗エストロゲン耐性に関与する変異 TP53：機能喪失変異 ERBB2：抗HER2療法の感受性に関与する変異【CNV対象遺伝子】 CCND1、ERBB2、FGFR1
Oncomine^TM Pan-Cancer Cell-Free Assay	AKT1, ALK, APC, AR, ARAF, BRAF, CCND1^※, CCND2^※, CCND3^※, CDK4^※, CDK6^※, CHEK2, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, MYC^※, NRAS, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMO, TP53 ※ CNVのみの解析。	900以上のSNV/Short InDel、TP53のコーディング領域、下記12遺伝子のCNVをターゲット。【主な対象SNV/Short InDel】 EGFR：T790M, C797S, L858R, Exon 19 del KRAS/NRAS：G12X, G13X, Q61X、 BRAF：V600E ALK：Exon 21-25上のSNVまたはShort InDel PIK3CA：E545K, H1047R, E542K SMAD4：R361C/H CTNNB1：S45F, T41A AKT1：E17K ESR1：乳がんの抗エストロゲン耐性に関与する変異 TP53：機能喪失変異 ERBB2：乳がんの抗HER2療法の感受性に関与する変異【CNV対象遺伝子】 CCND1, CCND2, CCND3, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, MYC

● 各パネルの対象変異情報の詳細は、別途、お問い合わせ下さい。

カスタムパネル

パネル名	パネルサイズ	ターゲット領域
Ion AmpliSeq^TM HD Panel	12-500アンプリコン/1プール	ヒトの任意の遺伝子変異とその周辺領域

解析結果

・SNV, InDelなどを検出します。
・対象変異または検出された変異には各種アノテーション^※をつけてエクセルファイルでご提供します。

SNV, InDelとそのアノテーション一覧①

SNV, InDelとそのアノテーション一覧②
※1　SNV、 InDelには次のようなアノテーションがつきます。
変異個所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、COSMIC ID、ClinVar ID、RefSeq ID、CCDS ID、日本人アレル頻度（1000 Genomes、HGVD、HapMap、iJGVD）、サンプルごとのジェノタイプデータ、Depth、変異塩基の頻度など

納品物

・解析報告書
・データHDD：リード情報(FASTQ)、マッピングデータ（BAM）、SNV/InDel検出データ(VCF)、SNV/InDelのアノテーションデータ(エクセルファイル)

サンプル条件

サンプルの種類	Cell free DNA (cfDNA)
推奨DNA量	100 ng^※１
メインピークサイズ	180 bp付近^※２
溶媒	Nuclease-free水
検体送付方法	低吸着チューブを使用、冷蔵又はドライアイス詰めで送付

※１　上記DNA量に満たない場合は、別途ご相談下さい。
※２　 Agilent 2100バイオアナライザーまたはAgilent 2200 TapeStationによる解析結果がお手元にある場合はご提出をお願いします。
●提出時にDNA濃度情報をご連絡ください（Picogreenなどの二本鎖DNA定量を用いた方法を推奨）。
●全血または血漿サンプルからのcfDNA抽出をご希望の場合は、別途、お問い合わせ下さい。

解析例

検体数	8
パネル	Oncomine^TM Lung cfDNA Assay
機種 / チップ	Ion S5^TM / Ion 530^TM
平均リード数 / 検体^※	2Mリード以上
バイオインフォマティクス解析	SNV・Short InDelの検出各種アノテーション付与検体間比較のためのリスト作成
納期	品質評価通過後、約1.5ヵ月

※ 得られるリード数は検体の品質により上記値を下回る場合がございます。