SNPジェノタイピング解析┃理研ジェネシス

特長

・圧倒的な実績（数量）及び、経験豊富なスタッフによる安心のサービスとサポートのご提供。
・世界トップクラスの解析ラボ（完全自動化解析、LIMS採用により解析操作の均一性とミスハンドリングの根絶を実現）。
・コスト効率良く全ゲノムジェノタイピングを実施されたい方に。
・オプション解析として、株式会社スタージェン社との提携による小家系連鎖解析および全ゲノム関連解析（GWAS）のご提供。

解析概要

弊社は、先端のゲノムコンテンツをカバーするSNPジェノタイピングツールとして、Illumina社のInfiniumビーズチップを採用し、受託解析サービスをご提供しております。最近では次世代シーケンスサービスとのデータ統合による、より正確なバリデーションやスクリーニング目的の利用が増加してきております。豊富な実績を持ち、品質保証体制を整えた遺伝子解析ラボにて測定された高品質なデータをご提供いたします。小規模プロジェクトから大規模プロジェクトまで安心してご利用ください。

代表的なチップ

ヒト用チップ

東アジア人の解析に最適化され、コスト効率の高いAsian Screening Array（ASA）やASAの一部を日本人多型コンテンツと入れ替えたJapanese Screening Array（JSA）、全ゲノム関連解析（GWAS）に比類ないパワーを発揮するOmniマイクロアレイなど、目的に合わせて最適なチップをお選びいただけます。

チップ名	特徴
Infinium Global Screening Array	複数人種集団向けにパワーを発揮、クリニカルリサーチ向けの多型を網羅的にカバー・約64万マーカー搭載
Infinium Asian Screening Array	東アジア特異的な低頻度の遺伝的多型やクリニカルコンテンツまでカバー、コスト効果の高いアレイ・約66万マーカー搭載
Infinium Japanese Screening Array	ASA の一部を、日本人多型のインピュテーション性能を上げるためのコンテンツと日本人クリニカルコンテンツと入れ替えたアレイ・約72万マーカー搭載
【Omniシリーズ】 InfiniumOmin5 InfiniumOmin2.5 InfiniumOminExpress	優れた検出力で比類ないカバレッジを提供約430万マーカー搭載約250万マーカー搭載約70万マーカー搭載
InfiniumCore	有益なtagSNPの搭載による高効率化・約30万マーカー搭載
InfiniumExome	ヒトのエクソン領域にフォーカス・約24万マーカー搭載
InfiniumCytoSNP-850K	Cytogenesis研究用・約85万マーカー搭載

※　その他チップをご希望の場合は別途お問い合わせください。

動植物用チップ

チップ名	特徴
BovineHD	ウシ高密度SNP解析用・約78万マーカー搭載
BovineSNP50	ウシSNP解析用・約5.3万マーカー搭載
GGP Bovine 150K	ウシSNP解析用・約13.4万マーカー搭載
GGP Bovine 100K	ウシSNP解析用・約10万マーカー搭載
GGP BovineLD	ウシSNP解析用・約3万マーカー搭載
GGP PorcineHD	ブタSNP解析用・約7万マーカー搭載
GGP Porcine 50K	ブタSNP解析用・約5万マーカー搭載
GGP Equine	ウマSNP解析用・約6.5万マーカー搭載
GGP GIGA-MUGA	マウスSNP解析用・約14.3万マーカー搭載
CanineHD	イヌ高密度SNP解析用・約17万マーカー搭載

※　その他チップをご希望の場合は別途お問い合わせください。

解析結果

■ 通常解析

■ オプション解析
・連鎖解析
表現型との関連性の強さを示すLODスコアの算出および表現型と関連した領域の絞り込みを実施します。

納品物

・解析報告書
・データディスク：ジェノタイプデータ(csvファイル)、GenomeStudioデータ(bscファイル)、アノテーションデータ(csvファイルまたはtxtファイル)、RAWデータ(idatファイル)、GenomeStudioデータ作成に必要なファイル一式

※連鎖解析実施時は、以下のファイルも納品します。
　候補領域リスト(bedファイル)、候補領域図(bmpファイル)

サンプル条件

サンプルの種類^※1	精製ゲノムDNA
DNA濃度^※2	50 ng/µL以上
液容量^※2	30 µL

※1 FFPE由来DNAの場合は別途ご相談ください。
※2 基準に満たない場合は、良好なデータが得られない場合がございますので、ご相談ください。
また、チップによってはサンプル条件が異なる場合がございますのでお問い合わせください。

解析例

BeadChip	Infinium Asian Screening Array
機種	iScan
サンプル数	96
データ量	Rawデータ: 1.7GB、GenomeStudioデータ: 1.8GB、ジェノタイプデータ: 1.2GB
バイオインドマティクス解析	GenomeStudioデータ作成 GenomeStudioから各種ストランドでジェノタイプデータを出力
納期	サンプル受領後、約1ヵ月（別途、試薬の手配に約1ヵ月かかります。）

Microarray Genotyping Analysis－Illumina－

特長