Target Fusion Sequencing

特長

・Archer™ FusionPlex™ PanelまたはIon AmpliSeq™RNA Panelを用いて、対象遺伝子を絞って融合遺伝子を検出。
・既知の融合遺伝子だけでなく、パートナーが未知の融合遺伝子も同定可能
・がん種ごとに重要な融合遺伝子に絞った解析も可能。

※ Archer™ FusionPlex™ Panelを使用した解析の場合のみ。

解析概要

Total RNAを用いて、ターゲット領域を含む配列をPCR増幅し、次世代シーケンサー(NGS)により塩基配列を決定します。
その後、得られたリード配列をターゲット配列や参照ゲノム配列にマッピングし、融合遺伝子を同定します。

解析概要(図)

解析内容

Archer™ FusionPlex™ Panel

・既知の融合遺伝子だけでなく、パートナーが未知の融合遺伝子も同定可能なパネルです。
・分子バーコードを使用することで、PCR由来のリード重複を除去します。
・IlluminaとIon TorrentTM両プラットフォームに対応しています。
・下記のパネルを用いてターゲット領域を含む配列を増幅します。

対象遺伝子などの詳細情報は、ArcherDX社のホームページをご参照下さい。

パネル名特徴遺伝子数
Lung 肺癌に関連した融合遺伝子およびエキソンスキッピングをターゲット。 14
Comprehensive Thyroid and Lung 非小細胞肺癌と甲状腺癌に関連した融合遺伝子をターゲット。 17 (36)
Sarcoma 肉腫に関連した融合遺伝子をターゲット。 26
Solid Tumor 様々な固形腫瘍に関連した融合遺伝子をターゲット。 53
Oncology Research がん関連の融合遺伝子を包括的にカバー。 75
Heme v2 血液癌に関連した融合遺伝子をターゲット。 73 (87)
Myeloid 骨髄性悪性腫瘍に関連した遺伝子をターゲット。 40 (84)
Acute Lymphoblastic Leukemia 急性リンパ性白血病に関連した遺伝子をターゲット。 44 (81)
Lymphoma リンパ腫に関連した遺伝子をターゲット。 34 (125)
※ 発現レベル測定および点変異検出のためのターゲットも含む遺伝子数。

Ion AmpliSeqTM RNA Fusion Lung Cancer Research Panel

・既知の融合遺伝子のみを同定可能なパネルです。
・Ion TorrentTMのみに対応しています。
・少量のTotal RNAから解析可能です。
・下記のパネルを用いてターゲット領域を増幅します。

パネル名対象がん種ターゲット融合遺伝子(融合遺伝子数)
RNA Fusion Lung Cancer Research Panel肺癌ALK, RET, ROS1, NTRK1を含む既知の融合遺伝子(61遺伝子)

解析結果

基本的なシーケンス情報や検出された融合遺伝子の情報をレポートとして提出します。

解析結果

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ) 、マッピングデータ(BAM) 、融合遺伝子の検出結果

サンプル条件

サンプルの種類     精製Total RNA     
RNA量1 μg以上
濃度25 ng/μL以上
溶液量20 μL以上
溶媒10 mM Tris-HCl (pH8.5)/Nuclease-free水
(EDTAを含むバッファーは不可)
※ サンプルの定量はAgilent2100 バイオアナライザまたはNanoDropを用いた方法を推奨しております。
※ サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
※ 著しく分解が見られる検体の場合は、ライブラリー作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。

解析例

検体数3
使用パネルSolid Tumor Panel
機種MiSeq
平均リード数/検体300万リード以上
リード長150 bp
シーケンス方法Paired End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析融合遺伝子の同定
納期品質評価通過後、約2ヵ月

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