Small RNA Sequencing

特長

・Small RNAの塩基配列を網羅的に解析。
・miRBaseなどに登録されている既知Small RNAの発現レベルを算出し、サンプル間で比較を実施。

解析概要

次世代シーケンサー(NGS)によりmiRNAなどのSmall RNAの塩基配列を網羅的に決定します。得られたリード配列を参照配列にマッピングし、既知miRNAの発現レベルの算出および転写物へのアノテーション付与を行います。複数サンプルの場合にはサンプル間での発現レベルの比較を行います。

解析概要(図)

解析結果

リード配列を参照配列に対してマッピング※1した後、既知miRNAについて発現レベルの算出および比較解析を実施します。発現レベルの比較結果は、各種アノテーション※2をつけてエクセル・マクロファイル※3とテキストファイルでご提出します。また、反復実験のあるグループ間比較の場合は、クラスタリング解析を実施し、ヒートマップ作成を行います。 

解析結果


※1 マッピング結果はIntegrative Genomic Viewer (IGV)で閲覧することが可能です。
※2 発現レベル比較データには次のようなアノテーションがつきます(Humanの場合)。
   miRNA ID、miRBase (Mature ID)、miRBase (Pre mature ID)、ゲノム上の位置
※3 アノテーションは弊社オリジナルのエクセル・マクロ(AnnotationViewer)で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、既知miRNAデータ(GTF)、発現レベル比較データ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)、クラスタリングおよびヒートマップデータ

サンプル条件

サンプルの種類※1Total RNA (Small RNA含む)Small RNA
RNA量6 µg0.5 µg
濃度※265 ng/µL以上20 ng/µL以上
RIN値※37以上
対応生物種ヒト※4ヒト※4
※1 RNA抽出の際は、small RNAを含むTotal RNAまたはsmall RNAを精製して下さい。
※2 サンプルの定量はAgilent2100バイオアナライザまたはAgilent2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
※3 サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
※4 その他の生物種についてはお問い合わせください。

解析例

機種 HiSeq 2500
リード数/レーン 約130M リード※1
リード長 50 bp
シーケンス方法 Single End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析 正規化された発現レベルリスト
発現レベルのサンプル間比較用リスト
クラスタリング結果
納期 品質評価通過後、約3ヵ月※2
※1 1検体当たり5M以上のリード数を推奨いたします。
※2 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

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