Small RNA Sequencing

特長

・Small RNAの塩基配列を網羅的に解析。
・miRBaseなどに登録されている既知Small RNAの発現レベルを算出し、サンプル間で比較を実施。

解析概要

次世代シーケンサー(NGS)によりmiRNAなどのSmall RNAの塩基配列を網羅的に決定します。
得られたリード配列を参照配列にマッピングし、既知miRNAの発現レベルの算出
および転写物へのアノテーション付与を行います。
複数サンプルの場合にはサンプル間での発現レベルの比較を行います。

解析結果

 

解析結果


アノテーションは弊社オリジナルのエクセル-マクロ(Annotation Viewer)で閲覧でき、Integrative Viewerおよび外部データベースと連携するようになっています。

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、既知miRNAデータ(GTF)
 発現レベル比較データ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)、クラスタリングおよびヒートマップデータ

サンプル条件

サンプルの種類          精製Total RNA          
RNA量6 µg以上
濃度※1200 ng/µL以上
RIN値※28以上
rRNA ratio (28S/18S)1.8以上
対応生物種ヒト※3
輸送時のサンプル形態※4エタノール沈殿の状態
※1 サンプルの定量はAgilent2100バイオアナライザまたはNanoDropを用いた方法を推奨しております。
※2 サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
※3 その他の生物種についてはお問い合わせください。
※4 エタノール沈殿処理(3M Sodium Acetate, pH5.2; 100%EtOH)を行い、エタノール沈殿の状態で送付をお願いします。

解析例

機種          HiSeq 2500          
リード数/レーン約130M リード※1
リード長50 bp
シーケンス方法Single End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析正規化された発現レベルリスト
発現レベルのサンプル間比較用リスト
クラスタリング結果
納期品質評価通過後、約3ヵ月
※1 1検体当たり5M以上のリード数を推奨いたします。
※  同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

関連サービス

製品検索

キーワードから探す