De novo Bacterial Sequencing

特長

・バクテリアを対象とした全ゲノムシーケンシング解析。
・経験豊富なChunLab社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供。
・ゲノム配列の比較解析サービスもご提供可能。
・解析データは、ChunLab社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。

解析概要

ゲノム配列未知のバクテリアを対象として、全ゲノムの塩基配列を決定します。複数機種の次世代シーケンサー(NGS)をご用意していますので、研究目的に適したシーケンシング方法が選択可能です。ゲノムの機能解析、進化、比較ゲノムや薬品開発・エネルギー産業研究に応用していただけます。

解析概要(図)

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツールEzBioCloud Whole Genome Analysis (WG)※1およびComparative Genomics (CG)※1, 2を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。

■ Whole Genome Analysis:サンプルごとの全ゲノムシーケンシング解析

・de novoアセンブリングによるコンティグ作成
・予測されたCDSへのアノテーション付与
・予測されたCDSのゲノムブラウザおよびゲノムマップ表示
・BLASTを用いたホモログ探索

解析結果

■ Comparative Genomics:お客様ご提供のゲノム配列及び公共データベース上のゲノム配列を用いた比較解析※3

・ゲノム配列間の類似性を基に作成された系統樹
・リファレンスと任意のゲノム配列間の遺伝子ごとの類似性
・複数ゲノム配列間で共通に存在する遺伝子の数
・遺伝子構成によるクラスタリング解析とヒートマップ作成(Gene presence/absence analysis) など

解析結果

※1 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
※2 詳細はChunLab社ホームページのサイトをご参照ください。
※3 お客様ご提供のゲノム配列または5つ以上のゲノム配列との比較をご希望の場合は追加費用が必要になります。

納品物

・解析結果(EzBioCloud WGおよびCGを使用して納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能)
・リード情報(FASTQ、EzBioCloudデータダウンロードサイトより納品後1年間取得可能)
・品質評価結果

サンプル条件

機種 MiSeq PacBio
サンプルの種類 精製ゲノムDNA 精製ゲノムDNA※1
DNA量 1 µg 20 µg
DNA濃度※2 50 ng/µL以上 150 ng/µL以上
溶液量 20 µL以上 20 µL以上
OD260/280 1.8以上 1.8以上
溶媒※3 10 mM Tris-HCl (pH 8.5)
またはNuclease-free水
10 mM Tris-HCl (pH 8.5)
またはNuclease-free水
※1 分解の見られないゲノムDNAをご提出ください。
※2 サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
※3 EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。

解析例

解析内容5 Mb以下ゲノムのドラフトシーケンシング
機種Miseq
リード長300 bp
シーケンス方法Paired End
バイオインフォマティクス解析アセンブリングによるコンティグの作成、コンティグ上のORF予測、
予測されたORFへのアノテーション、ゲノム比較解析など

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