nCounter® Analysis
特長
・ターゲットとなる核酸を、1分子単位でカウント（ダイレクトデジタルカウント）。
・従来の手法では核酸の損傷により解析が困難であったFFPE由来サンプルからでも良好な結果を取得可能。
・高い再現性と定量性から、多くの国際研究や臨床研究で採用（採用論文数2600以上）。
・遺伝子発現解析を中心に様々なパネルをご用意。
解析概要
nCounter® Analysis System (NanoString Technologies社)は対象核酸をダイレクトにデジタルカウントすることが可能なシステムです。がんや免疫など、特定の分野にフォーカスした遺伝子発現解析サービスをご提供いたします。
パネル一覧
遺伝子発現解析＿Oncology Panels
ヒトとマウスのがん分野にフォーカスしたパネルをご利用いただけます。対象遺伝子などの詳細情報は、NanoString Technologies社のホームページをご参照下さい。（※表中の遺伝子数は、internal reference controlを含む数を示しています。）
ヒト
マウス
ヒト
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| Human Breast Cancer 360™ | 乳がんのパスウェイやプロセスに関連した遺伝子およびサブタイプ分類に関連した遺伝子 | 770 |
| PanCancer IO 360™ | がん免疫および腫瘍微小環境に関連した遺伝子 | 770 |
| PanCancer Immune Profiling | がん免疫に関連した免疫応答遺伝子と免疫細胞マーカー | 770 |
| PanCancer Pathways | ドライバー遺伝子を含む主要ながんパスウェイに関連した遺伝子 | 770 |
| PanCancer Progression | 腫瘍の増殖や侵襲性の増加に関与する生物学的プロセスに関連した遺伝子 | 770 |
| GX Human Kinase V2 | キナーゼ遺伝子 | 536 |
| Human Stem Cell | 幹細胞に関連した遺伝子 | 199 |
マウス
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| Mouse PanCancer IO 360™ | がん免疫および腫瘍微小環境に関連した遺伝子 | 770 |
| PanCancer Mouse Immune Profiling | がん免疫に関連した免疫応答遺伝子と免疫細胞マーカー | 770 |
| PanCancer Mouse Pathways | ドライバー遺伝子を含む主要ながんパスウェイに関連した遺伝子 | 770 |
遺伝子発現解析＿Immunology Panels
ヒトとマウスを中心に、免疫分野にフォーカスしたパネルをご利用いただけます。対象遺伝子などの詳細情報は、NanoString Technologies社のホームページをご参照下さい。（※表中の遺伝子数は、internal reference controlを含む数を示しています。）
ヒト
ヒト以外の霊長目
マウス
ヒト
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| Human Autoimmune Profiling | 自己免疫疾患、慢性炎症性疾患に関連した遺伝子 | 770 |
| Human Autoimmune Discovery | 9つのタイプの自己免疫疾患に関連した遺伝子および免疫応答遺伝子 | 770 |
| GX Human Immunology V2 | 免疫に関連した遺伝子 | 594 |
| Human Inflammation V2 | 炎症に関連した遺伝子 | 255 |
| Human Myeloid Innate Immunity v2 | 自然免疫に関連した遺伝子 | 770 |
ヒト以外の霊長目
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| NHP Immunology | 免疫シグナル伝達経路に関連した遺伝子 | 770 |
マウス
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| Mouse Autoimmune Profiling | 自己免疫疾患、慢性炎症性疾患に関連した遺伝子 | 770 |
| GX Mouse Immunology V1 | 免疫に関連した遺伝子 | 561 |
| Mouse Inflammation V2 | 炎症に関連した遺伝子 | 254 |
| Mouse Myeloid Innate Immunity v2 | 自然免疫に関連した遺伝子 | 754 |
遺伝子発現解析＿Neuroscience Panels
ヒトとマウスの神経科学分野にフォーカスしたパネルをご利用いただけます。対象遺伝子などの詳細情報は、NanoString Technologies社のホームページをご参照下さい。（※表中の遺伝子数は、internal reference controlを含む数を示しています。）
ヒト
マウス
ヒト
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| Neuropathology Human | 神経変性疾患の発症と進行に関連する遺伝子 | 770 | Human Neuroinflammation | 神経炎症（免疫、炎症、神経生物学、神経病理学など）に関連した遺伝子 | 770 |
マウス
| パネル名 | 対象遺伝子 | 遺伝子数※ |
|---|---|---|
| Neuropathology Mouse | 神経変性疾患の発症と進行に関連する遺伝子 | 770 |
| Mouse Neuroinflammation | 神経炎症（免疫、炎症、神経生物学、神経病理学など）に関連した遺伝子 | 770 |
解析結果
通常解析
nSolverTM Analysis Softwareを用いて以下の解析を実施します。
・アッセイQC
・ノーマライゼーション
オプション解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・スキャッタープロットの作成
・発現変動比の算出
・発現変動遺伝子の抽出
・クラスタリング解析+ヒートマップ作成
納品物
・解析報告書
・データDVD：カウント生データ（RCCファイル）、リファレンス（RFLファイル）
ノーマライズされたカウントデータ（CSVファイル）
サンプル条件
| サンプルの種類 | 精製Total RNA |
|---|---|
| RNA濃度※ | 20 ng/µL以上(FFPE由来サンプルの場合は60 ng/µL以上) |
| 溶液量 | 15 µL以上 |
| 推奨品質 | FFPE由来サンプルの場合、 300 nt以上のRNA断片が50%以上 |
| 溶媒 | Nuclease-free水 |
解析例
| 検体数 | 12※ |
|---|---|
| パネル | PanCancer Immune Profiling |
| 機種 | nCounter FLEX Analysis System |
| データ解析 | ノーマライゼーション |
| オプション解析 | 発現変動遺伝子の抽出、クラスタリング解析 |
| 納期 | 品質評価通過後、約1ヶ月（オプション解析期間を除く） |
関連サービス
Microarray Expression Analysis－Thermo Fisher Scientific－
Microarray Expression Analysis－Agilent Technologies－
核酸抽出サービス
Pathway Analysis (iPathwayGuide)
Target RNA Sequencing
Transcriptome Sequencing