Microbial Community Analysis

特長

・16S rRNA遺伝子領域を対象としたマイクロバイオーム解析
・経験豊富なChunLab社の受託解析サービスをご提供
・解析データは、独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能

解析概要

16S rRNA遺伝子の配列をシーケンスすることで、サンプル中に存在する微生物の種類と構成比を解析します。
微生物が存在するサンプルから直接DNAを抽出し、PCR増幅後シーケンス解析を行うことで、難培養性の微生物も解析することができます。Microbiome(微生物叢)と疾患の関連研究、動物や植物のMicrobiome研究、水質・土壌調査など、様々な目的にご利用いただけます。

解析概要(図)

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツールEzBioCloud 16S rRNA gene-based Microbiome Taxonomic Profiling (MTP)※3, 4を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます(納品後1年間)。

・サンプルごとの分類学的構成および菌種組成比較
・α多様性(サンプルごとの菌種の多様性)およびβ多様性(サンプル間の菌種組成の類似性)解析
・サンプルセットごとの菌種組成比較
・サンプルセット間での特定分類群の存在量比較および多様性解析

解析結果
解析結果

※3 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
※4 詳細はChunLab社ホームページのサイト(http://help.ezbiocloud.net/tutorial-mtp-respiratory-tract/)をご参照ください。

納品物

・解析結果(EzBioCloud MTPを使用して閲覧または各種ファイル取得可能)
・リード情報(FASTQ、EzBioCloud MTPより取得可能)
・品質評価結果

サンプル条件

サンプルの種類          メタゲノムDNA          
DNA濃度40 ng/µL以上
溶液量30 µL以上
OD260/2801.8以上
溶媒Low TEまたはNuclease-free水

解析例

解析対象領域16S rRNA遺伝子V3-V4領域
機種Miseq
リード数/検体約20Kリード
リード長250 bp
シーケンス方法Paired End / Multiplex
バイオインフォマティクス解析取得配列の相同性検索と系統分類解析
微生物組成の算出とサンプル間比較
多様性解析(サンプルごとの微生物の多様性、サンプル間の微生物組成の類似性)
サンプルセット間の比較解析(微生物組成の比較、特定分類群の存在量の比較など)
納期品質評価通過後、約2.5カ月

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