Exome Sequencing

特長

・ゲノムのエクソン領域のみを濃縮してシーケンシングするため、シーケンスコストを大幅に低減。
・Single Nucleotide Variation(SNV)、Short Insertion/Deletion(InDel)の探索と弊社が独自開発したシステムによるアノテーション付与。
・遺伝性変異から体細胞性変異まで候補遺伝子の同定に有用。

※体細胞変異の解析をご希望の場合は、こちらのページをご参照下さい。

【New】新たにTwist Bioscience社の試薬を使用したエクソーム解析サービスを開始致しました。詳細は、下記のエクソン領域濃縮キットTwist Exome部分をご参照ください。

解析概要

ゲノムからエクソン領域を濃縮し、次世代シーケンサー(NGS) により塩基配列を決定します。得られたリード配列を参照配列にマッピングした後、SNVを検出し、アノテーションの付与を行います。複数サンプルの場合はサンプル間比較用のリストを作成します。

解析概要(図)

エクソン領域濃縮キット

SureSelect All Exon

実績のあるAgilent technologies社のSureSelect All Exonを使用したサービスです。

パネル名 対応生物種 対象領域 デザイン
サイズ
SureSelect Human All Exon V6 ヒト コーディング領域、miRNA、snoRNA、tRNA 60 Mb
SureSelect Human All Exon V6 + UTR ヒト V6の全対象領域、体質性疾患研究向けUTR領域 91 Mb
SureSelect Human All Exon V7 ヒト コーディング領域 48 Mb
SureSelect Mouse All Exon マウス コーディング領域 50 Mb
●上記以外の濃縮キットについてはご相談ください。

Twist Exome NEW

Twist Bioscience社のエクソーム用パネルを使用したサービスです。最適化された高品質の二本鎖DNAプローブを使用することで、より均一なカバレッジを持つデータが取得でき、シーケンス効率の向上とコストの削減が可能になりました。

パネル名 対応生物種 対象領域 デザイン
サイズ
Human Core Exome ヒト コーディング領域(CCDSのコーディング領域を99%以上カバー) 33.2 Mb
Human Core Exome + RefSeq
またはComprehensive Exome
ヒト コーディング領域(CCDS、RefSeq、GENCODEのコーディング領域を99%以上カバー) 36.8 Mb
●上記以外のパネルおよび既成パネルのカスタマイズについてはご相談ください。

解析結果

リード配列を参照配列に対してマッピング※1し、変異箇所(SNV※1)を検出します。
検出されたSNVは、各種アノテーション※2をつけてエクセル・マクロファイル※3 とテキストファイルでご提出します。エクセル・マクロファイル上で、Compound Heterozygote(複合ヘテロ接合体)変異候補を抽出することも可能です(この機能をご使用いただくためには、トリオサンプルのデータが必要です)。

解析結果

※1 マッピング結果、SNV、DepthはIntegrative Genomics Viewer(IGV)で閲覧することが可能です。
※2 検出されたSNVには次のようなアノテーションがつきます(Humanの場合)。
変異箇所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、RefSeq ID、CCDS ID、
日本人アレル頻度(1000 Genomes、HGVD、HapMap、iJGVD)、Conserved Elements、SIFT、Depth、クオリティ値、サンプルごとのジェノタイプデータなど。
※3 アノテーションは弊社オリジナルのエクセル・マクロ(AnnotationViewer)で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、SNV/InDel検出データ(VCF)、
 SNV/InDelのアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)

サンプル条件

エクソン領域濃縮キット SureSelect All Exon Twist Exome
サンプルの種類 精製ゲノムDNA 精製ゲノムDNA
DNA量 3 µg 0.3 µg
濃度 50 ng/µL以上 10 ng/µL以上
OD260/280 1.8以上 1.8以上
溶媒 1x TE 10 mM Tris-HCl (pH 8.0)
またはNuclease-free水
※EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。
・サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
・サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。

解析例

機種NovaSeq 6000
Exon Capture方法SureSelect Human All Exon V6
平均データ量/サンプル約10 Gb
リード長150 bp
シーケンス方法Paired End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析SNVおよび、一部のShort InDelの同定、
各種アノテーション付与
納期品質評価通過後、約2.5ヵ月
※ 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

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