Exome Sequencing

特長

・ゲノムのエクソン領域のみを濃縮してシーケンシングするため、シーケンスコストを大幅に低減。
・Single Nucleotide Variation(SNV)、Short Insertion/Deletion(InDel)の探索と弊社が独自開発したシステムによるアノテーション付与。
・遺伝性疾患から体細胞疾患のがんまで候補遺伝子の同定に有用。

解析概要

ゲノムからエクソン領域を濃縮し、次世代シーケンサー(NGS) により塩基配列を決定します。
得られたリード配列を参照配列にマッピングした後、SNVを検出し、アノテーションの付与を行います。
複数サンプルの場合はサンプル間比較用のリストを作成します。その他に、体細胞変異検出を目的としたMatched-Pair解析も実施可能です。

解析概要(図)

エクソン領域濃縮キット

実績のあるAgilent technologies社のSureSelectを使用しております。

パネル名 対応生物種 対象領域 デザインサイズ
SureSelect Human All Exon V6 ヒト コーディング領域、miRNA、snoRNA、tRNA 60 Mb
SureSelect Human All Exon V6 + UTR ヒト V6の全対象領域、体質性疾患研究向けUTR領域 91 Mb
SureSelect Human All Exon V7 ヒト コーディング領域 48 Mb
SureSelect Mouse All Exon マウス コーディング領域 50 Mb
●上記以外の濃縮キットについてはご相談ください。

解析結果

リード配列を参照配列に対してマッピング※1し、変異箇所(SNV※1)を検出します。
検出されたSNVは、各種アノテーション※2をつけてエクセル・マクロファイル※3 とテキストファイルでご提出します。エクセル・マクロファイル上で、Compound Heterozygote(複合ヘテロ接合体)変異候補を抽出することも可能です(この機能をご使用いただくためには、トリオサンプルのデータが必要です)。

解析結果

※1 マッピング結果、SNV、DepthはIntegrative Genomics Viewer(IGV)で閲覧することが可能です。
※2 検出されたSNVには次のようなアノテーションがつきます(Humanの場合)。
変異箇所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、RefSeq ID、CCDS ID
日本人アレル頻度(1000 Genomes、HGVD、HapMap、iJGVD)、Conserved Elements、SIFT、Depth、クオリティ値、サンプルごとのジェノタイプデータなど
※3 アノテーションは弊社オリジナルのエクセル・マクロ(AnnotationViewer)で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、SNV/InDel検出データ(VCF)
 SNV/InDelのアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)

サンプル条件

サンプルの種類     精製ゲノムDNA     
DNA量3 µg以上
濃度50 ng/µL以上
OD260/2801.8以上
溶媒1x TE
・サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
・サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
・FFPE由来DNAの場合は別途ご相談ください。

解析例

機種NovaSeq
Exon Capture方法SureSelect Human All Exon V6
平均データ量/サンプル10 Gb相当
リード長100 bp
シーケンス方法Paired End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析SNV同定、一部のShort InDel
各種アノテーション、サンプル間比較
Depth・クオリティ値など絞込みに必要な各種情報
納期品質評価通過後、約2.5ヵ月
※ 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

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