Target DNA Sequencing

特長

・Coverage depthを厚くすることで、体細胞変異も検出することが可能。
・遺伝性疾患やがん関連遺伝子などをターゲットとした様々なパネルが利用可能。
・カスタムパネルを用いた解析にも対応。

解析概要

ターゲットゲノム領域のみをSequence capture法またはPCR法により濃縮し、次世代シーケンサー( NGS) によりそれらの塩基配列を決定します。その後、参照配列と比較することで、目的遺伝子の変異を解析します。また、Matched-Pair解析を行い、体細胞変異を同定することも可能です（一部対応できないパネルもございますので、別途ご相談ください）。

パネル一覧

遺伝性疾患パネル

No.	パネル名	遺伝子数	プライマー数	ターゲット領域	濃縮方法
1	QIAseq Pharmacogenomics Panel	31	146	薬物代謝に関連する遺伝子のコーディング領域	PCR
2	QIAseq Inherited Disease Panel	298	11579	遺伝性疾患の原因またはがんの素因となる遺伝子のコーディング領域	PCR

カスタムパネル

No.	パネル名	パネルサイズ	ターゲット領域	濃縮方法
3	SureSelect DNA Capture Custom	1-24,000 kb	ヒトおよびマウス^※ 任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域	Capture
4	SeqCap Ez Choice	1-7,000 kb	ヒト任意のゲノム領域をターゲット	Capture
5	Ion AmpiSer^TM Custom Panel	1-1,000 kb	ヒトおよびマウス^※ 任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域	PCR
6	QIAseq Targeted DNA Custom Panel	―	ヒト任意のゲノム領域をターゲット	PCR

※その他の生物に関しましては、別途ご相談ください。

がんパネル

No.	パネル名	遺伝子数	パネルサイズ	ターゲット領域	濃縮方法
７	SureSelect NCC oncopanel	90	930 kb	がん関連90遺伝子のエキソン領域 Fusion検出のための対象遺伝子（Driver;12、Partner;23）のイントロン領域をターゲット	Capture
8	NimbleGen Comprehensive Cancer Panel	578	4,000 kb	がん関連遺伝子のエキソン領域	Capture
9	TruSight Tumor 26	26	21 kb	対象変異を含む82エクソン	PCR
10	Ion AmpliSeq^TM Cancer HotSpot Panel v2	50	22 kb	2800以上のCOSMIC変異を含むHotSpot領域	PCR
11	Ion AmpliSeq^TM Comprehensive Cancer Panel	409	1,290 kb	ヒトがん関連 409遺伝子のコーディング領域	PCR
12	QIAseq Actionable Solid Tumor Panel	22	651	がん関連19遺伝子の主要な領域がん抑制3遺伝子の全エクソン領域	PCR
13	QIAseq BRCA1and BRCA2 Panel	2	223	BRCA1、BRCA2のコーディング領域	PCR
14	QIAseq BRCA1and BRCA2 Plus Panel	6	346	乳がんおよび卵巣がんに関連する遺伝子コーディング領域	PCR
15	QIAseq Breast Cancer Panel	93	4831	乳がんに関連する遺伝子コーディング領域	PCR
16	QIAseq Colorectal Cancer Panel	71	2929	大腸がんに関連する遺伝子コーディング領域	PCR
17	QIAseq Lung Cancer Panel	72	4149	肺がんに関連する遺伝子コーディング領域	PCR
18	QIAseq Myeloid Neoplasmas Cancer Panel	141	5887	骨髄性悪性腫瘍に関連する遺伝子コーディング領域	PCR
19	QIAseq Comprehensive Cancer Panel	275	11311	がんの発症と進行に関連する遺伝子コーディング領域	PCR

●リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談ください。
●弊社は、アジレント社製NGS関連製品を用いた受託サービスの認定サービスプロバイダーです。

サンプル条件

パネルNo.	1, 2, 5, 6, 11-19	3, 4, 7. 8	9	10
サンプル	ゲノムDNA	ゲノムDNA	ゲノムDNA	ゲノムDNA
DNA量	0.5 μg以上	5 μg以上	1 μg以上	0.2 μg以上
濃度	10 ng/μL以上	100 ng/μL以上	50 ng/μL以上	10 ng/μL以上
溶媒	Low TEまたはキット添付のElution Buffer	1x TEまたはキット添付のElution Buffer	Low TEまたはNuclease-free水	Low TEまたはキット添付のElution Buffer

●サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
●FFPE由来DNAの場合は、別途ご相談ください