Target DNA Sequencing

特長

・Coverage depthを厚くすることで、体細胞変異も検出することが可能。
・遺伝性疾患やがん関連遺伝子などをターゲットとした様々なパネルが利用可能。
・カスタムパネルを用いた解析にも対応。

解析概要

ターゲットゲノム領域のみをSequence capture法またはPCR法により濃縮し、次世代シーケ ンサー( NGS) によりそれらの塩基配列を決定します。その後、参照配列と比較することで、目的 遺伝子の変異を解析します。 また、Matched-Pair解析を行い、体細胞変異を同定することも可 能です(一部対応できないパネルもございますので、別途ご相談ください)。

解析概要(図)

パネル一覧

遺伝性疾患パネル

No.パネル名遺伝子数プライマー数ターゲット領域濃縮方法
1QIAseq
Pharmacogenomics Panel
31146薬物代謝に関連する
遺伝子のコーディング領域
PCR
2QIAseq
Inherited Disease Panel
29811579遺伝性疾患の原因または
がんの素因となる遺伝子の
コーディング領域
PCR

カスタムパネル

No. パネル名 パネルサイズ ターゲット領域 濃縮方法
3 SureSelect DNA Capture Custom 1-24,000 kb ヒトおよびマウス
任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域
Capture
4 SeqCap Ez Choice 1-7,000 kb ヒト任意のゲノム領域をターゲット Capture
5 Ion AmpiSerTM Custom Panel 1-1,000 kb ヒトおよびマウス
任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域
PCR
6 QIAseq Targeted DNA Custom Panel ヒト任意のゲノム領域をターゲット PCR
※その他の生物に関しましては、別途ご相談ください。

がんパネル

No. パネル名 遺伝子数 パネルサイズ ターゲット領域 濃縮方法
SureSelect NCC oncopanel 90 930 kb がん関連90遺伝子のエキソン領域
Fusion検出のための 対象遺伝子
(Driver;12、Partner;23)の
イントロン領域をターゲット
Capture
8 NimbleGen Comprehensive
Cancer Panel
578 4,000 kb がん関連遺伝子のエキソン領域 Capture
9 TruSight Tumor 26 26 21 kb 対象変異を含む82エクソン PCR
10 Ion AmpliSeqTM Cancer
HotSpot Panel v2
50 22 kb 2800以上のCOSMIC変異を
含むHotSpot領域
PCR
11 Ion AmpliSeqTM Comprehensive
Cancer Panel
409 1,290 kb ヒトがん関連
409遺伝子のコーディング領域
PCR
12 QIAseq Actionable Solid
Tumor Panel
22 651 がん関連19遺伝子の主要な領域
がん抑制3遺伝子の全エクソン領域
PCR
13 QIAseq BRCA1and BRCA2 Panel 2 223 BRCA1、BRCA2のコーディング領域 PCR
14 QIAseq BRCA1and BRCA2
Plus Panel
6 346 乳がんおよび卵巣がんに関連する
遺伝子コーディング領域
PCR
15 QIAseq Breast Cancer Panel 93 4831 乳がんに関連する
遺伝子コーディング領域
PCR
16 QIAseq
Colorectal Cancer Panel
71 2929 大腸がんに関連する
遺伝子コーディング領域
PCR
17 QIAseq Lung Cancer Panel 72 4149 肺がんに関連する
遺伝子コーディング領域
PCR
18 QIAseq Myeloid
Neoplasmas Cancer Panel
141 5887 骨髄性悪性腫瘍に関連する
遺伝子コーディング領域
PCR
19 QIAseq Comprehensive
Cancer Panel
275 11311 がんの発症と進行に関連する
遺伝子コーディング領域
PCR
●リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談ください。
●弊社は、アジレント社製NGS関連製品を用いた受託サービスの認定サービスプロバイダーです。

サンプル条件

パネルNo.1, 2, 5, 6, 11-193, 4, 7. 8910
サンプルゲノムDNAゲノムDNAゲノムDNAゲノムDNA
DNA量0.5 μg以上5 μg以上1 μg以上0.2 μg以上
濃度10 ng/μL以上100 ng/μL以上50 ng/μL以上10 ng/μL以上
溶媒Low TEまたはキット添付のElution Buffer1x TEまたはキット添付のElution BufferLow TEまたはNuclease-free水Low TEまたはキット添付のElution Buffer
●サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
●FFPE由来DNAの場合は、別途ご相談ください

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