Target DNA Sequencing

特長

・Coverage depthを厚くすることで、体細胞変異も検出することが可能。
・遺伝性疾患やがん関連遺伝子などをターゲットとした様々なパネルが利用可能。
・カスタムパネルを用いた解析にも対応。

解析概要

ターゲットゲノム領域のみをSequence capture法またはPCR法により濃縮し、次世代シーケンサー(NGS) によりそれらの塩基配列を決定します。その後、参照配列と比較することで、目的遺伝子の変異を解析します。また、Matched-Pair解析を行い、体細胞変異を同定することも可能です（一部対応できないパネルもございますので、別途ご相談ください）。

パネル一覧

がんパネル

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。
リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。

がんパネル_網羅的変異解析

No.	パネル名	遺伝子数	パネルサイズ	ターゲット領域	ターゲット濃縮方法
1	SureSelect NCC oncopanel	90	930 kb	がん関90遺伝子のエキソン領域およびFusion検出のための対象遺伝子（Driver;12、Partner;23）のイントロン領域	Capture
2	Oncomine^TM Tumor Mutation Load Assay	409	1,650 kb	Tumor mutation burden（TMB）を評価するためのパネル、がん関連409遺伝子のエクソン領域（1.2 Mb）とイントロン領域（0.45 Mb）	PCR
3	Ion AmpliSeq^TM Comprehensive Cancer Panel	409	1,290 kb	ヒトがん関連409遺伝子のコーディング領域	PCR
4	QIAseq Comprehensive Cancer Panel	275	837 kb	がんの発症と進行に関連する遺伝子のコーディング領域	PCR

がんパネル_Hotspot変異解析

No.	パネル名	遺伝子数	パネルサイズ	ターゲット領域	ターゲット濃縮方法
5	Ion AmpliSeq^TM Cancer HotSpot Panel v2	50	22 kb	2800以上のCOSMIC変異を含むHotSpot領域	PCR
6	Ion AmpliSeq^TM Colon and Lung Research Panel v2	22	15 kb	大腸がんおよび肺がんに関連する遺伝子のHotSpot領域	PCR
7	QIAseq Actionable Solid Tumor Panel	22	15 kb	がん関連19遺伝子の主要な領域およびがん抑制3遺伝子の全エクソン領域	PCR

がんパネル_がん種別変異解析

No.	パネル名	遺伝子数	パネルサイズ	ターゲット領域	ターゲット濃縮方法
8	QIAseq BRCA1and BRCA2 Panel	2	16 kb	BRCA1、BRCA2のコーディング領域	PCR
9	QIAseq BRCA1and BRCA2 Plus Panel	6	26 kb	乳がんおよび卵巣がんに関連する遺伝子のコーディング領域	PCR
10	QIAseq Breast Cancer Panel	93	371 kb	乳がんに関連する遺伝子のコーディング領域	PCR
11	QIAseq Colorectal Cancer Panel	71	215 kb	大腸がんに関連する遺伝子のコーディング領域	PCR
12	QIAseq Lung Cancer Panel	72	318 kb	肺がんに関連する遺伝子のコーディング領域	PCR
13	QIAseq Myeloid Neoplasms Panel	141	437 kb	骨髄性悪性腫瘍に関連する遺伝子のコーディング領域	PCR

遺伝性疾患パネル

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。
リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。

No.	パネル名	遺伝子数	パネルサイズ	ターゲット領域	ターゲット濃縮方法
14	QIAseq Pharmacogenomics Panel	31	3 kb	薬物代謝に関連する遺伝子のコーディング領域	PCR
15	QIAseq Inherited Disease Panel	298	839 kb	遺伝性疾患の原因またはがんの素因となる遺伝子のコーディング領域	PCR

カスタムパネル

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。

No.	パネル名	パネルサイズ	ターゲット領域	ターゲット濃縮方法
16	SureSelect DNA Capture Custom	1-24,000	ヒトおよびマウス^※任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域	Capture
17	Ion AmpiSer^TM Custom Panel	1-1,000 kb	ヒトおよびマウス^※任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域	PCR
18	QIAseq Targeted DNA Custom Panel	―	ヒト任意遺伝子のコーディング領域をターゲット	PCR

※その他の生物に関しましては、別途ご相談ください。

サンプル条件

パネルNo.	1, 16	2-4, 7-15, 17, 18	5, 6
サンプルの種類	ゲノムDNA	ゲノムDNA	ゲノムDNA
DNA量	3 μg	0.5 μg	0.2 μg
濃度	50 ng/μL以上	10 ng/μL以上	10 ng/μL以上
溶媒	1x TEまたはキット添付の Elution Buffer	Low TEまたはキット添付の Elution Buffer	Low TEまたはキット添付の Elution Buffer

●サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
●FFPE由来DNAの場合は、別途ご相談ください