Target RNA Sequencing
特長
・低発現遺伝子の優れた検出能力。
・FFPEに由来する少量のRNAからでも解析可能。
・免疫応答バイオマーカー研究に重要な遺伝子を解析可能なパネルをご用意。
解析概要
Total RNAを用いて、ターゲット遺伝子の配列をPCR増幅し、次世代シーケンサー（NGS）を用いて塩基配列を決定します。その後、得られたリード配列を参照配列にマッピングし、発現レベルの算出を行います。複数サンプルの場合には、サンプル間での発現レベル比較も実施します。
解析内容
OncomineTM Immune Response Research Assay
・免疫チェックポイント阻害ターゲットを含む免疫制御経路およびシグナル伝達経路に関連した遺伝子（Housekeepingを含む395遺伝子）の発現を解析できるパネルです。
納品物
・解析報告書
・データHDD：リード情報( FASTQ) 、マッピングデータ（BAM）、RPMデータ（テキストファイル、CHPファイル）、比較解析結果( テキストファイル)
サンプル条件
| サンプルの種類 | 精製Total RNA |
|---|---|
| RNA量 | 100 ng |
| 濃度 | 10 ng/µL以上 |
| 溶媒 | Nuclease-free水 |
※サンプルの定量はQuibitを用いた方法を推奨しております。
※サンプルの（バイオアナライザによる）電気泳動像図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
※著しく分解が見られる検体の場合は、ライブラリー作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。
解析例
| 検体数 | 16 |
|---|---|
| パネル | OncomineTM I mmune Response Research Assay |
| 機種 / チップ | Ion S5TM / Ion 530TM |
| バイオインフォマティクス解析 | 発現レベル（RPM) 算出、発現変動遺伝子の抽出など |
| 納期 | 品質評価通過後、約2ヵ月 |
関連サービス
Microarray Expression Analysis－Thermo Fisher Scientific－
Microarray Expression Analysis－Agilent Technologies－
nCounter® Analysis
Transcriptome Sequencing