DeepChek™ 感染症シーケンス解析試薬
製品概要
ABL Diagnostics社が提供するDeepChek™は感染症の原因となるウィルスや細菌の遺伝子解析を高精度かつ効率的に実施するための包括的なシーケンス解析ソリューションであり、病原体のジェノタイピングや薬剤耐性などに関わる変異を解析するために最適です。ターゲット増幅のためのPCR 試薬（DeepChek™ Assay）から解析ソフトウェア（DeepChek™/MicrobioChek™ Software）までをワンストップで提供し、Sanger Sequencingおよび Next Generation Sequencingの両方に対応します*。
*製品によりSanger Sequencingに対応していないものもございます。詳細は、下記の各製品説明をご参照ください。
※DeepChek™はABL Diagnostics社の商標です。
特徴
■HIV・HBV・HCV などのウイルスから結核菌などの細菌までの幅広い病原体の解析に対応しています。■DeepChek™ Assay は、目的に応じた標的遺伝子の増幅のための試薬です。HIV・HCV・HBV などの主要な感染症ウイルスに対応し、抗ウイルス薬耐性などに関わる遺伝子領域をターゲットとした PCR/RT-PCR 試薬を同梱しています。
■Sanger / NGS どちらのワークフローにも対応可能です*1。
■DeepChek™ Software*2およびMicrobioChek™ Software*3は、SangerまたはNGSで得られた配列データをアップロードし、病原体ごとに遺伝子型解析（genotyping）、変異解析（variants calling）、薬剤耐性判定などの臨床解釈まで一貫した解析を行えるWebベースのプラットフォームです。年間ライセンスをご購入いただくとユーザー数および解析数に制限なくご使用いただけます。
*1 ご使用のプラットフォームに応じて、Sanger用のシーケンス試薬またはNGS向けの関連試薬をご購入ください。
*2 DeepChek™ SoftwareはSangerまたはNGSの配列データが解析可能で、下記の病原体ごとにライセンス（またはモジュール）を販売しています。
・HIV、HCV、HBV、HDV、HPV、CMV、HSV、SARS-CoV-2
*3 MicrobioChek™ SoftwareはNGSの配列データが解析可能で、下記の病原体またはターゲットごとにライセンス（またはモジュール）を販売しています。
・HIV、Influenza A/B、RSV、BKV、16S
ワークフロー
DeepChek™ HIV関連製品
DeepChek™ HIV Genotyping & Drug Resistance Assays
・臨床サンプル由来のRNAからヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）の標的遺伝子（逆転写酵素、プロテアーゼ、インテグラーゼ、エンベロープなど）をPCR増幅するための試薬です。
・HIV-1標的遺伝子上の耐性関連変異を検出することにより、抗ウイルス薬耐性の判定が可能です。（HIV-1遺伝子と関連する薬剤につきましては、こちらをご参照ください。）
・Sanger / NGS どちらのワークフローにも対応可能です*。（ご使用のプラットフォームに応じて、Sanger用のシーケンス試薬またはNGS向けの関連試薬もご購入ください。）
*製品によりSanger Sequencingに対応していないものもございます（詳細は、下記の表をご参照ください）。
・対象遺伝子（領域）ごとに下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | 薬剤耐性同定 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome HIV-1 Genotyping V2x | 170B24_ V2_RUO |
24 | 〇 | - | ①Binding inhibitors ②Fusion inhibitors ③Reverse Transcriptase inhibitors ④Integrase inhibitors ⑦Protease inhibitors ➇Capsid assembly inhibitors |
| DeepChek™ Assay GP41/GP120 Genotyping and Drug Resistance V1x | 194A24 | 24 | 〇 | - | ①Binding inhibitors ②Fusion inhibitors |
| DeepChek™ Assay V3 LOOP/TROPISM V1x | 103A24 | 24 | 〇 | 〇 | ②Fusion inhibitors |
| DeepChek™ Assay HIV-1 Full PR/RT/INT Drug Resistance V2x | 198B24 | 24 | 〇 | - | ③Reverse Transcriptase inhibitors ④Integrase inhibitors ⑦Protease inhibitors |
| DeepChek™ Assay REVERSE TRANSCRIPTASE SIMPLEX Genotyping and Drug Resistance V1 | 197A24 | 24 | 〇 | 〇 | ③Reverse Transcriptase inhibitors |
| DeepChek™ Assay PROTEASE /REVERSE TRANSCRIPTASE Genotyping and Drug Resistance V2x | 101B24 | 24 | 〇 | 〇 | ③Reverse Transcriptase inhibitors ⑦Protease inhibitors |
| DeepChek™ Assay INTEGRASE Genotyping and Drug Resistance V3x | 102C24 | 24 | 〇 | 〇 | ④Integrase inhibitors |
| DeepChek™ Assay GAG Genotyping and Drug Resistance V1x | 195A24 | 24 | 〇 | - | ➇Capsid assembly inhibitors |
● MicrobioChek™ - Software (HIV Whole Genome)
・NGSで得られたHIV-Iのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。・主な出力結果：変異解析、ジェノタイピング、サブタイピング、最新のガイドラインによる薬剤耐性、APOBEC変異検出など
・主な出力結果：専用パイプラインによるキャピラリー電気泳動データ、ジェノタイピング、サブタイピング、最新のガイドラインによる薬剤耐性など
DeepChek™ HCV関連製品
HCV Genotyping & Drug Resistance
・臨床サンプル由来のRNAからC型肝炎ウイルス (HCV)遺伝子（NS5A、NS5B、NS3など）のジェノタイピングまたは薬剤耐性関連領域をPCR増幅するための試薬です。
・HCV遺伝子のターゲット配列を解析することにより、HCVのタイピングおよび抗ウイルス薬耐性の判定が可能です。
・Sanger / NGS どちらのワークフローにも対応可能です。（ご使用のプラットフォームに応じて、Sanger用のシーケンス試薬またはNGS向けの関連試薬もご購入ください。）
・対象遺伝子（領域）ごとに下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay NS5B / 5’UTR Genotyping V3x | 110C24 | 24 | 〇 | 〇 | ジェノタイピング |
| DeepChek™ Assay CORE Genotyping V1x | 109A24 | 24 | 〇 | 〇 | ジェノタイピング |
| DeepChek™ Assay NS5A Genotyping and Drug Resistance V1x | 105A24 | 24 | 〇 | 〇 | ジェノタイピング 薬剤感受性（NS5A inhibitors） |
| DeepChek™ Assay NS5A (GT2) Drug Resistance V1x | 106A24 | 24 | 〇 | 〇 | 薬剤感受性 |
| DeepChek™ Assay NS3 Genotyping and Drug Resistance V1x | 108A24 | 24 | 〇 | 〇 | ジェノタイピング 薬剤感受性（NS3 inhibitors） |
| DeepChek™ Assay NS5B Genotyping and Drug Resistance V4x | 107D24 | 24 | 〇 | 〇 | ジェノタイピング 薬剤感受性（NS5B inhibitors） |
・Sanger SequencingおよびNGSで得られたHCVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：専用パイプラインによるキャピラリー電気泳動データ（Sanger Sequencingデータの場合）、サブタイピング、変異解析、薬剤耐性など
DeepChek™ HBV関連製品
HBV Genotyping & Drug Resistance
・臨床サンプル由来のDNAからB型肝炎ウイルス (HBV)遺伝子（Polymeraseなど）のジェノタイピングまたは薬剤耐性関連領域をPCR増幅するための試薬です。
・HBV遺伝子のターゲット配列を解析することにより、HBVのタイピングおよび抗ウイルス薬耐性の判定、ウイルスワクチン回避および肝疾患の発症リスクの評価が可能です。
・Sanger / NGS どちらのワークフローにも対応可能です*。（ご使用のプラットフォームに応じて、Sanger用のシーケンス試薬またはNGS向けの関連試薬もご購入ください。）
* 製品によりSanger Sequencingに対応していないものもございます（詳細は、下記の表をご参照ください）
・対象遺伝子（領域）ごとに下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay RT Genotyping and Drug Resistance V1x | 113A24 | 24 | 〇 | 〇 | ジェノタイピング 薬剤感受性 |
| DeepChek™ Assay Whole Genome HBV Genotyping V1x | 184A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
・Sanger SequencingおよびNGSで得られたHBVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング、変異解析、薬剤耐性、ウイルスワクチン回避評価、肝疾患の発症リスクなど
DeepChek™ HDV関連製品
DeepChek™ Assay Whole Genome HDV Genotyping
・臨床サンプル由来のRNAからD型肝炎ウイルス (HDV)の全ゲノム領域をPCR増幅するための試薬です。
・HDVの全ゲノム配列を解析することにより、HDVのタイピングが可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome HDV Genotyping V1x | 199A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
● DeepChek™ HDV Software
・NGSで得られたHDVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング結果など
DeepChek™ HPV関連製品
DeepChek™ Assay HPV Genotyping
・臨床サンプル由来のDNAからヒトパピローマウイルス (HPV)L1遺伝子のジェノタイピング関連領域をPCR増幅するための試薬です。
・HPV遺伝子のターゲット配列を解析することにより、HPVのタイピングおよび14 種類の高リスク HPV 型のスクリーニングが可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay HPV Genotyping V1 | 130A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
・NGSで得られたHPVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング、高リスク HPV 型のスクリーニング結果など
DeepChek™ HSV関連製品
HSV Drug Resistance
・臨床サンプル由来のDNAから単純ヘルペスウイルス (HSV)のUL23（チミジンキナーゼ、TK）およびUL30（DNAポリメラーゼ）遺伝子の薬剤耐性関連領域をPCR増幅するための試薬です。
・HSVのターゲット遺伝子配列を解析することにより、変異と抗レトロウイルス薬に対するウイルス耐性との関係を研究するために有用です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay TK / POL Drug Resistance V1x | 119A24 | 24 | 〇 | - | 薬剤感受性 |
・NGSで得られたHSVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：変異解析、薬剤耐性など
DeepChek™ CMV関連製品
DeepChek™ Assay Whole Genome BKV Genotyping
・臨床サンプル由来のDNAからBKポリオーマウイルス (BKV)の全ゲノム領域をPCR増幅するための試薬です。
・BKVの全ゲノム配列を解析することにより、BKVのタイピングが可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome BKV Genotyping V1x | 189A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
● MicrobioChek™-Software (BKV Whole Genome)
・NGSで得られたBKVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング結果など
DeepChek™ BKV関連製品
DeepChek™ Assay Whole Genome BKV Genotyping
・臨床サンプル由来のDNAからBKポリオーマウイルス (BKV)の全ゲノム領域をPCR増幅するための試薬です。
・BKVの全ゲノム配列を解析することにより、BKVのタイピングが可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome BKV Genotyping V1x | 189A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
● MicrobioChek™-Software (BKV Whole Genome)
・NGSで得られたBKVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング結果など
DeepChek™ SARS CoV-2関連製品
DeepChek™ Assay Whole Genome BKV Genotyping
・臨床サンプル由来のDNAからBKポリオーマウイルス (BKV)の全ゲノム領域をPCR増幅するための試薬です。
・BKVの全ゲノム配列を解析することにより、BKVのタイピングが可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome BKV Genotyping V1x | 189A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
● MicrobioChek™-Software (BKV Whole Genome)
・NGSで得られたBKVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング結果など
DeepChek™ Influenza関連製品
DeepChek™ Assay Whole Genome Influenza A/B Genotyping
・臨床サンプル由来のRNAからA型およびB型インフルエンザウイルス（Influenza A/B）の全ゲノム領域をPCR増幅するための試薬です。
・Influenza A/Bの全ゲノム配列を解析することにより、研究や疫学への応用に役立つ亜型（サブタイプ）と変異体（または系統）の特定が可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome Influenza A/B Genotyping | 193B24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
● MicrobioChek™-Software (Influenza Genotyping)
・NGSで得られたInfluenza A/Bのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：サブタイプ結果、系統樹など
DeepChek™ RSV関連製品
DeepChek™ Assay Whole Genome RSV Genotyping
・臨床サンプル由来のRNAからRSウイルス (RSV)の全ゲノム領域をPCR増幅するための試薬です。
・RSVの全ゲノム配列を解析することにより、RSVのタイピングと感染症予防薬（nirsevimab）に対する耐性評価が可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay Whole Genome RSV Genotyping V1x | 201A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング 薬剤感受性 |
● MicrobioChek™-Software (RSV Whole Genome)
・NGSで得られたRSVのシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：タイピング結果、薬剤耐性など
DeepChek™ Tuberculosis（結核菌）関連製品
Tuberculosis Genotyping & Drug Resistance
・臨床サンプルまたは結核陽性培養サンプル由来のDNAからMycobacterium Tuberculosis (MTB) complex（結核菌群）の薬剤耐性およびジェノタイピングに関連する領域をPCR増幅するための試薬です。
・標的遺伝子上の耐性関連変異を検出することにより、抗結核薬耐性の判定が可能です。
・hsp65遺伝子の配列を解析することで、結核菌群のタイピングが可能です。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | ジェノタイピング/薬剤感受性 |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay 13-Plex KB Drug Susceptibility Testing V1x | 128A24_ RUO |
24 | 〇 | - | 薬剤感受性 |
| DeepChek™ Assay HSP65 Mycobacterium Identification V1.x | 206A24 | 24 | 〇 | - | ジェノタイピング |
・NGSで得られた結核菌のシーケンスデータを解析するためのソフトウェアです。
・主な出力結果：薬剤耐性など
DeepChek™ 16S rRNA関連製品
16S Metagenomics
・培養液または臨床サンプル由来のDNAから細菌の16S rRNA遺伝子の対象領域をPCR増幅するための試薬です。
・DeepChek™ Assay 16S rRNA Bacterial identificationは、細菌種の同定のために、16S rRNA遺伝子の9つの超可変領域すべてを増幅、解析することを可能にします。
・本製品は、多様な微生物集団において、属レベルや種レベルまでを含む同定や系統分類に役立ちます。
・NGSのワークフローに対応しています。
・下記の製品を提供しています。
| 製品名 | 製品番号 | 反応数 | NGS | Sanger | 対象領域 (アンプリコン数) |
|---|---|---|---|---|---|
| DeepChek™ Assay 16S rRNA Bacterial identification V2.x | 131B24 | 24 | 〇 | - | V1-V9 （6 amplicons） |
| DeepChek™ Assay 16S rRNA Bacterial identification V3.x | 131C24 | 24 | 〇 | - | V1-V9 （1 amplicon） |
● MicrobioChek™- Software (Taxonomy / 16s) Software
・NGSで得られた16S rRNAのシーケンスデータを解析し、細菌を同定するためのソフトウェアです。
・様々なプラットフォームからの生データを高速処理することが可能です。
・データベースとアルゴリズムの継続的な更新とサポートを行います。
・主な出力結果：細菌同定結果、菌種組成の解析結果など
DeepChek™ NGSライブラリ作製試薬
● DeepChek™ NGS LIBRARY PREPARATION V2.x
・次世代シーケンシング用のインデックスライブラリを作製するために最適化された試薬です。ライブラリは、様々なIlluminaプラットフォームと互換性があります。
・構成試薬：ライブラリ作製用試薬（Fragmentation enzyme、End Repair & A-Tailing enzyme、Buffer、DNA Ligase、Ligation buffer、PCR Mix、PCR Primer Mix含む）
※Dual index配列付アダプター（DeepChek™ ADAPTERS V2.x）とDNA精製用磁性ビーズ（DeepChek™ NGS Clean-up beads）は別売です。
・24反応（116B24）、48反応（116B48）、96反応（116B96）、384反応（116B384）製品を販売しています。
● DeepChek™ ADAPTERS V2.x
・ライブラリ作製用Dual index配列付アダプターです。
・DeepChek™ NGS LIBRARY PREPARATION V2.x試薬とのみご使用いただけます。
・24種類（124B24）、48種類（124B48）、96種類（124B96）、384種類（124B384）のDual indexが使用可能です。
● DeepChek™ NGS LIBRARY PREPARATION V3.x
・次世代シーケンシング用のインデックスライブラリを作製するための試薬です。ライブラリは、様々なIlluminaプラットフォームと互換性があります。
・DNA断片化のための独自の革新的な酵素断片化技術が採用され、DNA断片化、末端修復、アダプターライゲーションが1つのシンプルな酵素反応ステップに統合されました。
・構成試薬：ライブラリ作製用試薬（Beads、Beads Buffer、Amplification Mix含む）
※Unique dual index (UDI) 配列付アダプター（DeepChek™ ADAPTERS V4.x）とDNA精製用磁性ビーズ（DeepChek™ NGS Clean-up beads）は別売です。
・24反応（116C24）、96反応（116C96）製品を提供しています。
● DeepChek™ ADAPTERS V4.x
・ライブラリ作製用Unique dual index (UDI) 配列付アダプターです。
・DeepChek™ NGS LIBRARY PREPARATION V3.x試薬とのみご使用いただけます。
・24種類（124D24）、96種類（124D96）、384種類（124D384）のUDIが使用可能です。
● DeepChek™ NGS Library Preparation & Adapters V4.x
・次世代シーケンシング用のインデックスライブラリを作製するための試薬です。ライブラリは、様々なIlluminaプラットフォームと互換性があります。
・サーマルサイクラーを1回作動させるだけで、タグメンテーション（DNA断片化とアダプター挿入）とインデックス付きライブラリのPCR増幅が行われるため、ライブラリが２時間以内に作製可能です。
・構成試薬：予め1反応分がプレートに分注されたライブラリ作製用試薬（酵素やBufferなど含むReaction Plate、Dual indexを含むIndexing Plate）
※DNA精製用磁性ビーズ（DeepChek™ NGS Clean-up beads）は別売です。
・24反応（116D24）、96反応（116D96）製品を提供しています。
● DeepChek™ NGS Library Preparation (MGI) V1.x
・MGI社のプラットフォームを用いた次世代シーケンシング用のインデックスライブラリを作製するために最適化された試薬です。
・構成試薬：ライブラリ作製用試薬（Fragmentation enzyme、End Repair & A-Tailing enzyme、Buffer、DNA Ligase、Ligation buffer、Amplification Mix含む）
※Unique dual index (UDI) 配列付アダプター（DeepChek™ UDI Adapters (MGI) V1.x）とDNA精製用磁性ビーズ（DeepChek™ NGS Clean-up beads）は別売です。
・24反応（203A24）、96反応（203A96）製品を提供しています。
● DeepChek™ UDI Adapters (MGI) V1.x
・ライブラリ作製用Unique dual index (UDI) 配列付アダプターです。
・DeepChek™ NGS Library Preparation (MGI) V1.x試薬とのみご使用いただけます。
・24種類（204A24）、96種類（204A96）のUDIが使用可能です。
● DeepChek™ NGS Clean-up beads
・SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)技術に基づいており、NGSライブラリ調製におけるDNA精製と断片化サイズ選択に使用できます。
・室温保管製品：N411-03 (50 mL) / N411-04 (5 mL) を提供しています。
DeepChek™ サンガーシーケンシング試薬
● DeepChek™ Sanger Sequencing Reaction V1.X
・Sanger sequencingのあらゆるアプリケーションに使用できるユニバーサルシーケンシングキットです。標準またはロングランモジュールを使用したロングレンジPCR産物のシーケンスにもご使用いただけます。
・ABI 3500、SeqStudio などのあらゆるキャピラリー電気泳動システムと互換性があります。（対応システム：ABI 310、ABI 3100、ABI 3130、ABI 3500、ABI 3730、SeqStudio、Promega Spectrum system）
・構成試薬：PCR産物精製用試薬、シーケンシング反応試薬（Buffer、BDT 3.1）、シーケンシング反応物精製試薬（SAM Solution、BDX）
・24反応（123A24）、48反応（123A48）製品を販売しています。