GenDx HLAタイピング/キメリズム

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GenDx HLAタイピング/キメリズム
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製品概要

高解像度HLAタイピングのグローバルリーダーであるGenDx社（オランダ、ユトレヒト）が開発・製造する移植関連製品で、世界70か国以上で販売されています。次世代シーケンス法やサンガー法によるHLAタイピングのための試薬および解析ソフトウェアを各種取り揃えています。また、qPCR法による移植後のキメリズムモニタリングのための製品も提供しています。

ラインナップ

■ 次世代シーケンス法によるHLAタイピング


■ ナノポアシーケンス法によるHLAタイピング


■ サンガーシーケンス法によるHLAタイピング


■ qPCR法によるキメリズムモニタリング


■ 次世代シーケンス法によるキメリズムモニタリング


■ 次世代シーケンス法によるKIRタイピング


次世代シーケンス法によるHLAタイピング

次世代シーケンシング（NGS）用のHLAタイピング試薬と解析ソフトウェアです。各メーカーのNGSプラットフォーム（イルミナ社MiSeq、サーモフィッシャーサイエンティフィック社IonTorrent、パシフィックバイオサイエンス社PacBio® Sequel IIなど）に対応したワークフローをご提案可能です。ワークフローの各過程（Amplificatin、Library preparation、Analysis software）およびプラットフォームごとに製品を提供しています。


Amplification

    対象となるHLA遺伝子座をPCR増幅するための試薬です。Singleplex増幅用とMultiplex増幅用の試薬を販売しています。


  • NGSgo®-AmpX v2

    • ・主な構成試薬；HLAの各遺伝子座をターゲットとしたSingleplex増幅用プライマー、PCR試薬（GenDx-LongMix）。
    ・対象HLA遺伝子座：A, B, C, DRB1, DQB1, DPA1, DPB1, DQA1, DRB3/4/5（PacBio用のフローではDRB3/4/5が除外）。
    ※各遺伝子座の対象領域はメーカーサイトでご確認下さい。
    ・各NGSプラットフォームに対応したフローで、ご使用いただけます。


  • NGSgo®-MX11-3

    • ・主な構成試薬：HLAの11遺伝子座をターゲットとしたMultiplex増幅用プライマー、PCR試薬（GenDx-LongMix）。
    ・対象HLA遺伝子座：A, B, C, DRB1, DQB1, DPA1, DPB1, DQA1, DRB3/4/5。
    ・DRB4を除く10遺伝子座で全エクソン領域をカバー。
    ※各遺伝子座の対象領域はメーカーサイトでご確認下さい。
    ・11遺伝子座を3チューブに分けて増幅することで、ノイズレベルを低減し、より質の高いデータを得ることができます。
    ・試験開始から1.5日でタイピング結果を得ることができます（イルミナ社MiSeq Micro flowcellを用いて16検体のタイピングを実施した場合）。
    ・イルミナ社プラットフォーム、サーモフィッシャーサイエンティフィック社Ion S5およびパシフィックバイオサイエンス社PacBio® Sequel IIで検証済です。


  • NGSgo®-MX6-1

    • ・主な構成試薬：HLAの6遺伝子座をターゲットとしたMultiplex増幅用プライマー、PCR試薬（GenDx-LongMix）。
    ・対象HLA遺伝子座：A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1。
    ※各遺伝子座の対象領域は メーカーサイトでご確認下さい。
    ・One-Day-Workflow対応製品です。
    ・イルミナ社プラットフォームおよびパシフィックバイオサイエンス社PacBio® Sequel IIで検証済です。


  • GenDx-LongMix

    • ・PCR酵素、dNTP、バッファーを含むLongRange PCR用マスターミックスです。
    ・NGSgo®-AmpX v2などと共にご使用下さい。


 

Library preparation

    NGSライブラリを作製するための試薬です。イルミナ社プラットフォーム用およびIonTorrent用試薬を販売しています。


  • NGSgo®Library Full Kit

    • ・イルミナ社プラットフォーム用ライブラリを作製するために必要な試薬が含まれているキットです。
    ・構成試薬：ライブラリ作製用試薬（NGSgo LibrX Library preparation Illumina）、アダプターとIndex配列付プライマー（NGSgo-IndX Adapters & Indices Illumina plate）、DNA精製用磁性ビーズ（GenDx-Ampure XP）


  • NGSgo®-LibrX

    • ・ライブラリ作製用試薬です（アダプターとIndex配列付プライマーは別売）。
    ・イルミナ社プラットフォーム用およびIonTorrent用試薬をご提供します。


  • NGSgo®-IndX Adapters & Indices Illumina plates

    • ・ライブラリ作製用Index配列付プライマーの96ウェルプレートフォーマット製品です（アダプターも付属）。
    ・最大384種類のDual indexが使用可能です。
    ・より簡便で迅速なフローを実現すると共に、分注時のIndexの組み合わせ間違いを削減します。
    ・必要なサンプル数分のみ使用でき、未使用分は保存できます。
    ・イルミナ社プラットフォーム用製品です。


  • NGS-go®-IndX Adapter Ion Torrent plate

    • ・ライブラリ作製用Index配列付アダプターの96ウェルプレートフォーマット製品です。
    ・96種類のindexが使用可能です。
    ・必要なサンプル数分のみ使用でき、未使用分は保存できます。
    ・Ion Torrent用製品です。


 

Analysis software

    HLAタイピングのためのNGSデータ解析用ソフトウェアです。


  • NGSengine®

    • ・NGSを用いたHLAタイピングのデータ解析とタイピング結果閲覧・判定のためのソフトウェアです。
    ・操作性と解析スピードに優れ、各メーカーのNGSプラットフォームで得られたシーケンスデータを解析できます。
    ・通常のラップトップまたはデスクトップPCでお使いいただけます。
    ※ご使用頂く際は、メーカーサイトに記載されたシステム要件を満たすPCをご準備下さい。
    ・Free Trial：無料で一定期間お試しいただけます。ご希望の場合は、メーカーサイトよりお申込みいただくか、弊社“お問合せ”サイトよりご連絡ください。


  • NGSignition®

    • ・シーケンシングラン終了後、NGSengine®によるデータ解析を自動的に開始するためのソフトウェアです。
    ・シーケンサーのoutput folder をモニターし、ランが終了するとNGSengine®（自動化対応バージョン）によるデータ解析がスタートします。 解析終了後はNGSengineで解析結果を確認できます。
    ・One-Day-Workflow対応製品です。


     

    NGS-TurboTMは、スピードと使いやすさが重要視される状況での使用を考慮し設計された、高解像度HLAタイピング試薬です。Oxford Nanopore Technologies社のシーケンシング装置を利用し、迅速に、正確で信頼性の高い結果をご提供致します。


  • NGS-TurboTMAmp

    • ・対象となるHLA遺伝子座をPCR増幅するための試薬です。
    ・対象HLA遺伝子座：A, B, C, DRB1, DQB1, DPA1, DPB1, DQA1, DRB3/4/5。
    ・DRB4を除く10遺伝子座で全エクソン領域を増幅し（DRB4はエクソン2, 3のみ）、少なくとも2フィールドの解像度を得ることが可能です。
    ※各遺伝子座の対象領域 はメーカーサイトでご確認下さい。
    ・11遺伝子座を3チューブに分けて増幅します。
    ・試薬は１サンプル分ずつ分注されており、プライマー、酵素、バッファー、水が予め混合されている３つのチューブにDNAを加えるだけで、PCR反応を開始することができます。


  • NGS-TurboTMPrep

    • ・ナノポアシーケンシング用ライブラリを作製するための試薬です。
    ・本試薬は工程ごとに１サンプル分ずつ分注されており、酵素反応は室温でインキュベーション可能なため、わずか30分でライブラリを調製していただけます。
    ・構成試薬：End Prep mix, Ligation mix, Binding solution, Elution buffer
    ※本試薬を用いたライブラリ作製のために、別途、Oxford Nanopore Technologies社のLigation Sequencing Kit V14（SQK-LSK114）が必要です。


  • NGSengineTM-Turbo

    • ・ナノポアシーケンス法によるHLAタイピングのデータ解析とタイピング結果閲覧・判定のためのソフトウェアです。
    ・データ解析は実績のあるNGSengineに基づき、ナノポアシーケンスデータに合わせて最適化されたアルゴリズムを使用して実施されます。
    ・NGSengine同様、操作性と解析スピードに優れたソフトウェアです。
    ・通常のラップトップまたはデスクトップPCでお使いいただけます。
    ※ご使用頂く際は、メーカーサイトに記載されたシステム要件を満たすPCをご準備下さい。


    サンガーシーケンス用のHLAタイピング試薬と解析ソフトウェアです。


  • SBTexcellerator®

    • ・サンガーシーケンス用のHLAタイピング試薬です。
    ・主な構成試薬：HLAの各遺伝子座をターゲットとしたPCR増幅用プライマーおよびシーケンシングプライマー。
    ・対象HLA遺伝子座：A, B, C, DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, DRB3/4/5, G
    ※各遺伝子座の対象領域 はメーカーサイトでご確認下さい。
    ・ターゲット増幅用PCR試薬（GenDx-LongMix SBTX）、クリーンアップ試薬（ GenDx-ExoSAP）、シーケンシング試薬（GenDx-BigDye）は別売です。


  • AlleleSEQR®

    • ・サンガーシーケンス用のHLAタイピング試薬です。
    ・主な構成試薬：HLAの各遺伝子座をターゲットとしたPCR増幅用プレミックス試薬、PCR酵素、クリーンアップ試薬、各シーケンシングプライマーごとのシーケンシングミックス試薬。
    ・対象HLA遺伝子座：A, B, C, DPB1, DQB1, DRB1
    ※各遺伝子座の対象領域はメーカーサイトでご確認下さい。
    ・Celera社が開発したAlleleSEQRを、GenDx社が継続して提供いたします。


  • SBTengine®

    • ・SBTexcellerator、AlleleSEQRに対応するサンガーシーケンス用のHLAタイピングソフトウェアです。アンビギュイティ（ambiguity）※1に対しては、自動で解決法を提示します。
    ・Free Trial：無料で一定期間お試しいただけます。ご希望の場合は、メーカーサイトよりお申込みいただくか、弊社“お問合せ”サイトよりご連絡ください。
    ※１　HLAタイピングの結果で判別できないアリルが2種類以上存在する場合。


     

    移植後のレシピエントのキメリズムをモニタリングするための試薬とソフトウェアです。39のマーカーからキメリズムモニタリングに使用可能なマーカーを選択した後、移植後のレシピエントDNA（またはドナーDNA）の相対量をモニタリングします。高感度なqPCR法を採用（LOD: 0.05%）することで、より低レベルのキメリズムをモニタリングでき、より早期に再発を検出することが期待されます。
    また、HLA-KMRを使用することで、移植後のレシピエントのHLA lossを検出することも可能です。


  • KMRtype®

    • ・キメリズムモニタリングのジェノタイピング用試薬です。
    ・18の染色体上の39マーカーから、レシピエント（またはドナー）特異的マーカーを選択します。
    ・マルチプレックスアッセイ（蛍光試薬： FAM, Orange 560, Red 610）を採用しています。
    ・30マーカーをジェノタイピングするためのKMRtype®Core kitと追加の9マーカーのためのKMRtype®Extended kitがございます。
    ・KMRtype®試薬には、qPCR用バッファーおよび酵素（KMRassay qPCR buffer & Enzyme）とReference Assay用試薬（ KMRassay Reference Assay 901）が含まれませんので、ご使用いただく際には別売のこれらの試薬もご購入下さい。
    ※使用可能なqPCR装置はメーカーサイトでご確認下さい。


  • KMRtrack®

    • ・キメリズムモニタリングのモニタリング用試薬です。
    ・選択されたマーカーを使用し、移植後のレシピエントDNA（またはドナーDNA）の相対量を高感度にモニタリング可能です。
    ・シングルプレックスアッセイ（蛍光試薬： FAM）を採用しています。
    ・30マーカーを含むKMRtrack® Core kitと追加分の9マーカーを含むKMRtrack® Extended kitがございます。また、左記キットに含まれる各マーカーは、個別にご購入いただけます。
    ・KMRtrack®試薬には、qPCR用バッファーおよび酵素（ KMRassay qPCR buffer & Enzyme）とReference Assay用試薬（KMRassay Reference Assay 901）が含まれませんので、ご使用いただく際には別売のこれらの試薬もご購入下さい。


  • KMRengine®

    • ・KMRtypeおよびKMRtrackを用いたキメリズム解析用ソフトウェアです。
    ・HLA-KMR（下記）を用いた解析にもご使用いただけます。
    ・試験のセットアップからデータ解析および解析結果の出力まで、キメリズム解析のあらゆる工程をサポートします。
    ・Free Trial：無料で一定期間お試しいただけます。ご希望の場合は、メーカーサイトよりお申込みいただくか、弊社“お問合せ”サイトよりご連絡ください。


  • HLA-KMR®

    • ・移植後のキメリズムをモニタリングする際に、レシピエント細胞のHLA loss（不一致HLAハプロタイプ特異的ゲノムロス）を検出するための製品です。
    ・レシピエント特異的HLAアリルマーカーを、HLA-A, -C, -DPB1のアリルグループを対象とした10マーカーから選択します。
    ・KMRtrackを用いたキメリズムモニタリングと並行して実施することで、白血病が再発した際に、HLA lossを伴っているかどうかを調べることが可能です。
    ・すべてのHLAアリルマーカーを含むHLA-KMR® Core kitがございます。また、キットに含まれる各マーカーは、個別でもご購入いただけます。
    ・HLA-KMR®試薬には、qPCR用バッファーおよび酵素（KMRassay qPCR buffer & Enzyme）とReference Assay用試薬（KMRassay Reference Assay 901）が含まれませんので、ご使用いただく際には別売のこれらの試薬もご購入下さい。



    GenDx社では、新たに次世代シーケンサーを用いたキメリズムモニタリング用試薬と解析ソフトウェアを開発しました。34のindel（insertion/deletion）がマーカーとして採用されており、大部分はqPCR法によるキメリズムモニタリング試薬（KMRtype, KMRtrackおよびAlleleSEQR）ですでに使用され、実績のあるマーカーです。そのため、感度良く（LOD: 0.5%）、信頼性の高いキメリズムデータを取得することが可能です。

  • NGStrack®

    • ・NGSを用いたキメリズムモニタリングのための試薬です。
    ・移植前後の検体を一度に解析可能です。
    ・移植前検体を用いた解析では、18の染色体上の34マーカーから、レシピエント（またはドナー）特異的マーカーが選択されます。
    ・移植後検体を用いた解析では、選択されたマーカーのデータから、移植後のレシピエントDNA（またはドナーDNA）の相対量をモニタリングします。
    ・マーカー選択のために一度、移植前検体を解析しておけば、モニタリング時に移植前検体の解析は不要です。
    ・主な構成試薬：ターゲット増幅用プライマーミックス（２種類：TRK Mix A、TRK Mix B）、PCR試薬（TRKenzｙme）、ライブラリ作製用Index配列付プライマー（IndX Plate Ⅲ＆Plate Ⅳ）、DNA精製用磁性ビーズ（GenDx-Ampure XP）
    ・イルミナ社プラットフォームに対応しています。

  • TRKengine®

    • ・NGSを用いたキメリズムモニタリング解析用ソフトウェアです。
    ・操作性と解析スピードに優れ、シーケンシングデータから簡単に視覚化された解析結果を得ることができます。
    ・通常のラップトップまたはデスクトップPCでお使いいただけます。

    KIRはナチュラルキラー（NK）細胞の表面に発現し、NK細胞の阻害と活性化を制御しています。あるKIRタンパク質がNK細胞の阻害のためにHLAクラスIと相互作用する一方で、他のKIRタンパク質はNK細胞の活性化を制御します。近年、組織適合性および免疫遺伝学の分野でKIRへの注目が高まっており、GenDx社ではアレルレベルでのジェノタイピングが可能な、次世代シーケンサーを用いたKIRタイピング用試薬と解析ソフトウェアを開発しました。
    現在、イルミナ社プラットフォームに対応したワークフローをご提案可能で、ワークフローの工程ごとに製品を提供しています。


    Amplification

      対象となるKIR遺伝子をPCR増幅するための試薬です。


    • NGS-go®-AmpX KIR

      • ・主な構成試薬：KIRの８遺伝子をターゲットとしたSingleplex増幅用プライマー、PCR試薬（GenDx-LongMix）。
      ・対象KIR遺伝子：KIR2DL1, KIR2DL2, KIR2DL3, KIR2DL4, KIR3DL1, KIR3DS1, KIR3DL2, KIR3DL3（今後対象遺伝子は追加予定）
      ・各KIR遺伝子の全長を増幅します。
      ※各遺伝子座の対象領域はメーカーサイトでご確認下さい。
      ※KIRの１遺伝子をターゲットとした増幅用プライマーも販売しております（PCR試薬は別売）。



    Library preparation

      NGSライブラリを作製するための試薬です。


    • NGS-go®-LibrX

      • ・ライブラリ作製用試薬です（アダプターとIndex配列付プライマーは別売）。
      ・現在KIRタイピング用には、イルミナ社プラットフォームに対応したワークフローをご提案可能です。


    • NGS-go®-IndX Adapters & Indices Illumina plates

      • ・ライブラリ作製用Index配列付プライマーの96ウェルプレートフォーマット製品です（アダプターも付属）。
      ・最大384種類のDual indexが使用可能です。
      ・より簡便で迅速なフローを実現すると共に、分注時のIndexの組み合わせ間違いを削減します。
      ・必要なサンプル数分のみ使用でき、未使用分は保存できます。


    Analysis software

      KIRタイピングのためのNGSデータ解析用ソフトウェアです。


    • NGSengine® & NGSengine® feature for KIR genes

      • ・NGSを用いたKIRタイピングのデータ解析とタイピング結果閲覧・判定のためのソフトウェアです。
      ・KIRタイピングのためにご使用いただく場合は、解析ソフトウェア（NGSengine）に加え、特別ライセンス（NGSengine feature for KIR genes）が必要です。
      ・通常のラップトップまたはデスクトップPCでお使いいただけます。
      ※ご使用頂く際は、メーカーサイトに記載のあるシステム要件を満たすPCをご準備下さい。



    本製品は、研究用試薬としてのみご利用いただけます。

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