Spatial Transcriptomics
Visium 空間トランスクリプトーム解析
Provided by 10x Genomics
Visium（10XGenomics社）の空間トランスクリプトーム（Spatial Transcriptomics）技術は、全mRNA情報をもとに組織内の細胞分布や遺伝子発現パターンを明らかにする注目の解析技術です。この技術では、組織の形態学的情報をトランスクリプトーム全体と統合して解析します。これにより、組織全体の遺伝子発現パターンを可視化し、細胞間の相互作用や空間的な構造との関連性を明らかにします。
疾患の病理学的研究、臨床応用研究、発生学などにおいて有用な解析技術です。
10xGenomics社Visiumについてはこちら（外部のページに移動します）
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理研ジェネシス Visium空間トランスクリプトーム解析の強み
- ハイスループットなアッセイ系で数千検体規模の調査・コホート研究に対応
- 様々な機関から認められた品質保証で医薬品開発にも対応
- 経験豊富なスタッフによる安心のサービスとサポート体制
- 検体は凍結組織やFFPEブロックでも受け入れ可能、切片作製サービスあり（オプション）
- 2025年7月9日 空間トランスクリプト―ムウェビナーを開催します。詳細はこちら
空間トランスクリプトームの実現
Visiumは、網羅的な遺伝子発現データを組織の空間情報と統合することで、組織内の構造的特性を可視化します。組織切片を用いた分析により、細胞の位置情報と遺伝子発現パターンを同時に取得します。
多様なサンプルに対応
ヒトとマウスに対応し、正常、疾患組織を問わず、幅広い応用が可能です。FFPE・固定組織に対応しています。
※新鮮凍結組織をご希望の場合は、別途ご相談が必要です。
Provided by 10x Genomics
高解像度なデータを取得
高密度スポット（1スライドに数千スポット、Visium HD）により、1細胞レベル程度の高解像の遺伝子発現データを取得します。そのため、微細な局所環境の解析も行うことができるようになりました。
直感的なデータの可視化
10xGenomics社が提供する専用のソフトウエア Loupe Browserを使用して結果を視覚的に確認できます。
Loupe Browserの詳細はこちら（外部のページに移動します）
取得データは他のデータ解析ツールとの互換性もあるため、カスタマイズの解析を実施することも可能です。
Provided by 10x Genomics
多くの研究分野での活用
がん研究、神経科学、発生生物学、免疫学など、幅広い分野でご活用いただけます。疾患メカニズムの解明や新規バイオマーカーの発見に寄与します。Visiumは、組織レベルでの遺伝子発現解析を革新し、次世代の研究を支える強力なツールです。
理研ジェネシスのVisium空間トランスクリプトーム解析に関するお問い合わせ・お見積りはこちら 本サービスでは、Visium HDとVisium v2を取り扱っています。
（図１）Visium HDの概要
Provided by 10x Genomics
（図２）Visium V2の概要
Provided by 10x Genomics
弊社国内ラボにて、Visium CytAssistを用いてFFPE切片からライブラリーを作製し、次世代シーケンサーでデータを取得します。
Provided by 10x Genomics
Visium空間トランスクリプトーム解析に関するお問い合わせ・お見積りはこちら空間トランスクリプトーム受託サービスの流れ
ご提出検体の種類によって、３パターンのメニューをご用意しております。
理研ジェネシスの空間トランスクリプトームは品質に自信があります
様々な機関から認められた品質保証
理研ジェネシスでは、医薬品の安全性に関する非臨床試験の実施の基準に関する省令に準じた遺伝子解析試験の実施基準に則ています。さらに、ISO15189認定も取得しており、様々な機関から品質についての認定を受けています。
検体種
FFPE切片/FFPEブロック
※凍結組織をご希望の場合は、別途ご相談ください。
ご提出方法
１．ご提出検体： FFPE切片の場合
測定用FFPEスライドとRNA QC用スライス（ロール）をご提出ください。
〇測定用FFPEスライド
・提出形状：推奨スライド（※）へ貼付
・枚数：2〜4枚
・厚さ：5μm
・組織面積：6.5 mm × 6.5 mm以内
・ご提出方法：検体毎に切片スライドケースに格納し、乾燥剤とともにチャック式袋に梱包、保冷剤入り冷蔵便で発送
（※）メーカー指定のものがありますので、ご相談ください。
〇RNA QC用スライス（ロール）
・提出形状：ロール状
・枚数：3枚
・厚さ：10μm
・組織面積：6.5 mm × 6.5 mm以内
・ご提出方法：1.5mLチューブ 1本に3枚、保冷剤入り冷蔵便で発送
※ご留意事項
組織面積が6.5 mm x 6.5 mmを超える場合は、解析領域のマーキングをお願い致します。
切片のトリミングが必要な場合は、別途費用がかかります。
・組織面積：6.5 mm x 6.5 mm以内
・ご提出方法：ブロックごとに乾燥材とともにチャック式袋に梱包、保冷剤入り冷蔵便で発送
３．ご提出検体： 凍結組織
・ご提出方法：ブロックごとにチャック式袋に梱包し、ドライアイス梱包冷凍便で発送
納品物
※基本解析の場合
解析報告書、データHDD：リード情報(FASTQ)、サマリーレポート(HTML)、Loupe Browser用入力ファイル(cloupe)