全ゲノムを対象とした「DNAメチル化解析＋DNA変異解析」が可能なアプリケーション
Illumina 5-Base DNA Prep
エピゲノムｘゲノムを同時解析できる Illumina 5-Base DNA Prep
Illumina 5-Base DNA Prepを用いた本サービスでは、単一のショートリードシーケンスのデータから全ゲノム領域に対してDNAメチル化情報と遺伝子変異（SNV/Indel等）を同時に取得することが可能です。従来は別々の実験が必要であったエピゲノム解析とゲノム解析を、1回のワークフローで効率的に実施し、包括的な生物学的理解を支援します。本受託サービスは研究用（RUO）です。
図1：Cから5mCへのDNAメチル化は、遺伝子制御に関わるエピジェネティックなマークとして広く研究されています
- DNAメチル化とゲノム変異を同時に解析したい方
同一サンプル・同一リードから取得 - エピゲノム解析・マルチオミクス解析を検討している方
- 時間・コスト効率を高めたい方
一回のワークフローでデュアルオミクス解析 - 限られたサンプルを有効活用したい方
少量DNAから最大限の情報を取得 - 従来法*の課題にお困りの方
DNA損傷、低マッピング率、解析・解釈の煩雑さ*従来のバイサルファイト処理または酵素メチル化シーケンス（EM-Seq）（非メチル化CをTに変換）
1回の酵素ステップで5mCをTに変換
同一リードからメチル化＋SNVを同時取得
Illumina 5-Base DNA Prep は、 ライブラリー調製時に1ステップの酵素処理を行い、5-メチルシトシン(5mC)のみを選択的にチミン(T)へ変換します。非メチル化シトシンを変換しないため、4塩基の塩基多様性を保持でき、高いマッピング効率と安定したシーケンス品質を実現します。
同一リードから、メチル化情報とゲノム変異を同時に取得できるため、アリル特異的な解像度でのメチル化およびゲノム変異の解析が可能です。
メチル化とSNVを同時に識別する解析技術
Illuminaが提供するバイオインフォマティクスソフトウェアDRAGENTMを用いた二次解析では、DNAメチル化が相補二本鎖の片方にのみ生じる特性を利用して、メチル化由来のチミン(T)と一塩基多型(SNV)由来のチミン(T)を識別します。
これにより、同一リード上でメチル化とスモールバリアントを区別して解析でき、単一のシーケンスデータから両者の高精度な統合アノテーションが可能となります。
Illumina 5-Base DNA Prepの利点
| 従来のメチル化シーケンス法 | Illumina 5-Base DNA Prep | ||
| 課題 | 限られたマッピング効率 | 利点 | 高いマッピング効率 |
| 低いバリアント検出精度 | 高精度なバリアント検出 | ||
| DNAを損傷する化学変換* | DNAに損傷を与えない酵素変換 | ||
| 複数ステップの変換 | 単一ステップの変換 | ||
| サンプルの種類 | 血液・新鮮凍結組織由来 ゲノムDNA |
| DNA量 | 250 ng 以上 |
| DNA濃度 | 10 ng/µL 以上 |
| DNA溶液量 | 25 µL 以上 |
| OD260/280 | 1.8 以上 |
| 納期 | サンプル品質評価後、約13週間 |
納品物
納品物の詳細については現在調整中です。確定次第、順次公開いたします。
※記載の会社名および製品名は、弊社または各社の商標または登録商標です。