ChIP Sequencing

特長

・転写調節因子やヒストン修飾の研究で利用される網羅的なクロマチン免疫沈降サンプルのシーケンス解析。
・転写調節因子やクロマチン結合タンパク質がDNAと相互作用し、遺伝子発現を制御する機構の解明に有用。
・発現解析と組み合わせた解析もご提案可能。

解析概要

次世代シーケンサー(NGS)によりChIP後DNAの塩基配列を決定します。
得られたリード配列を参照配列にマッピングし、タンパク質の結合部位を予測します。
その後、アノテーションの付与およびGO解析、モチーフの検出を行います。

解析結果

 

解析結果


●アノテーションは弊社オリジナルのエクセル-マクロ(Annotation Viewer)で閲覧でき、Integrative Viewerおよび外部データベースと連携するようになっています。

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、ピーク検出データ(BED)
 ピークのアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)、モチーフデータ

サンプル条件

サンプルの種類     ChIPed DNA /コントロールDNA※1     
DNA量40 ng以上
濃度※21 ng/µL以上
フラグメントサイズのピーク700bp以下(推奨200~300bp)※3
OD260/2801.8以上
溶媒1x TE
解析対象の生物種※4ヒト、マウス
※1 input DNAや非特異的IgG抗体で免疫沈降したDNAをコントロールとしてご提出ください。
※2 サンプルの定量はAgilent2100 バイオアナライザ、QubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
※3 免疫沈降前の電気泳動写真がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
※4 その他の生物種についてはお問い合わせください。

解析例

機種     HiSeq 2500     
データ量/レーン約130M リード※1
リード長50 bp
シーケンス方法Single End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析コールされたピーク領域のリスト、ピークに近接する遺伝子のリスト
ピーク領域に見られるモチーフ配列、GO解析データ
納期品質評価通過後、約3.0ヵ月※2
※1 1検体当たり20M以上のリード数を推奨いたします。
※2 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上、決定いたします。

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