Microarray Expression Analysis-Agilent Technologies-

特長

・広いダイナミックレンジ、高いスループットのマイクロアレイプラットフォーム。
・実験~データ解析まで、経験豊富なスタッフによる安心のサービスとサポートのご提供。
・網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方に。

解析概要

Agilent Technologies社のDNAマイクロアレイは、SurePrintインクジェット技術と呼ばれる非接触型in situオリゴ合成プロセスを用いて製造されており、この技術によって60-merの長いプローブを高密度かつ均一にプリントすることが可能となっています。さらに最大8アレイを単一のスライドにプリントすることができるため、大量サンプルのマイクロアレイ解析を低コストで実施することが可能です。
また、マイクロアレイスキャナ市場で長年培ってきた経験と確かな技術基盤を生かし、光学系の最適化、広いダイナミックレンジ、スペクトルクロストークの低減により、弱いスポットでも迅速かつ正確に検出し、信頼性の高い結果を得られる高感度検出を実現しています。


代表的なアレイ

・SurePrint G3 Human GE 8x60K v3
・SurePrint G3 Mouse GE 8x60K v2
・SurePrint G3 Rat GE 8x60K v2

※ヒト・マウス・ラットのほか、ショウジョウバエ、線虫、酵母、シロイヌナズナ、イヌ、ウシなど多数の生物種に対応しています。

解析結果

データ解析では標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。

ベーシック解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・スキャッタープロットの作成
・発現変動遺伝子(Probe)の抽出
・GO解析

オプション解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・クラスタリング解析+ヒートマップ作成
・パスウェイ解析

Pathway Analysis (iPathwayGuide)
3回以上の反復実験のある比較解析データでは、Advaita Bioinformatics社のiPathwayGuideによる解析がお勧めです。グラフィカルかつインタラクティブな解析環境をぜひお試しください。

※ GO解析、パスウェイ解析、iPathwayGuideによる解析は、生物種によって対応できないことがあります。

解析結果

納品物

・解析報告書
・データディスク: Feature Extractionソフトウェアより出力される生データファイル(テキストファイルなど)、発現変動遺伝子の抽出結果およびGO解析結果など(Excelファイル)

サンプル条件

Total RNA量300 ng
Total RNA濃度100 ng/µL以上
OD260/2801.8~2.1
RIN値7以上
※ 上記条件を満たさない場合はご相談ください。

解析例

使用アレイ    SurePrint G3 Human GE 8x60K v3    
サンプル数8(4点のTimeCourseを野生型と変異株の2系統で)
データ解析GeneSpring GXによるベーシック解析、オプション解析
納期品質評価通過後、約1.5ヶ月

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