マイクロアレイ
SNP解析
特長
- 国内での圧倒的な実績（数量）、数千～数万検体規模のプロジェクトにも対応。
- 完全自動化解析、LIMS採用により解析操作の均一性とミスハンドリングの根絶を実現した世界トップクラスの解析ラボ。
- 創業時(2007年)からの豊富な経験に裏付けられた安心のサービスとサポート体制。
- 医薬品開発に対応した品質保証体制での実施。
- コスト効率良く全ゲノムジェノタイピングをご提供。
- オプション解析は株式会社スタージェン社との提携による小家系連鎖解析および全ゲノム関連解析（GWAS）をご提供。
解析概要
代表的なチップ
対象生物種：ヒト
東アジア人の解析に最適化され、コスト効率の高いAsian Screening Array（ASA）やASAの一部を日本人多型コンテンツと入れ替えたJapanese Screening Array（JSA）、全ゲノム関連解析（GWAS）に比類ないパワーを発揮するOmniマイクロアレイなど、目的に合わせて最適なチップをお選びいただけます。| チップ名 | 特徴 | 搭載 マーカー数 |
|---|---|---|
| Infinium Asian Screening Array (ASA)* | 東アジアの母集団における大規模な遺伝学的研究およびファーマコゲノミクス向けに、東アジア特有の低頻度遺伝子多型やクリニカルコンテンツまでカバーする、優れたコスト効率を持つ解析ツールです。 | 約650,000 |
| Infinium Japanese Screening Array (JSA)* | 日本人集団の遺伝学的研究向け、Infinium ASA-24 v1.0 BeadChipから49万以上のゲノムワイドバックボーンマーカー、および日本のヒト疾患を専門にする研究者などから提供されたおよそ10万の日本人特異的マーカーなど、日本人集団における情報量に富んだtag SNPを搭載しています。 | 約730,000 |
| Infinium Global Screening Array (GSA)* | 多民族のゲノムワイドなカバレッジで複数人種集団の研究向け、幅広い範囲のアプリケーション（複雑な疾患の研究、薬理ゲノミクス研究、ライフスタイルと健康の特性化など）に対応するジェノタイピングが可能です。 | 約650,000 |
| Infinium Global Diversity Array (GDA)* | 最適化された多民族ゲノムデータを用いた高密度SNP（単一塩基多型）アレイで、費用対効果が高く、多様な人々に対するポリジェニックリスクスコアの作成や遺伝的構造の分析が可能です。 | 約1,800,000 |
| Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx | Enhanced PGxを搭載したGDAは、CYP2D6などの重要なPGx遺伝子を含む、44,000以上のADMEマーカーをゲノムワイドにカバーしています。（一方、GDAのゲノムワイドADMEマーカー数は約31,000です。）そのほか、6,000以上のバリアントはPharmGKB、CPIC、ClinVar、PharmVar などの世界的に認められた PGx データベースから取得されています。 | 約1,900,000 |
| InfiniumCore | 多様な世界集団で見られる非常に有益なゲノムワイドタグSNP、追加の高価値マーカー（インデルや最新のエクソームにフォーカスしたコンテンツを含む）をカバーします。 | 約300,000 |
| InfiniumExome* | 12,000を超える個々のエクソームシーケンスおよび全ゲノムシーケンスから選択された推定上の機能性エクソンバリアントをカバーします。 | 約240,000 |
| InfiniumCytoSNP-850K | コンソーシアムで構築された一塩基多型ベース（SNP）のマイクロアレイで、体質研究やがん研究のために細胞遺伝学的に関連する3,262の遺伝子の包括的なカバレッジを提供します。 | 約850,000 |
| InfiniumOmin5 | 1%のマイナーアリル頻度（MAF）までの遺伝的変異をターゲットとするInternational HapMapおよび1000 Genomes Projectsから選択された強力なタグSNPを活用して、ゲノムの包括的なカバレッジを提供します。 | 約4,300,000 |
| InfiniumOminExpress | ゲノムワイド関連解析（GWAS）のための強力なツールであり、高いサンプルスループットと一般的なバリアントのカバレッジを提供します。 | 約700,000 |
* カスタムアドオンができるパネルです。
対象生物種：ヒト以外
| 対象生物種 | チップ名 | 搭載 マーカー数 |
備考 |
|---|---|---|---|
| ウシ | BovineSNP50 v3* | 約53,000 | 主要な乳製品および牛の品種のゲノム特性評価のための高密度マルチサンプルウシジェノタイピング向けです。 |
| BovineHD DNA | 約777,000 | 包括的なゲノムワイドなウシジェノタイピングアレイ、牛や乳牛の品種全体の遺伝的変異の検出向けです。 | |
| イヌ | CanineHTS-24 | 約172,000 | |
| ブタ | PorcineSNP80 v1-24** | 約80,000 | |
| ヤギ | Goat_IGGC_65K_v2-24** | 約79,000 | |
| ウマ | Equine80select-24** | 約76,000 | |
| ヒツジ | OvineSNP50K v3** | 約5,300 |
* カスタムアドオンができるパネルです。
** idatファイルのみ納品、クラスターファイルのご提供はありません。
解析結果
■ オプション解析
- 連鎖解析
納品物
- 解析報告書
- データディスク：ジェノタイプデータ(csvファイル)、GenomeStudioデータ(bscファイル)、アノテーションデータ(csvファイルまたはtxtファイル)、RAWデータ(idatファイル)、GenomeStudioデータ作成に必要なファイル一式
- ※ 連鎖解析実施時は、以下のファイルも納品します。
候補領域リスト(bedファイル)、候補領域図(bmpファイル)
サンプル条件
| サンプルの種類※1 | 精製ゲノムDNA |
|---|---|
| DNA濃度※2 | 50 ng/µL以上 |
| 液容量※2 | 30 µL |
※2 基準に満たない場合は、良好なデータが得られない場合がございますので、ご相談ください。
また、チップによってはサンプル条件が異なる場合がございますのでお問い合わせください。
解析例
| BeadChip | Infinium Asian Screening Array |
|---|---|
| 機種 | iScan |
| サンプル数 | 96 |
| データ量 | Rawデータ: 1.7GB、GenomeStudioデータ: 1.8GB、ジェノタイプデータ: 1.2GB |
| バイオインドマティクス解析 | GenomeStudioデータ作成 GenomeStudioから各種ストランドでジェノタイプデータを出力 |
| 納期 | サンプル受領後、約1ヵ月（別途、試薬の手配に約1ヵ月かかります。） |