マイクロアレイ
メチル化解析
特長
- ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量が可能。
- サンプル間比較結果を利用することにより、マーカーの絞り込みが可能。
- 外部のゲノムアノテーション閲覧システムとの連携が可能。
解析概要
解析内容
Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip
- ヒトのDNAメチル化の定量解析を行います。
- 国際コンソーシアムのエキスパートが選定した93万以上のメチル化サイトが対象です。
- Illumina FFPE DNA QC Kit、Infinium HD FFPE Restore Kitを使用することで、FFPEサンプルを用いた解析も可能です。
Infinium Mouse Methylation BeadChip
- マウスのDNAメチル化の定量解析を行います。
- 多種多様なマウス系統の高解像度エピジェネティック解析のための28万以上のメチル化サイトが対象です。
- Illumina FFPE DNA QC Kit、Infinium HD FFPE Restore Kitを使用することで、FFPEサンプルを用いた解析も可能です。
解析結果
- ※ このデータをRG独自開発のAnnotationViewerで読み込むことにより、UCSC Genome Browserなどの外部サイトと連携できます。
納品物
- 解析報告書
- データディスク: メチル化定量データ（txtファイル）、グループ間比較解析データ （txtファイル）、クラスタリング解析データ（bmp画像ファイル）
サンプル条件
| サンプルの種類 | ゲノムDNA※1（ヒトの場合：血液、組織、唾液、FFPE由来）※2 |
|---|---|
| バイサルファイト処理 | Zymo Research社 EZ DNA Methylation KitまたはEZ DNA Methylation-Goldを推奨 |
| 濃度 | 50 ng/µL以上 |
| 溶液量 | 40 µL以上 |
| 品質 | ⊿Ct≦5※3が目安となります。 （この値が大きくなると、タイピング品質が低下します。） |
| 溶出バッファー | 1xTE |
- ※1 バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です（サンプルの品質評価は実施しません）。
- ※2 マウス由来検体の場合は別途ご相談ください。
- ※3 FFPE由来DNAのCt値からコントロールDNAの平均Ct値を引いた値。
解析例
| BeadChip | Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip |
|---|---|
| 機種 | iScan |
| サンプル数 | 16 |
| データサイズ | Rawデータ: 630MB、GenomeStudioデータ: 2.5GB、 DNAメチル化定量データ: 1.7GB、サンプル間比較データ: 940MB |
| バイオインフォマティクス解析 | 全サンプル・全マーカーのDNAメチル化レベルの定量、検体間(群間)比較解析、 DNAメチル化レベルの差が大きいマーカーについてクラスタリングとヒートマップ作成 |
| 納期 | 品質評価通過後、約1.5ヶ月（試薬の手配に約1ヶ月かかります） |