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マイクロアレイ
発現解析

特長

  • 高い再現性と実績のマイクロアレイプラットフォーム。
  • 実験~データ解析まで、経験豊かなスペシャリストによる安心のサービスとサポートのご提供。
  • 網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方に。

解析概要

Applied Biosystems™ GeneChip™アレイは、オートメーション製造プロセスにより作製され、また、ハイブリダイゼーション以降の操作が自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが最小限に抑えられ、再現性の高い解析が可能です。発現解析用のアレイは、3’ IVT Array, Gene Array, Clariom™ D Array, Clariom™ S Arrayに分けられます。いずれのアレイにおいても、1つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。3’ IVT Arrayは、遺伝子の3’末端側にプローブが設計されており、Gene Arrayは転写産物全長にわたってプローブが設計されています。Clariom™ D Arrayは、さらに高密度にプローブが設計され、選択的スプライシング解析などにも適しています。Clariom™ S Arrayは、Isoform間で共通するエクソンのプローブに絞り込むことで、遺伝子レベルでの解析に特化しています。

代表的なアレイ

3’IVT Array
: 豊富な実績のあるマイクロアレイ

  • Human Genome U133 Plus 2.0 Array
  • Mouse Genome 430 2.0 Array
  • Rat Genome 230 2.0 Array

Gene Array
: 3’バイアスのない新しいプローブデザイン

  • Human Gene 2.0 ST Array
  • Mouse Gene 2.0 ST Array
  • Rat Gene 2.0 ST Array

Clariom™ D
: トランスクリプトームレベルの解析に

  • Clariom™ D Array, Human
  • Clariom™ D Array, Mouse
  • Clariom™ D Array, Rat

Clariom™ S
: 遺伝子レベル解析専用の安価なアレイ

  • Clariom™ S Array, Human
  • Clariom™ S Array, Mouse
  • Clariom™ S Array, Rat

  • ● 3’IVT ArrayとGene Arrayについては ヒト・マウス・ラットのほかショウジョウバエ、線虫、酵母 シロイヌナズナ、イヌ、ウシなど多数の生物種に対応しています。

解析結果

3’IVT Array、Gene ArrayおよびClariom™ S Arrayでは、標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。

ベーシック解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
  • スキャッタープロットの作成
  • 発現変動遺伝子(Probe)の抽出
  • GO解析

オプション解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
  • クラスタリング解析+ヒートマップ作成
解析結果

Clariom™ Dでは、生データのみを納品いたします。データ解析に関しましては、Thermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console (TAC) Softwareを使用して、検体間での遺伝子発現比較解析等を行うことが可能です。

※ Transcriptome Analysis Console Softwareは、Thermo Fisher Scientifics社より無償でインストールする事が可能です。

納品物

  • 解析報告書
  • データディスク: GeneChip™ Command Console SoftwareおよびExpression Console™ Softwareより出力される生データファイル (.DAT、.CEL、.CHP、テキストファイルなど)、発現変動遺伝子の抽出結果およびGO解析結果など(Excelファイル)

  • ※ Clariom™ Dの納品物にExcelファイルは含まれません。

サンプル条件

Total RNA量 300 ng
Total RNA濃度 100 ng/µL以上
OD260/280 1.8~2.1
RIN値 7以上

※ 上記条件を満たさない場合はご相談ください。

解析例

使用アレイ Human Genome U133 Plus 2.0 Array
サンプル数 6(コントロール:3、比較サンプル:3)
データ解析 GeneSpring GXによるベーシック解析
納期 品質評価通過後、約2.0ヶ月

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