Microarray Methylation Analysis-Illumina-

特長

・ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量が可能。
・サンプル間比較結果を利用することにより、マーカーの絞り込みが可能。
・外部のゲノムアノテーション閲覧システムとの連携が可能。

解析概要

Illumina社Infinium Methylation BeadChipを使用したDNAメチル化解析サービスをご提供します。DNAメチル化サイトを1塩基の解像度で検出/定量することができます。また、Illumina社のDiffScoreをベースとしたサンプル間比較を実施します。

解析概要(図)

解析内容

Infinium MethylationEPIC BeadChip

・ヒトのDNAメチル化の定量解析を行います。
・国際コンソーシアムのエキスパートが選定した85万以上のメチル化サイトが対象です。
・Illumina FFPE DNA QC Kit、Infinium FFPE Restore Kitを使用することで、FFPEサンプルを用いた解析も可能です。

Infinium Mouse Methylation BeadChip

・マウスのDNAメチル化の定量解析を行います。
・多種多様なマウス系統の高解像度エピジェネティック解析のための28万以上のメチル化サイトが対象です。

解析結果

GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。DNAメチル化レベルのサンプル間(または群間)比較結果とアノテーションデータ付きテキストファイルおよびクラスタリング解析結果とヒートマップを納品いたします。また、染色体上の位置とその座位に対応する任意の値(P値、DiffScoreなど)をプロットしたマンハッタンプロットも、オプションとしてご提供可能です。

※このデータをRG独自開発のAnnotationViewerで読み込むことにより、UCSC Genome Browserなどの外部サイトと連携できます。

解析結果

納品物

・解析報告書
・データディスク: メチル化定量データ(txtファイル)、グループ間比較解析データ (txtファイル)、クラスタリング解析データ(bmp画像ファイル)

サンプル条件

サンプルの種類ゲノムDNA※1(ヒトの場合:血液、組織、唾液、FFPE由来)※2
バイサルファイト処理Zymo Research社
EZ DNA Methylation KitまたはEZ DNA Methylation-Goldを推奨
濃度50 ng/µL以上
溶液量40 µL以上
品質⊿Ct≦5※3が目安となります。
(この値が大きくなると、タイピング品質が低下します。)
溶出バッファー1xTE

※1 バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です(サンプルの品質評価は実施しません)。
※2 マウス由来検体の場合は別途ご相談ください。
※3 FFPE由来DNAのCt値からコントロールDNAの平均Ct値を引いた値。

解析例

BeadChipInfinium MethylationEPIC BeadChip
機種iScan
サンプル数16
データサイズRawデータ: 630MB、GenomeStudioデータ: 2.5GB、
DNAメチル化定量データ: 1.7GB、サンプル間比較データ: 940MB
バイオインフォマティクス解析全サンプル・全マーカーのDNAメチル化レベルの定量、検体間(群間)比較解析、
DNAメチル化レベルの差が大きいマーカーについてクラスタリングとヒートマップ作成
納期品質評価通過後、約1.5ヶ月(試薬の手配に約1ヶ月かかります)

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