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マイクロアレイ
DNAメチル化解析

特長

Illumina社Infinium Methylation BeadChipを使用したDNAメチル化解析サービスをご提供します。DNAメチル化サイトを1塩基の解像度で検出/定量することができます。

  • がんやその他の疾患、環境曝露、加齢による エピジェネティックな変化を検出します。
  • 1塩基レベルでのDNAメチル化定量ができます。
  • 一部のSNP解析もできます。
  • 多様なマウス系統に対応し、28万以上のメチル化サイトを高解像度で解析します。

取扱いBeadChip概要


弊社では下表3種のIllumina社のBeadChipを用いてDNAメチル化解析を受託しています。
  Infinium Methylation
Screening Array (MSA)
Infinium Methylation
EPIC v2.0 BeadChip (EPIC)
Infinium Mouse Methylation
BeadChip
こんな方に
おすすめ
既知の疾患・形質関連CpGを中心に設計された高精度メチル化解析ツール。
コスト効率と再現性に優れ、大規模研究に有用。疫学研究や環境曝露研究などのエピゲノムワイド関連研究(EWAS)に適しています。

・公衆衛生
・疫学研究
・老化研究など
疾患関連研究や機能ゲノミクス解析に適したDNAメチル化解析ツール。
プロモーターやエンハンサーを含む広範囲のCpGを高精度に解析可能。
網羅的なCpGカバレッジにより、探索的メチル化研究に適しています。

・がん研究
・希少疾患研究など
多様なマウス系統にを対象に、ゲノムワイドなDNAメチル化解析を可能にするツール。
疾患モデル、遺伝子改変マウス、環境曝露研究など、幅広いエピジェネティック研究に適しています。

・前臨床研究
・遺伝子改変マウス解析
・疾患モデル研究など
サイト数 約27万 ・CpG:262,470
・CpH:2,776
・SNP rsID:3,848
疾患関連CpGに最適化
約93万 ・CpG:926,849
・CpH:2,914
・SNP rsID:538
広範囲のCpGを網羅
約28万

解析概要

マイクロアレイ メチル化解析フロー図

解析結果

GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。DNAメチル化レベルのサンプル間(または群間)比較結果とアノテーションデータ付きテキストファイル※およびクラスタリング解析結果とヒートマップを納品いたします。また、染色体上の位置とその座位に対応する任意の値(P値、DiffScoreなど)をプロットしたマンハッタンプロットやマーカーの絞り込みも、オプションとしてご提供可能です。

  • ※ このデータをRG独自開発のAnnotationViewerで読み込むことにより、UCSC Genome Browserなどの外部サイトと連携できます。
マイクロアレイ メチル化解析結果

納品物

  • 解析報告書
  • データディスク: メチル化定量データ(txtファイル)、グループ間比較解析データ (txtファイル)、クラスタリング解析データ(bmp画像ファイル)

サンプル提出条件・納期

  Infinium Methylation
Screening Array (MSA)
Infinium Methylation
EPIC v2.0 BeadChip (EPIC)
Infinium Mouse Methylation
BeadChip
サンプル種 ゲノムDNA※1
必要DNA量 1000 ng以上※2   1500 ng以上※2    1500 ng以上※2 
必要DNA溶液量 50 µL以上  
溶出バッファー 1xTE  
納期 品質評価通過後、約6週 (試薬手配期間は除く)  

  • ※1 ヒトの場合は、血液、新鮮凍結組織、FFPE(MSAは不可)、唾液由来のゲノムDNAが受託可能です。
  •   マウス由来検体の場合は別途ご相談ください。
  •   その他、検体提出の詳細やDNA抽出をご希望 される場合は、別途お問合せください。
  • ※2 バイサルファイト処理前の量です。
  •   バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です。ご希望の場合は、別途ご相談ください。

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