・ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量が可能。
・サンプル間比較結果を利用することにより、マーカーの絞り込みが可能。
・外部のゲノムアノテーション閲覧システムとの連携が可能。
Illumina社Infinium Methylation BeadChipを使用したDNAメチル化解析サービスをご提供します。DNAメチル化サイトを1塩基の解像度で検出/定量することができます。また、Illumina社のDiffScoreをベースとしたサンプル間比較を実施します。
GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。DNAメチル化レベルのサンプル間(または群間)比較結果とアノテーションデータ付きテキストファイル※およびクラスタリング解析結果とヒートマップを納品いたします。また、染色体上の位置とその座位に対応する任意の値(P値、DiffScoreなど)をプロットしたマンハッタンプロットも、オプションとしてご提供可能です。
※このデータをRG独自開発のAnnotationViewerで読み込むことにより、UCSC Genome Browserなどの外部サイトと連携できます。
・解析報告書
・データディスク: メチル化定量データ(txtファイル)、グループ間比較解析データ (txtファイル)、クラスタリング解析データ(bmp画像ファイル)
サンプルの種類 | ゲノムDNA※1(ヒトの場合:血液、組織、唾液、FFPE由来)※2 |
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バイサルファイト処理 | Zymo Research社 EZ DNA Methylation KitまたはEZ DNA Methylation-Goldを推奨 |
濃度 | 50 ng/µL以上 |
溶液量 | 40 µL以上 |
品質 | ⊿Ct≦5※3が目安となります。 (この値が大きくなると、タイピング品質が低下します。) |
溶出バッファー | 1xTE |
※1 バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です(サンプルの品質評価は実施しません)。
※2 マウス由来検体の場合は別途ご相談ください。
※3 FFPE由来DNAのCt値からコントロールDNAの平均Ct値を引いた値。
BeadChip | Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip | 機種 | iScan |
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サンプル数 | 16 |
データサイズ | Rawデータ: 630MB、GenomeStudioデータ: 2.5GB、 DNAメチル化定量データ: 1.7GB、サンプル間比較データ: 940MB |
バイオインフォマティクス解析 | 全サンプル・全マーカーのDNAメチル化レベルの定量、検体間(群間)比較解析、 DNAメチル化レベルの差が大きいマーカーについてクラスタリングとヒートマップ作成 |
納期 | 品質評価通過後、約1.5ヶ月(試薬の手配に約1ヶ月かかります) |