Microarray Methyaltion Analysis-Illumina-

特長

・ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量が可能。
・サンプル間比較結果を利用することにより、マーカーの絞り込みが可能。
・外部のゲノムアノテーション閲覧システムとの連携が可能。

解析概要

Illumina社Infinium MethylationEPIC BeadChipを使用したDNAメチル化解析サービスをご提供します。国際コンソーシアムのエキスパートが選定した85万以上のメチル化サイトをターゲットとし、メチル化サイトを1塩基の解像度で検出/定量することができます。また、Illumina社のDiffScoreをベースとしたサンプル間比較を実施します。

解析概要(図)

解析内容

・Infinium MethylationEPIC BeadChipを用いてDNAメチル化の定量解析を行います。
・Illumina FFPE DNA QC Kit、Infinium FFPE Restore Kitを使用することで、FFPEサンプルを用いた解析も可能です。
・GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。

解析結果

GenomeStudioソフトウェアを用いてDNAメチル化レベルの定量を実施します。DNAメチル化レベルのサンプル間(または群間)比較結果とアノテーションデータ付きテキストファイルを納品いたします。
また、GenomeStudioソフトウェアまたはRを用いたクラスタリング解析結果とヒートマップもご提供可能です。

※このデータをRG独自開発のAnnotationViewerで読み込むことにより、UCSC Genome Browserなどの外部サイトと連携できます。

解析結果

納品物

・解析報告書
・データディスク: メチル化定量データ(txtファイル)、グループ間比較解析データ (txtファイル)
 クラスタリング解析データ(bmp画像ファイル)

サンプル条件

サンプルの種類ゲノムDNA※1(血液、組織、唾液、FFPE由来)
バイサルファイト処理ZYMO RESERCH社
EZ DNA Methylation KitまたはEZ DNA Methylation-Goldを推奨
DNA量1 µg以上
濃度100 ng/µL以上(FFPE由来の場合を除く)
品質⊿Ct≦5※2が目安となります。
(この値が大きくなると、タイピング品質が低下します。)
溶出バッファー1xTE

※1 バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です(サンプルの品質評価は実施しません)。
※2 FFPE由来DNAのCt値からコントロールDNAの平均Ct値を引いた値。

解析例

機種iScan
サンプル数16
データサイズRawデータ: 630MB、GenomeStudioデータ: 2.5GB、
DNAメチル化定量データ: 1.7GB、サンプル間比較データ: 940MB
バイオインフォマティクス解析全サンプル・全マーカーのDNAメチル化レベルの定量、検体間(群間)比較
DNAメチル化レベルの差が大きいマーカーについてクラスタリングとヒートマップ作成
納期品質評価通過後、約1.5ヶ月(試薬の手配に約1.0ヶ月かかります)

関連サービス

製品検索

キーワードから探す