マイクロアレイ
発現解析

特長

・高い再現性と実績のマイクロアレイプラットフォーム。
・実験~データ解析まで、経験豊かなスペシャリストによる安心のサービスとサポートのご提供。
・網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方に。

解析概要

Applied BiosystemsTM GeneChipTMアレイは、オートメーション製造プロセスにより作製され、また、ハイブリダイゼーション以降の操作が自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが最小限に抑えられ、再現性の高い解析が可能です。発現解析用のアレイは、3’ IVT Array, Gene Array, ClariomTMD Array, ClariomTM S Arrayに分けられます。いずれのアレイにおいても、1つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。3’ IVT Arrayは、遺伝子の3’末端側にプローブが設計されており、Gene Arrayは転写産物全長にわたってプローブが設計されています。ClariomTM D Arrayは、さらに高密度にプローブが設計され、選択的スプライシング解析などにも適しています。ClariomTMS Arrayは、Isoform間で共通するエクソンのプローブに絞り込むことで、遺伝子レベルでの解析に特化しています。

解析概要(図)

代表的なアレイ

3’IVT Array
: 豊富な実績のあるマイクロアレイ

・Human Genome U133 Plus 2.0 Array
・Mouse Genome 430 2.0 Array
・Rat Genome 230 2.0 Array

Gene Array
: 3’バイアスのない新しいプローブデザイン

・Human Gene 2.0 ST Array
・Mouse Gene 2.0 ST Array
・Rat Gene 2.0 ST Array

ClariomTM D
: トランスクリプトームレベルの解析に

・ClariomTM D Array, Human
・ClariomTM D Array, Mouse
・ClariomTM D Array, Rat


●3’IVT ArrayとGene Arrayについては
ヒト・マウス・ラットのほかショウジョウバエ、線虫、酵母
シロイヌナズナ、イヌ、ウシなど多数の生物種に対応しています。

ClariomTM S
: 遺伝子レベル解析専用の安価なアレイ

・ClariomTM S Array, Human
・ClariomTM S Array, Mouse
・ClariomTM S Array, Rat

解析結果

3’IVT Array、Gene ArrayおよびClariomTM S Arrayでは、標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。

ベーシック解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・スキャッタープロットの作成
・発現変動遺伝子(Probe)の抽出
・GO解析

オプション解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・クラスタリング解析+ヒートマップ作成

解析結果


ClariomTMDでは、生データのみを納品いたします。データ解析に関しましては、Thermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console (TAC) Softwareを使用して、検体間での遺伝子発現比較解析等を行うことが可能です。
※Transcriptome Analysis Console Softwareは、Thermo Fisher Scientifics社より無償でインストールする事が可能です。

納品物

・解析報告書
・データディスク: GeneChipTM Command Console SoftwareおよびExpression ConsoleTM Softwareより出力される生データファイル (.DAT、.CEL、.CHP、テキストファイルなど)、発現変動遺伝子の抽出結果およびGO解析結果など(Excelファイル)
※ ClariomTM Dは納品物にExcelファイルは含まれません。

サンプル条件

Total RNA量300 ng
Total RNA濃度100 ng/µL以上
OD260/2801.8~2.1
RIN値7以上
※ 上記条件を満たさない場合はご相談ください。

解析例

使用アレイHuman Genome U133 Plus 2.0 Array
サンプル数6(コントロール:3、比較サンプル:3)
データ解析GeneSpring GXによるベーシック解析
iPathwayGuideによるパスウェイ解析
納期品質評価通過後、約1.0ヶ月

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