Microarray Expression Analysis-Thermo Fisher Scientific-

特長

・高い再現性と実績のマイクロアレイプラットフォーム。
・実験~データ解析まで、経験豊かなスペシャリストによる安心のサービスとサポートのご提供。
・網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方に。

解析概要

Applied BiosystemsTM GeneChipTMアレイは、オートメーション製造プロセスにより作製され、また、ハイブリダイゼーション以降の操作が自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが最小限に抑えられ、再現性の高い解析が可能です。発現解析用のアレイは、3’ IVT Array, Gene Array, ClariomTMD Array, ClariomTM S Arrayに分けられます。いずれのアレイにおいても、1つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。3’ IVT Arrayは、遺伝子の3’末端側にプローブが設計されており、Gene Arrayは転写産物全長にわたってプローブが設計されています。ClariomTM D Arrayは、さらに高密度にプローブが設計され、選択的スプライシング解析などにも適しています。ClariomTMS Arrayは、Isoform間で共通するエクソンのプローブに絞り込むことで、遺伝子レベルでの解析に特化しています。

解析概要(図)

代表的なアレイ

3’IVT Array
: 豊富な実績のあるマイクロアレイ

・Human Genome U133 Plus 2.0 Array
・Mouse Genome 430 2.0 Array
・Rat Genome 230 2.0 Array

Gene Array
: 3’バイアスのない新しいプローブデザイン

・Human Gene 2.0 ST Array
・Mouse Gene 2.0 ST Array
・Rat Gene 2.0 ST Array

ClariomTM D
: トランスクリプトームレベルの解析に

・ClariomTM D Array, Human
・ClariomTM D Array, Mouse
・ClariomTM D Array, Rat


●3’IVT ArrayとGene Arrayについては
ヒト・マウス・ラットのほかショウジョウバエ、線虫、酵母
シロイヌナズナ、イヌ、ウシなど多数の生物種に対応しています。

ClariomTM S
: 遺伝子レベル解析専用の安価なアレイ

・ClariomTM S Array, Human
・ClariomTM S Array, Mouse
・ClariomTM S Array, Rat

解析結果

3’IVT Array、Gene ArrayおよびClariomTM S Arrayでは、標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。

ベーシック解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・スキャッタープロットの作成
・発現変動遺伝子(Probe)の抽出
・GO解析

オプション解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・クラスタリング解析+ヒートマップ作成
・パスウェイ解析

Pathway Analysis (iPathwayGuide)
3回以上の反復実験のある比較解析データでは、Advaita Bioinformatics社のiPathwayGuideによる解析がお勧めです。グラフィカルかつインタラクティブな解析環境をぜひお試しください。

※ GO解析、パスウェイ解析、iPathwayGuideによる解析は、生物種によって対応できないことがあります。

解析結果


ClariomTMDでは、生データのみを納品いたします。データ解析に関しましては、Thermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console (TAC) Softwareを使用して、検体間での遺伝子発現比較解析等を行うことが可能です。
※Transcriptome Analysis Console Softwareは、Thermo Fisher Scientifics社より無償でインストールする事が可能です。

納品物

・解析報告書
・データディスク: GeneChipTM Command Console SoftwareおよびExpression ConsoleTM Softwareより出力される生データファイル (.DAT、.CEL、.CHP、テキストファイルなど)、発現変動遺伝子の抽出結果およびGO解析結果など(Excelファイル)
※ ClariomTM Dは納品物にExcelファイルは含まれません。

サンプル条件

Total RNA量300 ng
Total RNA濃度100 ng/µL以上
OD260/2801.8~2.1
RIN値7以上
※ 上記条件を満たさない場合はご相談ください。

解析例

使用アレイHuman Genome U133 Plus 2.0 Array
サンプル数6(コントロール:3、比較サンプル:3)
データ解析GeneSpring GXによるベーシック解析
iPathwayGuideによるパスウェイ解析
納期品質評価通過後、約1.0ヶ月

関連サービス

サービス検索

キーワードから探す