マイクロアレイ
発現解析
特長
・高い再現性と実績のマイクロアレイプラットフォーム。
・実験～データ解析まで、経験豊かなスペシャリストによる安心のサービスとサポートのご提供。
・網羅的な遺伝子発現解析をお手軽に実施されたい方に。
解析概要
Applied BiosystemsTM GeneChipTMアレイは、オートメーション製造プロセスにより作製され、また、ハイブリダイゼーション以降の操作が自動化されているため、チップ間のデータのばらつきが最小限に抑えられ、再現性の高い解析が可能です。発現解析用のアレイは、3’ IVT Array, Gene Array, ClariomTMD Array, ClariomTM S Arrayに分けられます。いずれのアレイにおいても、１つの転写産物の検出に複数のプローブを使用しています。3’ IVT Arrayは、遺伝子の3’末端側にプローブが設計されており、Gene Arrayは転写産物全長にわたってプローブが設計されています。ClariomTM D Arrayは、さらに高密度にプローブが設計され、選択的スプライシング解析などにも適しています。ClariomTMS Arrayは、Isoform間で共通するエクソンのプローブに絞り込むことで、遺伝子レベルでの解析に特化しています。
代表的なアレイ
3’IVT Array
： 豊富な実績のあるマイクロアレイ
・Human Genome U133 Plus 2.0 Array
・Mouse Genome 430 2.0 Array
・Rat Genome 230 2.0 Array
Gene Array
： 3’バイアスのない新しいプローブデザイン
・Human Gene 2.0 ST Array
・Mouse Gene 2.0 ST Array
・Rat Gene 2.0 ST Array
ClariomTM D
： トランスクリプトームレベルの解析に
・ClariomTM D Array, Human
・ClariomTM D Array, Mouse
・ClariomTM D Array, Rat
●3’IVT ArrayとGene Arrayについては
ヒト・マウス・ラットのほかショウジョウバエ、線虫、酵母
シロイヌナズナ、イヌ、ウシなど多数の生物種に対応しています。
ClariomTM S
： 遺伝子レベル解析専用の安価なアレイ
・ClariomTM S Array, Human
・ClariomTM S Array, Mouse
・ClariomTM S Array, Rat
解析結果
3’IVT Array、Gene ArrayおよびClariomTM S Arrayでは、標準で以下のベーシック解析を実施しています。また、オプション解析も承ります。
■ベーシック解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・スキャッタープロットの作成
・発現変動遺伝子(Probe)の抽出
・GO解析※
■オプション解析
GeneSpring® GXを用いて以下の解析を実施します。
・クラスタリング解析＋ヒートマップ作成
ClariomTMDでは、生データのみを納品いたします。データ解析に関しましては、Thermo Fisher Scientifics社のTranscriptome Analysis Console (TAC) Software※を使用して、検体間での遺伝子発現比較解析等を行うことが可能です。
※Transcriptome Analysis Console Softwareは、Thermo Fisher Scientifics社より無償でインストールする事が可能です。
納品物
・解析報告書
・データディスク: GeneChipTM Command Console SoftwareおよびExpression ConsoleTM Softwareより出力される生データファイル (.DAT、.CEL、.CHP、テキストファイルなど)、発現変動遺伝子の抽出結果およびGO解析結果など（Excelファイル)※
※ ClariomTM Dは納品物にExcelファイルは含まれません。
サンプル条件
| Total RNA量 | 300 ng |
|---|---|
| Total RNA濃度 | 100 ng/µL以上 |
| OD260/280 | 1.8～2.1 |
| RIN値 | 7以上 |
解析例
| 使用アレイ | Human Genome U133 Plus 2.0 Array |
|---|---|
| サンプル数 | 6（コントロール:3、比較サンプル:3） |
| データ解析 | GeneSpring GXによるベーシック解析 iPathwayGuideによるパスウェイ解析 |
| 納期 | 品質評価通過後、約1.0ヶ月 |
関連サービス
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nCounter® Analysis
核酸抽出サービス
Target RNA Sequencing
Transcriptome Sequencing