LBx Digital PCR

特長

・独自開発LBx ProbeとデジタルPCRの併用により特異的かつ定量的なターゲットの検出を実現
・Cell free DNA(cfDNA)などの断片化されたDNAを検出対象としたプローブデザイン
・がんドライバーおよび治療耐性の遺伝子変異検出に特化したプローブラインナップ
・数コピーのレアターゲットを定量的に検出

解析概要

LBx ProbeとデジタルPCRを組み合わせることにより、DNA量の限られたサンプルからもがん遺伝子の変異やコピー数異常を定量的に検出します。

解析概要(図)

解析内容

変異検出

変異型特異的プローブと野生型特異的プローブを用いて、対象変異を定量的に検出します。

遺伝子LBxローブ対象変異
AKT1AKT1 E17Kp.E17K
ALKALK T1151insp.T1151ins
ALK L1152Rp.L1152R
ALK C1156Yp.C1156Y
ALK I1171Tp.I1171T
ALK F1174Lp.F1174L
ALK V1180Lp.V1180L
ALK L1196Mp.L1196M
ALK L1198Fp.L1198F
ALK G1202Rp.G1202R
ALK S1206Yp.S1206Y
ALK G1269Ap.G1269A
EGFREGFR R451Cp.R451C
EGFR S492R1p.S492R (c.1474A>C)
遺伝子LBxプローブ対象変異
EGFREGFR S492R2p.S492R (c.1476C>A)
EGFR T790MpT790M
EGFR C797S1p.C797S (c.2389T>A)
EGFR C797S2p.C797S (c.2390G>C)
ESR1ESR1 Y537Np.Y537N
ESR1 Y537Sp.Y537S
ESR1 D538Gp.D538G
ESR1 E380Qp.E380Q
HER2HER2 V777Lp.V777L
HER2 V842Ip.V842I
KITKIT L576Pp.L576P
KIT K642Ep.K642E
ROS1ROS1 G2032Rp.G2032R
SMOSMO D473Hp.D473H
※複数の変異を1反応で測定できるMultiplexタイプのプローブを用いた解析も承っております(変異の確定には追加解析が必要になります)。

変異スクリーニング

がん関連HotSpot変異の有無を1反応で解析できます(変異の確定には追加解析が必要です)。

遺伝子LBx
プローブ
対象変異
 BRAF BRAF V600 Screenp.D594G/N
p.V600E/K/R/G/M/D
p.K601E
EGFREGFR S492 Screenp.I491M (c.1473A>G), p.S492R(c.1474A>C),
p.S492R (c.1476C>A)
EGFR G465 Screenp.S464L
p.G465E/R,
p.K467T
ESR1ESR1 Y537 Screenp.V534E
p.P535H
p.L536R/Q/P/H,
p.Y537N/C/S
p.D538G
IDH1IDH1 R132 Screenp.R132C/G/S/H/L/P
IDH2IDH2 R172 Screenp.R172W/G/K/M/S
遺伝子LBx
プローブ
対象変異
KRASKRAS G12/G13 Screenp.G12A/C/D/F/G/L/R/S/V
p.G13A/C/D/G/R/S/V
KRAS A59/Q61 Screenp.A59E/G/S/T/del
p.Q61E/H/K/L/P/R
MEK1MEK1 C121/G128 Screenp.C121S
p.P124S/L
p.G128V/D
p.F129L
NRASNRAS G12/G13 Screenp.G12A/C/D/N/R/S/V
p.G13A/C/D/R/S/V
NRAS Q61 Screenp.Q61E/H/K/L/P/Q/R
p.E62K/Q
PIK3CAPIK3CA E545 Screenp.E542K/V
p.E545V/G/A/Q/K
p.Q546L/R/P/E/K
PIK3CA H1047 Screenp.H1047L/R/Y
p.G1049R/S

コピー数測定

対象遺伝子領域のコピー数を測定します。

・対象遺伝子
AKT1,AKT2,ALK,AR,BRAF,CCND1,CDK4,CDK6,cMET,CTNNB1,EGFR,ESR1,FGFR1,FGFR2
FGFR3,HER2,IGF1R,IGF2R,KIT,KRAS,MEK1,NRAS,PDGFRA,PIK3CA,VEGFA

解析結果

各ターゲットのコピー数を定量的にカウントし、対象変異数または対象遺伝子のコピー数を算出します。

解析結果

納品物

・解析報告書
・ddPCR測定データ、2-Dプロット図

サンプル条件

サンプルの種類        Cell free DNA(cfDNA)        
DNA濃度10ng/µL以上
DNA量ターゲット数×3ng以上
溶液量20µL以上
溶媒Nuclease-free水

※その他の検体をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

解析例

対象変異EGFR p.T790M
EGFR p.C797S(c.2389T>A)
EGFR p.C797S(c.2390G>C)
使用プローブEGFR T790M
EGFR C797S1
EGFR C797S2
機種QX200 ddPCR System
データ解析変異頻度の算出
納期          品質評価通過後、約3週間          

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