LBx® Digital PCR

特長

・独自開発LBx® ProbeとデジタルPCRの併用により特異的かつ定量的なターゲットの検出を実現
・Cell free DNA(cfDNA)などの断片化されたDNAを検出対象としたプローブデザイン
・がんドライバーおよび治療耐性の遺伝子変異検出に特化したプローブラインナップ
・数コピーのレアターゲットを定量的に検出

解析概要

LBx® ProbeとデジタルPCRを組み合わせることにより、DNA量の限られたサンプルからもがん遺伝子の変異やコピー数異常を定量的に検出します。

解析概要(図)

解析内容

変異検出

変異型特異的プローブと野生型特異的プローブを用いて、対象変異を定量的に検出します。

遺伝子LBx®ローブ対象変異
AKT1AKT1 E17Kp.E17K
ALKALK T1151insp.T1151ins
ALK L1152Rp.L1152R
ALK C1156Yp.C1156Y
ALK I1171Tp.I1171T
ALK F1174Lp.F1174L
ALK V1180Lp.V1180L
ALK L1196Mp.L1196M
ALK L1198Fp.L1198F
ALK G1202Rp.G1202R
ALK S1206Yp.S1206Y
ALK G1269Ap.G1269A
EGFREGFR R451Cp.R451C
EGFR S492R1p.S492R (c.1474A>C)
遺伝子LBx®プローブ対象変異
EGFREGFR S492R2p.S492R (c.1476C>A)
EGFR T790MpT790M
EGFR C797S1p.C797S (c.2389T>A)
EGFR C797S2p.C797S (c.2390G>C)
ESR1ESR1 Y537Np.Y537N
ESR1 Y537Sp.Y537S
ESR1 D538Gp.D538G
ESR1 E380Qp.E380Q
HER2HER2 V777Lp.V777L
HER2 V842Ip.V842I
KITKIT L576Pp.L576P
KIT K642Ep.K642E
ROS1ROS1 G2032Rp.G2032R
SMOSMO D473Hp.D473H
※複数の変異を1反応で測定できるMultiplexタイプのプローブを用いた解析も承っております(変異の確定には追加解析が必要になります)。

変異スクリーニング

がん関連HotSpot変異の有無を1反応で解析できます(変異の確定には追加解析が必要です)。

遺伝子LBx®
プローブ
対象変異
 BRAF BRAF V600 Screenp.D594G/N
p.V600E/K/R/G/M/D
p.K601E
EGFREGFR S492 Screenp.I491M (c.1473A>G), p.S492R(c.1474A>C),
p.S492R (c.1476C>A)
EGFR G465 Screenp.S464L
p.G465E/R,
p.K467T
ESR1ESR1 Y537 Screenp.V534E
p.P535H
p.L536R/Q/P/H,
p.Y537N/C/S
p.D538G
IDH1IDH1 R132 Screenp.R132C/G/S/H/L/P
IDH2IDH2 R172 Screenp.R172W/G/K/M/S
遺伝子LBx®
プローブ
対象変異
KRASKRAS G12/G13 Screenp.G12A/C/D/F/G/L/R/S/V
p.G13A/C/D/G/R/S/V
KRAS A59/Q61 Screenp.A59E/G/S/T/del
p.Q61E/H/K/L/P/R
MEK1MEK1 C121/G128 Screenp.C121S
p.P124S/L
p.G128V/D
p.F129L
NRASNRAS G12/G13 Screenp.G12A/C/D/N/R/S/V
p.G13A/C/D/R/S/V
NRAS Q61 Screenp.Q61E/H/K/L/P/Q/R
p.E62K/Q
PIK3CAPIK3CA E545 Screenp.E542K/V
p.E545V/G/A/Q/K
p.Q546L/R/P/E/K
PIK3CA H1047 Screenp.H1047L/R/Y
p.G1049R/S

コピー数測定

対象遺伝子領域のコピー数を測定します。

・対象遺伝子
AKT1,AKT2,ALK,AR,BRAF,CCND1,CDK4,CDK6,cMET,CTNNB1,EGFR,ESR1,FGFR1,FGFR2
FGFR3,HER2,IGF1R,IGF2R,KIT,KRAS,MEK1,NRAS,PDGFRA,PIK3CA,VEGFA

解析結果

各ターゲットのコピー数を定量的にカウントし、対象変異数または対象遺伝子のコピー数を算出します。

解析結果

納品物

・解析報告書
・ddPCR測定データ、2-Dプロット図

サンプル条件

サンプルの種類        Cell free DNA(cfDNA)        
DNA濃度10ng/µL以上
DNA量ターゲット数×3ng以上
溶液量20µL以上
溶媒Nuclease-free水

※その他の検体をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

解析例

対象変異EGFR p.T790M
EGFR p.C797S(c.2389T>A)
EGFR p.C797S(c.2390G>C)
使用プローブEGFR T790M
EGFR C797S1
EGFR C797S2
機種QX200 ddPCR System
データ解析変異頻度の算出
納期          品質評価通過後、約3週間          

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