Digital PCR

特長

・独自開発LBx ProbeとデジタルPCRの併用により特異的かつ定量的なターゲットの検出を実現
・がんドライバーおよび治療耐性の遺伝子変異検出に特化したプローブラインナップ
・数コピーのレアターゲットを定量的に検出
・体液中のCell free DNA (cfDNA)を対象とした解析も可能。

※ LBx Probeの詳細は弊社製品ページをご参照ください。
※ 他社(Bio-Rad社など)のプローブを用いた解析も承っています。

解析概要

LBx ProbeとデジタルPCRを組み合わせることにより、DNA量の限られたサンプルからもがん遺伝子の変異やコピー数異常を定量的に検出します。体液中の腫瘍ゲノム状態のモニタリングなどにご活用いただけます。

解析概要(図)

解析内容

変異検出

変異型特異的プローブと野生型特異的プローブを用いて、対象変異を定量的に検出します。

遺伝子 LBxプローブ 対象変異
AKT1 AKT1 E17K p.E17K
ALK ALK T1151ins p.T1151_L1152insT
ALK L1152R p.L1152R
ALK C1156Y p.C1156Y
ALK I1171T p.I1171T
ALK F1174L p.F1174L
ALK V1180L p.V1180L
ALK L1196M p.L1196M
ALK L1198F p.L1198F
ALK G1202R p.G1202R
ALK S1206Y p.S1206Y
ALK G1269A p.G1269A
EGFR EGFR R451C p.R451C
遺伝子 LBxプローブ 対象変異
EGFR EGFR T790M pT790M
EGFR C797S1 p.C797S (c.2389T>A)
EGFR C797S2 p.C797S (c.2390G>C)
ESR1 ESR1 Y537N p.Y537N
ESR1 Y537S p.Y537S
ESR1 D538G p.D538G
ESR1 E380Q p.E380Q
HER2 HER2 V777L p.V777L
HER2 V842I p.V842I
KIT KIT L576P p.L576P
KIT K642E p.K642E
ROS1 ROS1 G2032R p.G2032R
SMO SMO D473H p.D473H
※複数の変異を1反応で測定できるMultiplexタイプのプローブを用いた解析も承っております(変異の確定には追加解析が必要になります)。

変異スクリーニング

がん関連HotSpot変異の有無を1反応で解析できます(変異の確定には追加解析が必要です)。

遺伝子 LBx
プローブ
対象変異
 BRAF  BRAF V600 Screen p.D594G/N
p.V600E/K/R/G/M/D
p.K601E
EGFR EGFR G465 Screen p.S464L,
p.G465E/R,
p.K467T
EGFR Exon19 Del Screen E746_A750del,
E747_P753>S,
E746_T751del など
ESR1 ESR1 Y537 Screen p.V534E
p.P535H
p.L536R/Q/P/H,
p.Y537N/C/S
p.D538G
IDH1 IDH1 R132 Screen p.R132C/G/S/H/L/P
IDH2 IDH2 R172 Screen p.R172W/G/K/M/S
遺伝子 LBx
プローブ
対象変異
KRAS KRAS G12/G13 Screen p.G12A/C/D/F/G/L/R/S/V
p.G13A/C/D/G/R/S/V
KRAS A59/Q61 Screen p.A59E/G/S/T/del
p.Q61E/H/K/L/P/R
MEK1 MEK1 C121/G128 Screen p.C121S
p.P124S/L
p.G128V/D
p.F129L
NRAS NRAS G12/G13 Screen p.G12A/C/D/N/R/S/V
p.G13A/C/D/R/S/V
NRAS Q61 Screen p.Q61E/H/K/L/P/Q/R
p.E62K/Q
PIK3CA PIK3CA E545 Screen p.E542K/V
p.E545V/G/A/Q/K
p.Q546L/R/P/E/K
PIK3CA H1047 Screen p.H1047L/R/Y
p.G1049R/S

コピー数測定

対象遺伝子領域のコピー数を測定します。

・対象遺伝子
AKT1,AKT2,AR,BRAF,CCND1,CDK4,CDK6,cMET,CTNNB1,EGFR,ESR1,FGFR1,FGFR2
FGFR3,HER2,IGF1R,IGF2R,KIT,KRAS,MEK1,NRAS,PDGFRA,PIK3CA,VEGFA

解析結果

各ターゲットのコピー数を定量的にカウントし、対象変異数または対象遺伝子のコピー数を算出します。

解析結果

納品物

・解析報告書
・データディスク:ddPCR測定データ

サンプル条件

サンプルの種類 DNA
DNA量 100 ng
DNA濃度 10 ng/?L以上
溶液量 20µL以上
溶媒 Nuclease-free水

解析例

対象変異 EGFR p.T790M
EGFR Exon19 deletion
使用プローブ EGFR T790M
EGFR Exon19 Del Screen
機種QX200 ddPCR System
データ解析変異頻度の算出
納期           品質評価通過後、約3週間          

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