Microarray Genotyping Analysis-Illumina-

特長

・圧倒的な実績(数量)及び、経験豊富なスタッフによる安心のサービスとサポートのご提供。
・世界トップクラスの解析ラボ(完全自動化解析、LIMS採用により解析操作の均一性とミスハンドリングの根絶を実現)。
・コスト効率良く全ゲノムジェノタイピングを実施されたい方に。
・オプション解析として、株式会社スタージェン社との提携による小家系連鎖解析および全ゲノム関連解析(GWAS)のご提供。

解析概要

弊社は、先端のゲノムコンテンツをカバーするSNPジェノタイピングツールとして、Illumina社のInfiniumビーズチップを採用し、受託解析サービスをご提供しております。最近では次世代シーケンスサービスとのデータ統合による、より正確なバリデーションやスクリーニング目的の利用が増加してきております。豊富な実績を持ち、品質保証体制を整えた遺伝子解析ラボにて測定された高品質なデータをご提供いたします。小規模プロジェクトから大規模プロジェクトまで安心してご利用ください。

代表的なチップ

 

ヒト用チップ

東アジア人の解析に最適化され、コスト効率の高いAsian Screening Array(ASA)やASAの一部を日本人多型コンテンツと入れ替えたJapanese Screening Array(JSA)、全ゲノム関連解析(GWAS)に比類ないパワーを発揮するOmniマイクロアレイなど、目的に合わせて最適なチップをお選びいただけます。
チップ名 特徴
Infinium Global Screening Array 複数人種集団向けにパワーを発揮、クリニカルリサーチ向けの
多型を網羅的にカバー・約64万マーカー搭載
Infinium Asian Screening Array 東アジア特異的な低頻度の遺伝的多型やクリニカルコンテンツまでカバー、コスト効果の高いアレイ・約65万マーカー搭載
Infinium Japanese Screening Array ASA の一部を、日本人多型のインピュテーション性能を上げるためのコンテンツと日本人クリニカルコンテンツと入れ替えたアレイ・約69万マーカー搭載
【Omniシリーズ】
InfiniumOmin5
InfiniumOmin2.5
InfiniumOminExpressExome
InfiniumOminExpress
優れた検出力で比類ないカバレッジを提供
約430万マーカー搭載
約250万マーカー搭載
約95万マーカー搭載
約71万マーカー搭載
InfiniumCore 有益なtagSNPの搭載による高効率化・約30万マーカー搭載
InfiniumExome ヒトのエクソン領域にフォーカス・約24万マーカー搭載
InfiniumCytoSNP-850K Cytogenesis研究用・約85万マーカー搭載
Human CytoSNP Cytogenesis研究用・約30万マーカー搭載
※ その他チップをご希望の場合は別途お問い合わせください。

動植物用チップ

チップ名 特徴
BovineHD ウシ高密度SNP解析用・約78万マーカー搭載
BovineSNP50 ウシSNP解析用・約5.4万マーカー搭載
BovineLDウシ低密度SNP解析用・約8千マーカー搭載
PorcineSNP60 ブタSNP解析用・約6.4万マーカー搭載
CanineHD イヌ高密度SNP解析用・約17万マーカー搭載
※ その他チップをご希望の場合は別途お問い合わせください。

解析結果

 

解析結果

納品物

・解析報告書
・データディスク:ジェノタイプデータ(csvファイル)、GenomeStudioデータ(bscファイル)、アノテーションデータ(csvファイルまたはtxtファイル)、RAWデータ(idatファイル)、GenomeStudioデータ作成に必要なファイル一式

※連鎖解析実施時は、以下のファイルも納品します。
 候補領域リスト(bedファイル)、候補領域図(bmpファイル)

サンプル条件

サンプルの種類精製ゲノムDNA
DNA濃度50 ng/µL以上
液容量30 µL
※基準に満たない場合は、良好なデータが得られない場合がございますので、ご相談ください。
また、チップによってはサンプル条件が異なる場合がございますのでお問い合わせください。

解析例

BeadChip Infinium Asian Screening Array
機種 iScan
サンプル数 96
データ量 Rawデータ: 1.7GB、GenomeStudioデータ: 1.8GB、ジェノタイプデータ: 1.2GB
バイオインドマティクス解析 GenomeStudioデータ作成
GenomeStudioから各種ストランドでジェノタイプデータを出力
納期 サンプル受領後、約1.0ヵ月(別途、試薬の手配に約1.0ヵ月かかります。)

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