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トランスジーン挿入位置の探索

特長

  • ヒトゲノムまたはマウスゲノム上でのトランスジーン挿入位置を推定
  • 遺伝子導入がうまくいっているか、どの程度の頻度で遺伝子導入がされているのか、などを確認する事が可能
  • イルミナ社が提供する解析ソフトDRAGENを使用し、高精度な解析を実現

解析概要

ご提供いただいたヒトゲノムまたはマウスゲノムのシーケンスデータとトランスジーン配列をもとに、ゲノム上でのトランスジーン挿入位置を探索します。
解析概要フロー図

解析例

解析例

解析に必要な入力ファイル条件

  • ヒトゲノムまたはマウスゲノムのシーケンスデータ(FASTQファイル)
  • 遺伝子導入に使用されたベクター配列およびインサート配列(txtファイル)

納品物

  • 解析報告書(PDF:Transgene挿入位置の推定リスト、Transgene挿入位置のIGV画像を掲載)
  • マッピングデータ(BAM)、SV検出データ(VCF)、SVのアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)

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