特長
- 細胞株移植モデル（Cell line-derived xenograft, CDXモデル）や患者腫瘍移植モデル（Patient-derived xenograft, PDXモデル）のヒト腫瘍部位におけるDNA変異解析
- Single Nucleotide Variation(SNV)、一部のShort Insertion/Deletion(InDel) を同定可能
解析概要
CDXモデルやPDXモデルの検体から取得されたシーケンスデータを用いて、DNA変異解析を実施します。マウスゲノムに由来するDNA配列を除去することによってDNA変異の誤検出を抑えることができ、より正確にヒト腫瘍部位のDNA変異を検出することができます。
解析例
解析に必要な入力ファイル条件
- Xenograft由来DNAをシーケンスしたFASTQファイル
納品物
- 解析報告書（PDF：BreakPoint位置の推定リスト、Breakpoint周辺のIGV画像を掲載）
- データHDD：リード情報（FASTQ）、マッピングデータ（BAM）、SNV/InDel検出データ（VCF）、SNV/InDelのアノテーションデータ（エクセル・マクロファイルおよび、テキストファイル）
