ゲノムワイド関連解析
GWAS
特長
- ある疾患や形質に関連する遺伝子マーカー(主としてSNP)を、全ゲノムを対象に網羅的に検索することで、疾患の原因解析や個別化医療の分野にご利用いただけます。
- SNPアレイ、または次世代シーケンサーで取得した全ゲノムデータを用いて解析を実施します。
- 本解析は、協業先(株式会社スタージェン)で実施します。
解析概要

図1. GWAS解析の概要
解析結果・納品物
- 解析結果報告書
- SNP imputationに関する報告書
- 関連解析に関する報告書
- 解析結果表
- QC結果
- GWAS結果(P<5E-08を満たす、あるいはTop 100)
- 解析結果図
- マンハッタンプロット
- 解析結果データ
- SNP imputation結果
- ※ ただし公的ゲノムコホートをスタージェンが取得した場合は、公的ゲノムコホートデータのSNP imputation結果は納品不可
- GWASサマリー
- ※ 全SNPのGWAS結果
- SNP imputation結果
オプション追加解析
- Regional plotの作図
SNPの物理的位置の範囲、あるいは遺伝子名をしていただければRegional plotを描画します。 - Rare-variant/Gene-wise解析
複数のSNPを統合的に評価する解析手法で、統合方法についてはご相談ください。 - 論文作成支援
GWAS論文の作成支援を行います。
解析条件
- 全ゲノムデータ(以下のいずれかの解析で得られたデータ)
- 各サンプルのGWASで比較したい臨床情報、および背景情報
- 比較する群間で補正した背景情報:年齢、性別など
- ※ 公的ゲノムコホートデータの利用を希望する場合は、スタージェン社の公的ゲノムコホートデータの利用申請代行サービスをご利用いただき、データを取得します。

図2. 公的DBを使用する場合の解析フロー
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