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ゲノムワイド関連解析
GWAS

特長

  • ある疾患や形質に関連する遺伝子マーカー(主としてSNP)を、全ゲノムを対象に網羅的に検索することで、疾患の原因解析や個別化医療の分野にご利用いただけます。
  • SNPアレイ、または次世代シーケンサーで取得した全ゲノムデータを用いて解析を実施します。
  • 本解析は、協業先(株式会社スタージェン)で実施します。
    StaGenロゴ

解析概要

ある特定の疾患を持つグループと健常者グループにおけるゲノム中のSNPを網羅的に比較・分析します。およそ数百~数千人の疾患群および対象群に対して、10万~100万個程度のSNPを調査します。
GWAS解析の概要
図1. GWAS解析の概要

解析結果・納品物

  • 解析結果報告書
    • SNP imputationに関する報告書
    • 関連解析に関する報告書
  • 解析結果表
    • QC結果
    • GWAS結果(P<5E-08を満たす、あるいはTop 100)
  • 解析結果図
    • マンハッタンプロット
  • 解析結果データ
    • SNP imputation結果
      • ※ ただし公的ゲノムコホートをスタージェンが取得した場合は、公的ゲノムコホートデータのSNP imputation結果は納品不可
    • GWASサマリー
      • ※ 全SNPのGWAS結果

オプション追加解析
  • Regional plotの作図
    SNPの物理的位置の範囲、あるいは遺伝子名をしていただければRegional plotを描画します。
  • Rare-variant/Gene-wise解析
    複数のSNPを統合的に評価する解析手法で、統合方法についてはご相談ください。
  • 論文作成支援
    GWAS論文の作成支援を行います。

解析条件

弊社受託解析のオプションサービスとしてご利用の場合
  1. 全ゲノムデータ(以下のいずれかの解析で得られたデータ)
  2. 各サンプルのGWASで比較したい臨床情報、および背景情報
  3. 比較する群間で補正した背景情報:年齢、性別など

  • ※ 公的ゲノムコホートデータの利用を希望する場合は、スタージェン社の公的ゲノムコホートデータの利用申請代行サービスをご利用いただき、データを取得します。
公的DBを使用する場合の解析フロー
図2. 公的DBを使用する場合の解析フロー



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