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Microbial Community Analysis

特長

  • 16S rRNA遺伝子領域を対象としたマイクロバイオーム解析
  • 経験豊富なCJ Bioscience社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供
  • 解析データは、CJ Bioscience社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。

解析概要

16S rRNA遺伝子の配列をシーケンスすることで、サンプル中に存在する微生物の種類と構成比を解析します。
微生物が存在するサンプルから直接DNAを抽出し、PCR増幅後シーケンス解析を行うことで、難培養性の微生物も解析することができます。マイクロバイオーム(微生物叢)と疾患の関連研究、動物や植物のマイクロバイオーム研究、水質・土壌調査など、様々な目的にご利用いただけます。
解析フロー図

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツールEzBioCloud 16S rRNA gene-based Microbiome Taxonomic Profiling (MTP)※1, 2を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。

  • サンプルごとの分類学的構成および菌種組成比較
  • α多様性(サンプルごとの菌種の多様性)およびβ多様性(サンプル間の菌種組成の類似性)解析
  • サンプルセットごとの菌種組成比較
  • サンプルセット間での特定分類群の存在量比較および多様性解析
SmallRNASequencing_解析結果
SmallRNASequencing_解析結果

納品物

  • 解析結果(EzBioCloud MTPを使用して、納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能)
  • リード情報(FASTQ、データダウンロードサイトより納品後1年間取得可能)
  • 品質評価結果

サンプル条件

サンプルの種類 メタゲノムDNA
DNA濃度 40 ng/µL以上
溶液量 30 µL以上
OD260/280 1.8以上
溶媒 Low TEまたはNuclease-free水

● サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。

解析例

解析対象領域 16S rRNA遺伝子V3-V4領域
機種 Miseq
リード数/検体 約20Kリード
リード長 250 bp
シーケンス方法 Paired End / Multiplex
バイオインフォマティクス解析 取得配列の相同性検索と系統分類解析、
微生物組成の算出とサンプル間比較、
多様性解析(サンプルごとの微生物の多様性、サンプル間の微生物組成の類似性)、
サンプルセット間の比較解析(微生物組成の比較、特定分類群の存在量の比較など)
納期 品質評価通過後、約2.5カ月

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