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融合遺伝子解析
Fusion Gene

特長

  • RNA-Seqにより取得されたペアエンドリード配列を用いて、融合遺伝子を検出
  • 発現している融合遺伝子を効率良く探索
  • Transcriptome Sequencingと組み合わせた解析も可能

解析概要

融合遺伝子は、あるタイプのがんでは顕著な特徴となっており、分子標的医薬のターゲットとして着目されています。 がん細胞などに由来する転写産物の配列を網羅的に決定した後、それらの配列情報から融合遺伝子を探索します。

解析結果

シーケンス解析により取得したペアエンドリード配列から、ソフトウェア(STAR-Fusion)を使用して、融合遺伝子を検出します。
検出された融合遺伝子の情報(Pfam domain、インフレームか否かの判定結果、breakpoint前後の配列、ゲノム位置などの詳細情報)をサマリーレポートと検出結果リストで、支持リードの状況をHTML形式のファイルでご提出します。
解析結果

納品物

  • 解析報告書
  • データHDD: リード情報(FASTQ)、サマリーレポート(PDF)、検出結果リスト(Excel)、支持リード情報(HTML)

サンプル条件

ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep TruSeq RNA Exome
サンプルの種類 精製Total RNA 精製Total RNA
RNA量 3 µg 0.5 µg
濃度※1 65 ng/µL以上 20 ng/µL以上
RIN値※2 7 以上 ※3

  • ※1 サンプルの定量はAgilent 2100バイオアナライザまたはAgilent 2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
  • ※2 サンプルの(バイオアナライザによる)電気泳動図がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
  • ※3 200 nt以上のRNA断片が50%以上(DV200≥50%)の品質を推奨しています。

解析例

ライブラリ作製キット TruSeq Stranded mRNA Library Prep
機種 NovaSeq 6000
平均リード数/サンプル 約100M リード以上
シーケンス方法 Paired End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析 融合遺伝子の探索
納期 品質評価通過後、約3ヵ月

  • ※ 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。

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