微生物ゲノム解析
特長
- バクテリアを対象とした全ゲノムシーケンシング解析。
- 経験豊富なCJ Bioscience社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供。
- ゲノム配列の比較解析サービスもご提供可能。
- 解析データは、CJ Bioscience社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。
解析概要

解析結果
■ Whole Genome Analysis:サンプルごとの全ゲノムシーケンシング解析
- de novoアセンブリングによるコンティグ作成
- 予測されたCDSへのアノテーション付与
- 予測されたCDSのゲノムブラウザおよびゲノムマップ表示
- BLASTを用いたホモログ探索

■ Comparative Genomics:お客様ご提供のゲノム配列及び公共データベース上のゲノム配列を用いた比較解析(オプション)
- ゲノム配列間の類似性を基に作成された系統樹
- リファレンスと任意のゲノム配列間の遺伝子ごとの類似性
- 複数ゲノム配列間で共通に存在する遺伝子の数
- 遺伝子構成によるクラスタリング解析とヒートマップ作成(Gene presence/absence analysis) など

- ※1 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
- ※2 詳細はCJ Bioscience社ホームページのサイトをご参照ください。
納品物
- 解析結果(EzBioCloud WGおよびCGを使用して納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能)
- リード情報(FASTQ、EzBioCloudデータダウンロードサイトより納品後1年間取得可能)
- 品質評価結果
サンプル条件
機種 | MiSeq | PacBio |
---|---|---|
サンプルの種類 | 精製ゲノムDNA | 精製ゲノムDNA※1 |
DNA量 | 1 µg | 20 µg |
DNA濃度※2 | 50 ng/µL以上 | 150 ng/µL以上 |
溶液量 | 20 µL以上 | 20 µL以上 |
OD260/280 | 1.8以上 | 1.8以上 |
溶媒※3 | 10 mM Tris-HCl (pH 8.5) またはNuclease-free水 |
10 mM Tris-HCl (pH 8.5) またはNuclease-free水 |
- ※1 分解の見られないゲノムDNAをご提出ください。
- ※2 サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
- ※3 EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。
解析例
解析内容 | 5 Mb以下ゲノムのドラフトシーケンシング |
---|---|
機種 | Miseq |
リード長 | 300 bp |
シーケンス方法 | Paired End |
バイオインフォマティクス解析 | アセンブリングによるコンティグの作成、コンティグ上のORF予測、 予測されたORFへのアノテーションなど |