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微生物ゲノム解析

特長

  • バクテリアを対象とした全ゲノムシーケンシング解析。
  • 経験豊富なCJ Bioscience社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供。
  • ゲノム配列の比較解析サービスもご提供可能。
  • 解析データは、CJ Bioscience社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能。

解析概要

ゲノム配列未知のバクテリアを対象として、全ゲノムの塩基配列を決定します。複数機種の次世代シーケンサー(NGS)をご用意していますので、研究目的に適したシーケンシング方法が選択可能です。ゲノムの機能解析、進化、比較ゲノムや薬品開発・エネルギー産業研究に応用していただけます。
解析フロー図

解析結果

解析データは、オリジナルウェブツールEzBioCloud Whole Genome Analysis (WG)※1およびComparative Genomics (CG)※1, 2を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。

■ Whole Genome Analysis:サンプルごとの全ゲノムシーケンシング解析
  • de novoアセンブリングによるコンティグ作成
  • 予測されたCDSへのアノテーション付与
  • 予測されたCDSのゲノムブラウザおよびゲノムマップ表示
  • BLASTを用いたホモログ探索
SmallRNASequencing_解析結果

■ Comparative Genomics:お客様ご提供のゲノム配列及び公共データベース上のゲノム配列を用いた比較解析(オプション)
  • ゲノム配列間の類似性を基に作成された系統樹
  • リファレンスと任意のゲノム配列間の遺伝子ごとの類似性
  • 複数ゲノム配列間で共通に存在する遺伝子の数
  • 遺伝子構成によるクラスタリング解析とヒートマップ作成(Gene presence/absence analysis) など
SmallRNASequencing_解析結果

納品物

  • 解析結果(EzBioCloud WGおよびCGを使用して納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能)
  • リード情報(FASTQ、EzBioCloudデータダウンロードサイトより納品後1年間取得可能)
  • 品質評価結果

サンプル条件

機種 MiSeq PacBio
サンプルの種類 精製ゲノムDNA 精製ゲノムDNA※1
DNA量 1 µg 20 µg
DNA濃度※2 50 ng/µL以上 150 ng/µL以上
溶液量 20 µL以上 20 µL以上
OD260/280 1.8以上 1.8以上
溶媒※3 10 mM Tris-HCl (pH 8.5)
またはNuclease-free水
10 mM Tris-HCl (pH 8.5)
またはNuclease-free水

  • ※1 分解の見られないゲノムDNAをご提出ください。
  • ※2 サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
  • ※3 EDTAを含まないバッファーを溶媒としてご使用ください。

解析例

解析内容 5 Mb以下ゲノムのドラフトシーケンシング
機種 Miseq
リード長 300 bp
シーケンス方法 Paired End
バイオインフォマティクス解析 アセンブリングによるコンティグの作成、コンティグ上のORF予測、
予測されたORFへのアノテーションなど

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