RNA sequencing (RNA-seq)
特長
理研ジェネシス RNA Sequencingの強み
- 数百検体規模の調査・コホート研究に対応。
- 様々な機関から認められた品質保証で医薬品開発に対応。
- 経験豊富なスタッフによる安心のサービスとサポート体制。
- 国内トップレベルの解析実績・大規模プロジェクトでの採用実績。
解析概要
ライブラリ作製方法
| No. | ライブラリー作製キット | RNA精製方法 | FFPE由来RNA対応 | 特徴 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | TruSeq Stranded mRNA Library Prep※1 | poly A RNA精製 | × |
|
| 2 | TruSeq RNA Exome※2 | － | ○ |
|
| 3 | TruSeq Stranded Total RNA Library Prep | rRNA除去 | ○ |
|
| 4 | SureSelect XT RNA direct, SureSelect Mouse All Exon※3 | － | ○ |
|
- ※1 グロビンmRNAの除去をご希望の場合は別途お問い合わせください。
- ※2 ヒトのみ対応可能。
- ※3 マウスのみ対応可能。
データ解析（標準サービス）
- ※4 ヒト以外の生物種に対するエンリッチメント解析については、別途ご相談ください。
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データ解析（オプションサービス）
- Fusion Gene Analysis / 融合遺伝子探索（ヒトのみ対応可能）
詳細はFusion Gene Analysisサービスのページをご参照ください。
納品物
- 解析報告書
- データHDD： リード情報（FASTQ）、マッピングデータ（BAM）、転写物データ（GTF）、オプション解析結果（Excelファイルとテキストファイル）
解析条件
- ２サンプル以上※5
- ※5 ただし、統計検定の都合上、一つの群に属するサンプルレプリケート数が二以上となるようご準備いただくことを強く推奨しております。例えば、二群比較をご希望の場合には「2サンプル」×「二群」の計「4サンプル」以上ご用意いただくのが望ましいです。
サンプル条件
| ライブラリ作製キット | TruSeq Stranded mRNA Library Prep、 TruSeq Stranded Total RNA Library Prep |
TruSeq RNA Exome、 SureSelect XT RNA direct + SureSelect Mouse All Exon |
|---|---|---|
| サンプルの種類 | 精製Total RNA | 精製Total RNA |
| RNA量 | 3µg | 0.5µg |
| 濃度※6 | 65 ng/µL以上 | 20 ng/µL以上 |
| RIN値※7 | 7以上 | －※8 |
- ※6 サンプルの定量はAgilent 2100バイオアナライザまたはAgilent 2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
- ※7 サンプルの（バイオアナライザによる）電気泳動図がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
- ※8 200 nt以上のRNA断片が50%以上（DV200>50％）の品質を推奨しています。
解析例
| ライブラリ作製キット | TruSeq Stranded mRNA Library Prep |
|---|---|
| 機種 | NovaSeq 6000 |
| 平均データ量/サンプル | 約40M リード以上 |
| シーケンス方法 | Paired End/Multiplex |
| バイオインフォマティクス解析 | スプライシングパターン予測、正規化された発現レベルの算出、 発現レベルのサンプル間比較、GO解析 |
| 納期 | 品質評価通過後、約2.5ヵ月※9 |
- ※9 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。
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