ロングリードシーケンスを用いた全ゲノム解析
ロングリードシーケンスの特長
- 数万塩基に及ぶ長鎖リード
長いリード長により、複雑なゲノム構造の把握が可能です。
- PacBio Revioシステムによる高精度ロングリード解析
Revio SPRQ HiFi Prep Kitを用いたライブラリー調製と、PacBio Revioによるシーケンスにより、高精度なHiFiリードを取得します。
- 多様な遺伝子変異の包括的検出
SNV、InDel、コピー数変動（CNV）、構造変異（SV）、リピート伸長など、幅広い変異を検出可能です。
- 従来技術では困難な領域の解析
高AT／高GC領域、反復配列、長いホモポリマー、パリンドローム配列など、従来手法では解析が難しい領域にも対応し、均一なカバレッジを実現します。
- 構造変異（SV）の高精度検出
複雑なゲノム構造を持つ領域においても、精度の高い構造変異解析が可能です。
- ハプロタイプ分離（フェージング解析）
母方・父方由来の染色体を分離し、ハプロタイプ単位での解析が可能です。
- DNAメチル化情報の同時取得
シーケンスデータからDNAメチル化情報も取得可能で、エピジェネティクス研究にも活用できます。
こんな方におすすめ
- ショートリードでは解決できなかった解析課題がある方
- 構造変異やリピート領域の解析を行いたい方
- 遺伝性疾患・がんの原因遺伝子探索を網羅的に行いたい方
- 変異情報とDNAメチル化情報を同時に取得したい方
解析概要
ロングリードシーケンサーを用いて、ヒトゲノムの塩基配列を高精度かつ連続性の高いデータとして取得します。
全ゲノム領域を対象とした変異解析により、SNV／InDelに加え、構造変異など多様なゲノム変化を包括的に捉えることが可能です。
幅広い領域に対応
リピート領域や高GC領域を含む全ゲノム領域を対象とした解析が可能であり、遺伝性疾患やがんの原因遺伝子探索など、幅広い研究にご活用いただけます。
一貫した解析体制
理研ジェネシスでは、ロングリード全ゲノム解析の提供体制を整備し、シーケンスからデータ解析まで、一貫した解析体制のもとで対応します。これにより、データ取得から解析・解釈までを効率的に進めることができます。
解析の流れ
ご提出いただいたゲノムDNAの品質評価を実施後、Revio SPRQ HiFi Prep Kitを用いてライブラリー調製を行います。
作製したライブラリーは、PacBio社 Revioシステムによりシーケンシングを行い、高精度なHiFiリードを取得します。
また、ご要望に応じて、取得データのバイオインフォマティクス解析（オプション）にも対応しています。解析結果は、レポートおよびデータとしてご提供します。
※本サービスは研究用（RUO）です。診断目的にはご使用いただけません。
バイオインフォマティクス解析（オプション）
ロングリードによるヒト全ゲノム解析
PacBio社製ロングリードシーケンサーを用いてシーケンスを実施し、得られたヒト全ゲノムDNA配列データ（HiFiリード）を対象として、リファレンスゲノムに対するリシーケンシング解析を実施します。
解析内容
- シーケンスリードの品質評価
- シーケンスリードのReference配列へのマッピング
- SNV / InDel解析
- 構造変異（SV / CNV）解析
大規模な挿入・欠失、逆位、転座などの構造変異(SV)およびコピー数変動（CNV）を解析します。ロングリードの特長を活かし、複雑なゲノム構造変化の検出に対応します。
- リピート解析
反復配列（リピート領域）の長さや構造を解析します。ロングリードにより、従来困難であったリピート領域の評価が可能です。
- メチル化解析
DNAメチル化（5mC）を塩基レベルで解析します。ロングリードシーケンスにより、シーケンスデータから直接メチル化情報を取得できます。
※現在、本サービスはヒトのみを対象として提供しています。
※本サービスは有償オプションです。
納品物
- 解析報告書
- データHDD：hifi_reads.bam/pbi、hifi_reads.fastqおよびxmlを含むRaw data、各種解析file
サンプル条件
| サンプル | 精製ゲノムDNA※ |
|---|---|
| DNA量 | 5.6 µg |
| DIN値 | 7 以上 |
| 溶媒 | EDTA、2価の金属陽イオン、変性剤、界面活性剤を含まないバッファーを推奨 |
- ※ DNAの抽出はロングリード用の試薬キットを推奨します。
- ※ 推奨キットや核酸抽出サービスに関しては、弊社までお問い合わせください。