ターゲットシーケンス
特長
- Coverage depthを厚くすることで、体細胞変異も検出することが可能。
- 遺伝性疾患やがん関連遺伝子などをターゲットとした様々なパネルが利用可能。
- カスタムパネルを用いた解析にも対応。
解析概要
パネル一覧
がんパネル
ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。
がんパネル_網羅的変異解析
| No. | パネル名 | 遺伝子数 | パネルサイズ | ターゲット領域 | ターゲット 濃縮方法 |
|---|---|---|---|---|---|
| 0 | SureSelect NCC oncopanel |
90 | 930 kb | がん関連90遺伝子のエキソン領域など | Capture |
| 1 | OncomineTM Tumor Mutation Load Assay |
409 | 1,650 kb | Tumor mutation burden（TMB）を評価するためのパネル、がん関連409遺伝子のエクソン領域（1.2 Mb）とイントロン領域（0.45 Mb） | PCR |
| 2 | Ion AmpliSeqTM Comprehensive Cancer Panel |
409 | 1,290 kb | ヒトがん関連409遺伝子のコーディング領域 | PCR |
| 3 | QIAseq Comprehensive Cancer Panel |
275 | 837 kb | がんの発症と進行に関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
がんパネル_Hotspot変異解析
| No. | パネル名 | 遺伝子数 | パネルサイズ | ターゲット領域 | ターゲット 濃縮方法 |
|---|---|---|---|---|---|
| 4 | Ion AmpliSeqTM Cancer HotSpot Panel v2 |
50 | 5.7 kb | 2800以上のCOSMIC変異を含むHotSpot領域 | PCR |
| 5 | Ion AmpliSeqTM Colon and Lung Research Panel v2 | 22 | 8.7 kb | 大腸がんおよび肺がんに関連する遺伝子のHotSpot領域 | PCR |
| 6 | QIAseq Actionable Solid Tumor Panel | 22 | 15 kb | がん関連19遺伝子の主要な領域およびがん抑制3遺伝子の全エクソン領域 | PCR |
がんパネル_がん種別変異解析
| No. | パネル名 | 遺伝子数 | パネルサイズ | ターゲット領域 | ターゲット 濃縮方法 |
|---|---|---|---|---|---|
| 7 | QIAseq BRCA1and BRCA2 Panel |
2 | 16 kb | BRCA1、BRCA2のコーディング領域 | PCR |
| 8 | QIAseq BRCA1and BRCA2 Plus Panel |
6 | 26 kb | 乳がんおよび卵巣がんに関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
| 9 | QIAseq Breast Cancer Panel | 93 | 371 kb | 乳がんに関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
| 10 | QIAseq Colorectal Cancer Panel |
71 | 215 kb | 大腸がんに関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
| 11 | QIAseq Lung Cancer Panel | 72 | 318 kb | 肺がんに関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
| 12 | QIAseq Myeloid Neoplasms Panel | 141 | 437 kb | 骨髄性悪性腫瘍に関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
遺伝性疾患パネル
ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。
| No. | パネル名 | 遺伝子数 | パネルサイズ | ターゲット領域 | ターゲット 濃縮方法 |
|---|---|---|---|---|---|
| 13 | QIAseq Pharmacogenomics Panel |
31 | 3 kb | 薬物代謝に関連する遺伝子のコーディング領域 | PCR |
| 14 | QIAseq Inherited Disease Panel |
298 | 839 kb | 遺伝性疾患の原因またはがんの素因となる遺伝子のコーディング領域 | PCR |
カスタムパネル
ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。| No. | パネル名 | パネルサイズ | ターゲット領域 | ターゲット 濃縮方法 |
|---|---|---|---|---|
| 15 | SureSelect DNA Capture Custom | 1-24,000 kb | ヒトおよびマウス※任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域 | Capture |
| 16 | Ion AmpiSerTM Custom Panel | 1-1,000 kb | ヒトおよびマウス※任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域 | PCR |
| 17 | QIAseq Targeted DNA Custom Panel |
― | ヒト任意遺伝子のコーディング領域をターゲット | PCR |
サンプル条件
| パネルNo. | 1-3, 6-14, 16, 17 | 4, 5 | 0, 15 |
|---|---|---|---|
| サンプルの種類 | ゲノムDNA | ゲノムDNA | ゲノムDNA |
| DNA量 | 0.5 μg | 0.2 μg | 3 μg |
| 濃度 | 10 ng/μL以上 | 10 ng/μL以上 | 50 ng/μL以上 |
| 溶媒 | Low TEまたはキット添付の Elution Buffer |
Low TEまたはキット添付の Elution Buffer |
1x TEまたはキット添付の Elution Buffer |
- サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
- FFPE由来DNAの場合は、別途ご相談ください