Fusion Gene Analysis
特長
・RNA-Seqにより取得されたペアエンドリード配列を用いて、融合遺伝子を検出
・発現している融合遺伝子を効率良く探索
・Transcriptome Sequencingと組み合わせた解析も可能
解析概要
融合遺伝子は、あるタイプのがんでは顕著な特徴となっており、分子標的医薬のターゲットとして着目されています。
がん細胞などに由来する転写産物の配列を網羅的に決定した後、それらの配列情報から融合遺伝子を探索します。
解析結果
シーケンス解析により取得したペアエンドリード配列から、ソフトウェア（STAR-Fusion）を使用して、融合遺伝子を検出します。
検出された融合遺伝子の情報（Pfam domain、インフレームか否かの判定結果、breakpoint前後の配列、ゲノム位置などの詳細情報）をサマリーレポートと検出結果リストで、支持リードの状況をHTML形式のファイルでご提出します。
納品物
・解析報告書
・データHDD： リード情報（FASTQ）、サマリーレポート（PDF）、検出結果リスト(Excel)、支持リード情報(HTML)
サンプル条件
| ライブラリ作製キット | TruSeq Stranded mRNA Library Prep | TruSeq RNA Exome |
|---|---|---|
| サンプルの種類 | 精製Total RNA | 精製Total RNA |
| RNA量 | 3 µg | 0.5 µg |
| 濃度※1 | 65 ng/µL以上 | 20 ng/µL以上 |
| RIN値※2 | 7 以上 | －※3 |
※２ サンプルの（バイオアナライザによる）電気泳動図がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
※３ 200 nt以上のRNA断片が50%以上（DV200≥50％）の品質を推奨しています。
解析例
| ライブラリ作製キット | TruSeq Stranded mRNA Library Prep |
|---|---|
| 機種 | NovaSeq 6000 |
| 平均リード数/サンプル | 約100M リード以上 |
| シーケンス方法 | Paired End/Multiplex |
| バイオインフォマティクス解析 | 融合遺伝子の探索 |
| 納期 | 品質評価通過後、約3ヵ月※ |
関連サービス
Target Fusion Sequencing
Human Whole Genome Sequencing
核酸抽出サービス
Oncology Panel Sequencing (OncomineTM Assay)
Oncology Panel Sequencing
(TST170 / TSO500)
Transcriptome Sequencing