融合遺伝子は、あるタイプのがんでは顕著な特徴となっており、分子標的医薬のターゲットとして着目されています。
がん細胞などに由来する転写産物の配列を網羅的に決定した後、それらの配列情報から融合遺伝子を探索します。
シーケンス解析により取得したペアエンドリード配列から、ソフトウェア(STAR-Fusion)を使用して、融合遺伝子を検出します。
検出された融合遺伝子の情報(Pfam domain、インフレームか否かの判定結果、breakpoint前後の配列、ゲノム位置などの詳細情報)をサマリーレポートと検出結果リストで、支持リードの状況をHTML形式のファイルでご提出します。
・解析報告書
・データHDD: リード情報(FASTQ)、サマリーレポート(PDF)、検出結果リスト(Excel)、支持リード情報(HTML)
ライブラリ作製キット | TruSeq Stranded mRNA Library Prep | TruSeq RNA Exome |
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サンプルの種類 | 精製Total RNA | 精製Total RNA |
RNA量 | 3 µg | 0.5 µg |
濃度※1 | 65 ng/µL以上 | 20 ng/µL以上 |
RIN値※2 | 7 以上 | -※3 |
ライブラリ作製キット | TruSeq Stranded mRNA Library Prep |
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機種 | NovaSeq 6000 |
平均リード数/サンプル | 約100M リード以上 |
シーケンス方法 | Paired End/Multiplex |
バイオインフォマティクス解析 | 融合遺伝子の探索 |
納期 | 品質評価通過後、約3ヵ月※ |