Small RNA Sequencing
特長
- Small RNAの塩基配列を網羅的に解析。
- miRBaseなどに登録されている既知Small RNAの発現レベルを算出し、サンプル間で比較を実施。
解析概要
解析結果
- ※1 マッピング結果はIntegrative Genomic Viewer (IGV)で閲覧することが可能です。
- ※2 発現レベル比較データには次のようなアノテーションがつきます（Humanの場合）。
miRNA ID、miRBase (Mature ID)、miRBase (Pre mature ID)、ゲノム上の位置 - ※3 アノテーションは弊社オリジナルのエクセル・マクロ(AnnotationViewer)で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。
納品物
- 解析報告書
- データHDD：リード情報（FASTQ）、マッピングデータ（BAM）、既知miRNAデータ（GTF）、発現レベル比較データ（エクセル・マクロファイルとテキストファイル）、クラスタリングおよびヒートマップデータ
サンプル条件
| サンプルの種類※１ | Total RNA (Small RNA含む) | Small RNA |
|---|---|---|
| RNA量 | 4 µg | 0.5 µg |
| 濃度※２ | 65 ng/µL以上 | 20 ng/µL以上 |
| RIN値※３ | 7以上 | ― |
| 対応生物種 | ヒト※４ | ヒト※４ |
- ※1 RNA抽出の際は、small RNAを含むTotal RNAまたはsmall RNAを精製して下さい。
- ※2 サンプルの定量はAgilent2100バイオアナライザまたはAgilent2200 TapeStationを用いた方法を推奨しております。
- ※3 サンプルの（バイオアナライザによる）電気泳動図がお手元にある場合にはご提出をお願いします。
- ※4 その他の生物種についてはお問い合わせください。
解析例
| 機種 | NovaSeq 6000 |
|---|---|
| ペアリード数/サンプル | 約20M ペアリード※１ |
| リード長 | 150 bp※２ |
| シーケンス方法 | Paired End/Multiplex |
| バイオインフォマティクス解析 | 正規化された発現レベルリスト 発現レベルのサンプル間比較用リスト クラスタリング結果 |
| 納期 | 品質評価通過後、約3ヵ月※３ |
- ※1 1検体当たり10M以上のリード数を推奨いたします。
- ※2 バイオインフォマティクス解析時にリード長を50 bpのシングルエンドにトリミングします。
- ※3 同時に解析を行うサンプル数が多い場合には、別途お打ち合わせの上決定いたします。