Oncomine ターゲットシーケンス解析┃理研ジェネシス

特長

・がん研究および創薬支援向けに、次世代シーケンサーを用いた先端の変異解析サービスをご提供。
・シングルワークフローでDNAとRNAをシーケンシング解析し、Single Nucleotide Variation (SNV)、Insertion/Deletion (InDel)、Copy Number Variation (CNV)、Gene Fusionを検出。
・バリデーション済の解析フローに従うことで、再現性良く、高品質の解析結果をご提供。
・検出されたアクショナブルな変異に対して、OncomineTM Knowledgebaseに基づいた薬剤情報や臨床試験情報をレポート。

※本サービスは研究用です。診断目的には使用できません。
※Oncomine^TMはThermo Fisher Scientific社の商標です。

解析概要

Thermo F isher S cientific社が開発し、国内外の臨床研究で広く採用実績のある Oncomine^TM Focus AssayまたはOncomine^TM Comprehensive Assayを用いてシーケンシング解析を行います。核酸抽出からデータ解析および薬剤・臨床試験情報のレポーティングまで、バリデーション済の解析フローで実施します。基礎研究、治療薬開発および臨床試験におけるバイオマーカー測定や網羅的変異解析にご活用いただけます。

解析内容

Oncomine^TM Focus Assay

がんの治療薬や文献上の知見に基づいて選抜された52遺伝子、1000以上のバイオマーカーを解析できます。
Hotspot領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。

Oncomine^TM Comprehensive Assay v3

キナーゼやDNA修復に関連した遺伝子を含む161のがんのドライバー遺伝子を対象としています。
Hotspot領域および全コーディング領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。

対象遺伝子数

パネル名	DNA			RNA	全遺伝子数
パネル名	SNV/InDel(Hotspot)	SNV/InDel(Full-length)	CNV	Fusion drivers	全遺伝子数
OncomineTM Focus Assay	35	ー	19	23	52
OncomineTM Comprehensive Assay v3	87	48	47	51	161

解析結果

・ SNV, InDel, CNV, Gene Fusionを検出します。
・検出されたSNV, InDelは各種アノテーションをつけてエクセルファイルでご提出します。
・検出された変異に対する薬剤情報や臨床試験情報もレポートします。

納品物

・解析報告書
・データHDD：リード情報( FASTQ) 、マッピングデータ（BAM）、SNV/I nDel /Fusion/CNV検出データ(VCF、テキストファイル)、SNV/InDel のアノテーションデータ(エクセルファイル)、検出変異に対する薬剤や臨床試験情報のレポート

サンプル条件

サンプルの種類	FFPE
サンプル量	未染スライド4-5 μm厚×10枚以上 HE染色スライド1枚（連続切片の中央部）もしくはHE染色用未染スライド

※組織切片はコーティングなしスライドガラスに貼付してください。
※切片作成後、すみやかに冷蔵でご送付ください。
　保存条件の適さない検体の場合、ライブラリ作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。
※組織切片における腫瘍細胞占有率が30％以上である場合は、切片を核酸低吸着チューブに入れてご送付いただけます。

解析例

検体数	12
試薬	OncomineTM Focus Assay
機種	Ion PGMTM System
チップの種類	Ion 318TM Select Chip
データ量^※１	DNA: 平均coverage depth 約1000x RNA: mapped reads数／検体約65,000
バイオインフォマティクス解析	SNV, InDel, CNV, Gene Fusionの検出検出変異へのアノテーションの付与および薬剤や臨床試験情報のレポート作成
納期	品質評価通過後、約1.5ヵ月

※１得られるデータ量は検体の品質により上記値を下回る場合がございます。