・ がん研究および創薬支援向けに、次世代シーケンサーを用いた先端の変異解析サービスをご提供。
・ シングルワークフローでDNAとRNAをシーケンシング解析し、Single Nucleotide Variation (SNV)、Insertion/Deletion (InDel)、Copy Number Variation (CNV)、Gene Fusionを検出。
・ バリデーション済の解析フローに従うことで、再現性良く、高品質の解析結果をご提供。
※本サービスは研究用です。診断目的には使用できません。
Thermo Fisher Scientific社が開発し、国内外の臨床研究で広く採用実績のある
OncomineTM Focus AssayまたはOncomineTM Comprehensive Assayを用いて
シーケンシング解析を行います。核酸抽出からデータ解析および薬剤・臨床試験情報のレ
ポーティングまで、バリデーション済の解析フローで実施します。基礎研究、治療薬開発お
よび臨床試験におけるバイオマーカー測定や網羅的変異解析にご活用いただけます。
がんの治療薬や文献上の知見に基づいて選抜された52遺伝子、1000以上のバイオマーカーを解析できます。
Hotspot領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。
キナーゼやDNA修復に関連した遺伝子を含む161のがんのドライバー遺伝子を対象としています。
Hotspot領域および全コーディング領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。
パネル名 | DNA | RNA | 全遺伝子数 | ||
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SNV/InDel (Hotspot) | SNV/InDel (Full-length) | CNV | Fusion drivers | ||
OncomineTM Focus Assay | 35 | ー | 19 | 23 | 52 |
OncomineTM Comprehensive Assay v3 | 87 | 48 | 47 | 51 | 161 |
・ SNV, InDel, CNV, Gene Fusionを検出します。
・ 検出されたSNV, InDelは各種アノテーションをつけてエクセルファイルでご提出します。
・解析報告書
・ データHDD:リード情報( FASTQ) 、マッピングデータ(BAM)、SNV/I nDel /Fusion/CNV検出データ(VCF、テキストファイル)、SNV/InDel のアノテーションデータ(エクセルファイル)
サンプルの種類 | FFPE |
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サンプル量 | 未染スライド5 μm厚×10枚以上、 HE染色スライド1枚(連続切片の中央部) もしくはHE染色用未染スライド |
検体数 | 7 |
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試薬 | OncomineTM Comprehensive Assay v3 |
機種 | Ion S5TM XL System |
チップの種類 | Ion 540TM Chip |
平均リード数/検体※ | DNA: 約6Mリード RNA: 約1Mリード |
バイオインフォマティクス解析 | SNV, InDel, CNV, Gene Fusionの検出 検出変異へのアノテーションの付与 |
納期 | 品質評価通過後、約1.5ヵ月 |