Oncology Panel Sequencing (OncomineTM Assay)
特長
・ がん研究および創薬支援向けに、次世代シーケンサーを用いた先端の変異解析サービスをご提供。
・ シングルワークフローでDNAとRNAをシーケンシング解析し、Single Nucleotide Variation (SNV)、Insertion/Deletion (InDel)、Copy Number Variation (CNV)、Gene Fusionを検出。
・ バリデーション済の解析フローに従うことで、再現性良く、高品質の解析結果をご提供。
※本サービスは研究用です。診断目的には使用できません。
解析概要
Thermo Fisher Scientific社が開発し、国内外の臨床研究で広く採用実績のある
OncomineTM Focus AssayまたはOncomineTM Comprehensive Assayを用いて
シーケンシング解析を行います。核酸抽出からデータ解析および薬剤・臨床試験情報のレ
ポーティングまで、バリデーション済の解析フローで実施します。基礎研究、治療薬開発お
よび臨床試験におけるバイオマーカー測定や網羅的変異解析にご活用いただけます。
解析内容
OncomineTM Focus Assay
がんの治療薬や文献上の知見に基づいて選抜された52遺伝子、1000以上のバイオマーカーを解析できます。
Hotspot領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。
OncomineTM Comprehensive Assay v3
キナーゼやDNA修復に関連した遺伝子を含む161のがんのドライバー遺伝子を対象としています。
Hotspot領域および全コーディング領域のSNV、InDel、CNVと既知のGene Fusionが検出可能です。
対象遺伝子数
| パネル名 | DNA | RNA | 全遺伝子数 | ||
|---|---|---|---|---|---|
| SNV/InDel (Hotspot) | SNV/InDel (Full-length) | CNV | Fusion drivers | ||
| OncomineTM Focus Assay | 35 | ー | 19 | 23 | 52 |
| OncomineTM Comprehensive Assay v3 | 87 | 48 | 47 | 51 | 161 |
解析結果
・ SNV, InDel, CNV, Gene Fusionを検出します。
・ 検出されたSNV, InDelは各種アノテーションをつけてエクセルファイルでご提出します。
納品物
・解析報告書
・ データHDD：リード情報( FASTQ) 、マッピングデータ（BAM）、SNV/I nDel /Fusion/CNV検出データ(VCF、テキストファイル)、SNV/InDel のアノテーションデータ(エクセルファイル)
サンプル条件
| サンプルの種類 | FFPE |
|---|---|
| サンプル量 | 未染スライド5 μm厚×10枚以上、 HE染色スライド1枚（連続切片の中央部） もしくはHE染色用未染スライド |
※切片作成後、すみやかに冷蔵保存していただき、1週間以内に冷蔵便にてご送付ください。
保存条件の適さない検体の場合、ライブラリ作製や解析結果に悪影響を及ぼす場合があります。
※組織切片における腫瘍細胞占有率が20％未満の場合は、マクロダイセクションにより腫瘍細胞の比率を高めることを推奨しております。
解析例
| 検体数 | 7 |
|---|---|
| 試薬 | OncomineTM Comprehensive Assay v3 |
| 機種 | Ion S5TM XL System |
| チップの種類 | Ion 540TM Chip |
| 平均リード数/検体※ | DNA: 約6Mリード RNA: 約1Mリード |
| バイオインフォマティクス解析 | SNV, InDel, CNV, Gene Fusionの検出 検出変異へのアノテーションの付与 |
| 納期 | 品質評価通過後、約1.5ヵ月 |
関連サービス
Fusion Gene Analysis
Target Fusion Sequencing
Target cfDNA Sequencing (AVENIO ctDNA)
Exome Sequencing
Target DNA Sequencing
Oncology Panel Sequencing
(TST170 / TSO500)
Target cfDNA Sequencing (OncomineTM cfDNA)