がんパネル解析
(TST170 / TSO500)

特長

腫瘍サンプルからDNAとRNAをシーケンシング解析し、Single Nucleotide Variation (SNV)、Insertion/Deletion (InDel)、Amplification、Fusionなどを検出。
高感度で体細胞変異解析結果をご提供。
FFPEから抽出された低品質サンプルからでも解析可能。
Tumor Mutation Burden (TMB)およびMicrosatellite Instability (MSI)の測定も可能^※。

※ TruSight Oncology 500を使用した解析の場合のみ。

● 本サービスは研究用です。診断目的には使用できません。

解析概要

腫瘍の体細胞変異検出に適したシーケンシング解析サービスです。イルミナ社が開発したTruSight Tumor 170またはTruSight Oncology 500キットを用いて、解析を行います。一回のアッセイで様々な種類の変異を包括的に評価することにより、腫瘍サンプルの遺伝学的研究や治療薬開発および臨床試験におけるバイオマーカー測定にご活用いただけます。

解析内容

TruSight Tumor 170

固形腫瘍に関連した170遺伝子を対象としています。DNAのデータから全コーディング領域のSNV、InDelと遺伝子増幅（Amplification）が、RNAのデータから Fusionおよびスプライス変異が検出可能です。

TruSight Oncology 500

多くの腫瘍タイプに共通する523遺伝子を対象としています。DNAのデータからコーディング領域のSNVおよびInDelと遺伝子増幅（Amplification）が、RNAのデータから Fusionおよびスプライス変異が検出されます。加えて、新たな免疫療法バイオマーカー（TMB、MSI）を評価することができます。

対象遺伝子数

キット名	DNA		RNA	全遺伝子数
キット名	SNV/InDel	Amplification	Fusion	全遺伝子数
TruSight Tumor 170	131	59	55	170
TruSight Oncology 500	523	59	55	523

解析結果

SNV、InDel、Amplification、Fusionを検出します。
検出されたSNV、Short InDelは各種アノテーション^※1をつけてエクセル・マクロファイル^※2とテキストファイルでご提出します。
TMBとMSIの測定結果も報告します（TruSight Oncology 500のみ）。
OncoPrintを用いて、遺伝子および検体ごとの変異検出結果のヒートマップも作成します（オプション）。

※1 検出されたSNV、Short InDelには次のようなアノテーションがつきます。
変異箇所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、RefSeq ID、CCDS ID、アレル頻度(gnomAD、1000 Genomes、HGVD、GEM-J WGA)、Conserved Elements、アミノ酸置換影響予測（SIFTなど）、Splice Site変異影響予測、Depth、クオリティ値、サンプルごとのジェノタイプデータなど。
※2 アノテーションは弊社オリジナルのエクセル・マクロ（AnnotationViewer）で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。

納品物

解析報告書
データHDD：リード情報( FASTQ) 、マッピングデータ（BAM）、SNV/InDel /Amplification/Fusionなどの検出データ(VCF、テキストファイル)、SNV/Short InDel のアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)

サンプル条件

サンプルの種類	FFPE
サンプル量	未染スライド5 μm厚×10枚以上（切片面積目安 100 mm²）、 HE染色スライド1枚（連続切片の中央部）もしくはHE染色用未染スライド

組織切片はコーティングなしスライドガラスに貼付してください。
切片作成後、速やかに冷蔵保存していただき、1週間以内に冷蔵便にてご送付ください。
組織切片における腫瘍占有率が20%未満の場合は、マクロダイセクションにより腫瘍細胞の比率を高めることを推奨しております。
固定不良、3年以上の長期保管や脱灰処理をおこなった検体は、核酸の断片化により、解析結果が適切に得られない場合がございますのでご注意ください。

サンプルの種類	ゲノムDNA	Total RNA
DNA量	300 ng	500 ng
濃度	20 ng/µL以上	30 ng/µL以上
溶媒	キット添付のElution Buffer	Nuclease-free水

サンプルの定量はQubitまたはPicoGreenを用いた方法を推奨しております。
腫瘍占有率が20%未満の場合は、マクロダイセクションにより腫瘍細胞の比率を高めた後、核酸抽出していただくことを推奨しております。

解析例

検体数	8
試薬	TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle
機種	NextSeq
リード長	100 bp
シーケンス方法	Paired End/Multiplex
バイオインフォマティクス解析	SNV, InDel, Amplification, Fusionの検出、検出変異へのアノテーションの付与、TMBおよびMSIの評価
納期	品質評価通過後、約1.5ヵ月

がんパネル解析(TST170 / TSO500)

特長