Oncology Panel Sequencing
(TST170 / TSO500)

特長

・腫瘍サンプルからDNAとRNAをシーケンシング解析し、Single Nucleotide Variation (SNV)、Insertion/Deletion (InDel)、Amplification、Fusionなどを検出。
・高感度で体細胞変異解析結果をご提供。
・FFPEから抽出された低品質サンプルからでも解析可能。
・Tumor Mutation Burden (TMB)およびMicrosatellite Instability (MSI)の測定も可能

※ TruSight Oncology 500を使用した解析の場合のみ。
● 本サービスは研究用です。診断目的には使用できません。

解析概要

腫瘍の体細胞変異検出に適したシーケンシング解析サービスです。イルミナ社が開発したTruSight Tumor 170またはTruSight Oncology 500キットを用いて、解析を行います。一回のアッセイで様々な種類の変異を包括的に評価することにより、腫瘍サンプルの遺伝学的研究や治療薬開発および臨床試験におけるバイオマーカー測定にご活用いただけます。

解析内容

TruSight Tumor 170

固形腫瘍に関連した170遺伝子を対象としています。DNAのデータから全コーディング領域のSNV、InDelと遺伝子増幅(Amplification)が、RNAのデータから Fusionおよびスプライス変異が検出可能です。

TruSight Oncology 500

多くの腫瘍タイプに共通する523遺伝子を対象としています。DNAのデータからコーディング領域のSNVおよびInDelと遺伝子増幅(Amplification)が、RNAのデータから Fusionおよびスプライス変異が検出されます。加えて、新たな免疫療法バイオマーカー(TMB、MSI)を評価することができます。


対象遺伝子数
キット名 DNA RNA 全遺伝子数
SNV/InDel Amplification Fusion
TruSight Tumor 170 131 59 55 170
TruSight Oncology 500 523 59 55 523

解析結果

・SNV、InDel、Amplification、Fusionを検出します。
・検出されたSNV、InDelは各種アノテーションをつけてエクセルファイルで提出します。
・TMBとMSIの測定結果も報告します(TruSight Oncology 500のみ)。

解析結果

納品物

・解析報告書
・データHDD:リード情報( FASTQ) 、マッピングデータ(BAM)、SNV/InDel /Amplification/Fusionなどの検出データ(VCF、テキストファイル)、SNV/InDel のアノテーションデータ(エクセルファイル)

サンプル条件

サンプルの種類FFPE
サンプル量未染スライド5 μm厚×10枚以上(切片面積目安 100 mm2)、
HE染色スライド1枚(連続切片の中央部)
もしくはHE染色用未染スライド

  • 組織切片はコーティングなしスライドガラスに貼付してください。
  • 切片作成後、速やかに冷蔵保存していただき、1週間以内に冷蔵便にてご送付ください。
  • 組織切片における腫瘍占有率が20%未満の場合は、マクロダイセクションにより腫瘍細胞の比率を高めることを推奨しております。
  • 固定不良、3年以上の長期保管や脱灰処理をおこなった検体は、核酸の断片化により、解析結果が適切に得られない場合がございますのでご注意ください。
  • 解析例

    検体数8
    試薬TruSight Oncology 500 DNA/RNA Bundle
    機種NextSeq
    リード長100 bp
    シーケンス方法Paired End/Multiplex
    バイオインフォマティクス解析SNV, InDel, Amplification, Fusionの検出、
    検出変異へのアノテーションの付与、TMBおよびMSIの評価
    納期品質評価通過後、約1.5ヵ月

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