Microbial Community Analysis
特長
・16S rRNA遺伝子領域を対象としたマイクロバイオーム解析
・経験豊富なCJ Bioscience社の微生物ゲノム受託解析サービスをご提供
・解析データは、CJ Bioscience社独自のウェブツールを使って自由に閲覧、論文や研究発表用に加工することが可能
解析概要
16S rRNA遺伝子の配列をシーケンスすることで、サンプル中に存在する微生物の種類と構成比を解析します。
微生物が存在するサンプルから直接DNAを抽出し、PCR増幅後シーケンス解析を行うことで、難培養性の微生物も解析することができます。マイクロバイオーム（微生物叢）と疾患の関連研究、動物や植物のマイクロバイオーム研究、水質・土壌調査など、様々な目的にご利用いただけます。
解析結果
解析データは、オリジナルウェブツールEzBioCloud 16S rRNA gene-based Microbiome Taxonomic Profiling (MTP)※1, 2を利用して、下記の内容を閲覧・分析していただけます。
・サンプルごとの分類学的構成および菌種組成比較
・α多様性（サンプルごとの菌種の多様性）およびβ多様性（サンプル間の菌種組成の類似性）解析
・サンプルセットごとの菌種組成比較
・サンプルセット間での特定分類群の存在量比較および多様性解析
※1 ご使用になる際は、WebブラウザとしてGoogle Chromeの使用を推奨します。
※2 詳細はCJ Bioscience社ホームページのサイトをご参照ください。
納品物
・解析結果（EzBioCloud MTPを使用して、納品後1年間、閲覧または各種ファイル取得可能）
・リード情報（FASTQ、データダウンロードサイトより納品後1年間取得可能）
・品質評価結果
サンプル条件
| サンプルの種類 | メタゲノムDNA |
|---|---|
| DNA濃度 | 40 ng/µL以上 |
| 溶液量 | 30 µL以上 |
| OD260/280 | 1.8以上 |
| 溶媒 | Low TEまたはNuclease-free水 |
解析例
| 解析対象領域 | 16S rRNA遺伝子V3-V4領域 |
|---|---|
| 機種 | Miseq |
| リード数/検体 | 約20Kリード |
| リード長 | 250 bp |
| シーケンス方法 | Paired End / Multiplex |
| バイオインフォマティクス解析 | 取得配列の相同性検索と系統分類解析、 微生物組成の算出とサンプル間比較、 多様性解析（サンプルごとの微生物の多様性、サンプル間の微生物組成の類似性）、 サンプルセット間の比較解析（微生物組成の比較、特定分類群の存在量の比較など） |
| 納期 | 品質評価通過後、約2.5カ月 |
関連サービス
De novo Bacterial Sequencing