Target DNA Sequencing

特長

・Coverage depthを厚くすることで、体細胞変異も検出することが可能。
・遺伝性疾患やがん関連遺伝子などをターゲットとした様々なパネルが利用可能。
・カスタムパネルを用いた解析にも対応。

解析概要

ターゲットゲノム領域のみをSequence capture法またはPCR法により濃縮し、次世代シーケ ンサー(NGS) によりそれらの塩基配列を決定します。その後、参照配列と比較することで、目的 遺伝子の変異を解析します。 また、Matched-Pair解析を行い、体細胞変異を同定することも可 能です(一部対応できないパネルもございますので、別途ご相談ください)。

解析概要(図)

パネル一覧

がんパネル

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。
リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。

がんパネル_網羅的変異解析
No.パネル名遺伝子数パネルサイズターゲット領域ターゲット
濃縮方法
1SureSelect NCC
oncopanel
90930 kbがん関90遺伝子のエキソン領域およびFusion検出のための対象遺伝子(Driver;12、Partner;23)のイントロン領域Capture
2OncomineTM Tumor
Mutation Load Assay
4091,650 kbTumor mutation burden(TMB)を評価するためのパネル、がん関連409遺伝子のエクソン領域(1.2 Mb)とイントロン領域(0.45 Mb)PCR
3Ion AmpliSeqTM
Comprehensive
Cancer Panel
4091,290 kbヒトがん関連409遺伝子のコーディング領域 PCR
4QIAseq
Comprehensive Cancer
Panel
275837 kbがんの発症と進行に関連する遺伝子のコーディング領域PCR

 
がんパネル_Hotspot変異解析
No. パネル名 遺伝子数 パネルサイズ ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
5 Ion AmpliSeqTM Cancer
HotSpot Panel v2
50 22 kb 2800以上のCOSMIC変異を含むHotSpot領域 PCR
6 Ion AmpliSeqTM Colon and Lung Research Panel v2 22 15 kb 大腸がんおよび肺がんに関連する遺伝子のHotSpot領域 PCR
7 QIAseq Actionable Solid Tumor Panel 22 15 kb がん関連19遺伝子の主要な領域およびがん抑制3遺伝子の全エクソン領域 PCR

 
がんパネル_がん種別変異解析
No. パネル名 遺伝子数 パネルサイズ ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
8 QIAseq BRCA1and
BRCA2 Panel
2 16 kb BRCA1、BRCA2のコーディング領域 PCR
9 QIAseq BRCA1and
BRCA2 Plus Panel
6 26 kb 乳がんおよび卵巣がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
10 QIAseq Breast Cancer Panel 93 371 kb 乳がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
11 QIAseq
Colorectal Cancer Panel
71 215 kb 大腸がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
12 QIAseq Lung Cancer Panel 72 318 kb 肺がんに関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
13 QIAseq Myeloid Neoplasms Panel 141 437 kb 骨髄性悪性腫瘍に関連する遺伝子のコーディング領域 PCR

遺伝性疾患パネル

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。
リストに記載のないパネルに関しましては、別途ご相談下さい。

No. パネル名 遺伝子数 パネルサイズ ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
14 QIAseq
Pharmacogenomics Panel
31 3 kb 薬物代謝に関連する遺伝子のコーディング領域 PCR
15 QIAseq Inherited
Disease Panel
298 839 kb 遺伝性疾患の原因またはがんの素因となる遺伝子のコーディング領域 PCR

カスタムパネル

ターゲット遺伝子領域の濃縮は、下記のパネルを用いて行います。

No. パネル名 パネルサイズ ターゲット領域 ターゲット
濃縮方法
16 SureSelect DNA Capture Custom 1-24,000 ヒトおよびマウス任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域 Capture
17 Ion AmpiSerTM Custom Panel 1-1,000 kb ヒトおよびマウス任意遺伝子のエクソンおよびその周辺領域 PCR
18 QIAseq Targeted DNA
Custom Panel
ヒト任意遺伝子のコーディング領域をターゲット PCR
※その他の生物に関しましては、別途ご相談ください。

サンプル条件

パネルNo. 1, 16 2-4, 7-15, 17, 18 5, 6
サンプルの種類 ゲノムDNA ゲノムDNA ゲノムDNA
DNA量 3 μg 0.5 μg 0.2 μg
濃度 50 ng/μL以上 10 ng/μL以上 10 ng/μL以上
溶媒 1x TEまたはキット添付の
Elution Buffer
Low TEまたはキット添付の
Elution Buffer
Low TEまたはキット添付の
Elution Buffer
●サンプルの電気泳動写真がお手元にある場合にはご提供をお願いします。
●FFPE由来DNAの場合は、別途ご相談ください

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