・腫瘍検体を用いた体細胞変異解析サービスをご提供。
・腫瘍と正常検体を解析することで、体細胞変異を特異的に検出(マッチドペア解析)。
・腫瘍特異的な体細胞変異データを用いて、mutational signature 解析、driver 変異探索、neoantigen 探索、Tumor Mutation Burden (TMB) 算出などもオプション解析としてご提供可能。
・ヒト腫瘍細胞をマウスに移植したXenograftサンプルの変異解析も実施可能。
ゲノムからエクソン領域を濃縮し、次世代シーケンサー(NGS) により塩基配列を決定します。得られたリード配列を参照配列にマッピングした後、SNVを検出し、アノテーションの付与を行います。複数サンプルの場合はサンプル間比較用のリストを作成することも可能です。
体細胞変異検出を目的としたマッチドペア解析やヒト腫瘍細胞をマウスに移植したXenograftサンプルの変異解析も実施可能です。
パネル名 | 対応生物種 | 対象領域 | デザイン サイズ |
---|---|---|---|
SureSelect Human All Exon V6 | ヒト | コーディング領域、miRNA、snoRNA、tRNA | 60 Mb |
SureSelect Human All Exon V6 + UTR | ヒト | V6の全対象領域、体質性疾患研究向けUTR領域 | 91 Mb |
SureSelect Human All Exon V7 | ヒト | コーディング領域 | 48.2 Mb |
SureSelect Human All Exon V8 | ヒト | コーディング領域、TERTプロモーター | 41.6 Mb |
SureSelect Mouse All Exon | マウス | コーディング領域 | 49.6 Mb |
リード配列を参照配列に対してマッピング※1し、変異箇所(SNV※1)を検出します。
検出されたSNVは、各種アノテーション※2をつけてエクセル・マクロファイル※3 とテキストファイルでご提出します。
※1 マッピング結果、SNV、DepthはIntegrative Genomics Viewer(IGV)で閲覧することが可能です。
※2 検出されたSNVには次のようなアノテーションがつきます(Humanの場合)。
変異箇所、塩基、新規/既知、影響を与える遺伝子、遺伝子への影響、dbSNP ID、RefSeq ID、CCDS ID、アレル頻度(gnomAD、1000 Genomes、HGVD、GEM-J WGA)、Conserved Elements、アミノ酸置換影響予測(SIFTなど)、Splice Site変異影響予測、Depth、クオリティ値、サンプルごとのジェノタイプデータなど。
※3 アノテーションは弊社オリジナルのエクセル・マクロ(AnnotationViewer)で観覧でき、IGVおよび外部データベースと連携するようになっています。
・解析報告書
・データHDD:リード情報(FASTQ)、マッピングデータ(BAM)、SNV/InDel検出データ(VCF)、 SNV/InDelのアノテーションデータ(エクセル・マクロファイルとテキストファイル)
サンプルの種類 | 通常ゲノムDNA | FFPEゲノムDNA |
---|---|---|
DNA量 | 3 µg | 1 µg |
濃度 | 50 ng/µL以上 | 50 ng/µL以上 |
OD260/280 | 1.8以上 | 1.8以上 |
DIN値 | - | 3以上 |
検体数 | 2(腫瘍および正常検体) |
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機種 | NovaSeq 6000 |
Exon Capture方法 | SureSelect Human All Exon V8 |
平均データ量/サンプル | 約20 Gb |
リード長 | 150 bp |
シーケンス方法 | Paired End/Multiplex |
バイオインフォマティクス解析 | SNV、および一部のShort InDelの同定、 各種アノテーション付与 |
納期 | 品質評価通過後、約2.5ヵ月※ |